From 0a65e26e8b096bf8b1a9df3611b462ca14a97363 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Clara-Casabona Date: Tue, 12 Dec 2023 19:21:38 +0000 Subject: [PATCH] Clara-Casabona published a site update --- 404.html | 4 ++-- advanced-developing-en.html | 4 ++-- codedeconduite.html | 4 ++-- codeofconduct-en.html | 4 ++-- developing-en.html | 4 ++-- developper-fr.html | 4 ++-- faq-en.html | 4 ++-- index.html | 6 +++--- payment-en.html | 12 ++++++------ payment-fr.html | 12 ++++++------ preparation-en.html | 4 ++-- preparation-fr.html | 4 ++-- presentation-en.html | 4 ++-- presentation-fr.html | 4 ++-- search_index.json | 2 +- 15 files changed, 38 insertions(+), 38 deletions(-) diff --git a/404.html b/404.html index ad4dcce..c5016f7 100644 --- a/404.html +++ b/404.html @@ -6,7 +6,7 @@ Page not found | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/advanced-developing-en.html b/advanced-developing-en.html index b2c9d6e..04a9578 100644 --- a/advanced-developing-en.html +++ b/advanced-developing-en.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 10 Advanced Developing | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/codedeconduite.html b/codedeconduite.html index 24c70b1..99452fc 100644 --- a/codedeconduite.html +++ b/codedeconduite.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 1 Code de conduite | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/codeofconduct-en.html b/codeofconduct-en.html index 57e6ccd..350e1a3 100644 --- a/codeofconduct-en.html +++ b/codeofconduct-en.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 6 Code of conduct | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/developing-en.html b/developing-en.html index 0033a87..007fed1 100644 --- a/developing-en.html +++ b/developing-en.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 9 Developing | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/developper-fr.html b/developper-fr.html index cefc157..f45aeed 100644 --- a/developper-fr.html +++ b/developper-fr.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 4 Développer | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/faq-en.html b/faq-en.html index a30c7b1..615fee8 100644 --- a/faq-en.html +++ b/faq-en.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 12 Frequently Asked Questions (FAQ) | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/index.html b/index.html index 21a5e82..c12a15f 100644 --- a/index.html +++ b/index.html @@ -6,7 +6,7 @@ Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + @@ -293,7 +293,7 @@

Protocole pour la présentation et le développement des ateliers

diff --git a/payment-en.html b/payment-en.html index 3ec215b..ad853e0 100644 --- a/payment-en.html +++ b/payment-en.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 11 Receiving your award | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + @@ -306,11 +306,11 @@

11.1 McGill Graduate Students

First, complete the presenter payment sheet and/or the developer payment sheet by filling in the requested information.

  • Report each workshop on a separate line if you contributed to multiple workshops.

    • -

  • For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $150 per workshop instructed.

    • +

  • For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $180 per workshop instructed.

  • Second, fill out a QCBS invoice.

      -

    • You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 150 per workshop”; “Total: $ 300”).

      • +

    • You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 180 per workshop”; “Total: $ 360”).

    • If you presented and/or developed multiple workshops, list them on separate lines within a single invoice form.

    • The “Invoice #” will depend on how many previous invoices you have submitted. E.g. If this is your first time submitting an invoice to QCBS/McGill, the invoice number is 01. If this is your fifth time submitting an invoice, then the invoice number is 05. It is very important that every invoice you submit has a unique invoice number, otherwise your payment could experience major delays.

    • You do not need to write anything next to “P.O.” (which stands for Purchase Order).

      • @@ -349,7 +349,7 @@

      11.2 Non-McGill Graduate Students

      • Report each workshop on a separate line (if you contributed to multiple workshops).

      • Effective for contributions made on and after August 1st, 2021: Non-McGill contributors will have a surplus added to their award to compensate for provincial and federal taxes they must pay to when filling taxes. See the Section Tax Implications for more.

        • -

      • For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $150 per workshop instructed.

        • +

      • For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $180 per workshop instructed.

    • Second, register as a Payee by completing and signing this form.

        @@ -359,7 +359,7 @@

        11.2 Non-McGill Graduate Students

    • Third, fill out a QCBS invoice.

        -

      • You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 150 per workshop”; “Total: $ 300”).

        • +

      • You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 180 per workshop”; “Total: $ 360”).

      • If you presented and/or developed multiple workshops, list on them on separate lines within a single invoice form.

      • The “Invoice #” will depend on how many previous invoices you have submitted. For example, if this is your first time submitting an invoice to QCBS/McGill, the invoice number is 01. If this is your fifth time submitting an invoice, then the invoice number is 05. It is very important that every invoice you submit has a unique invoice number, otherwise your payment could experience major delays.

      • You do not need to write anything next to “P.O.” (which stands for Purchase Order).

        • diff --git a/payment-fr.html b/payment-fr.html index 5a55c45..acf6e84 100644 --- a/payment-fr.html +++ b/payment-fr.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 5 Recevoir votre prix | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + @@ -306,11 +306,11 @@

        5.1 Membres du CSBQ aux cycles su

      • Remplissez d’abord la feuille de paiement pour l’équipe de présentation et/ou la feuille de paiement pour l’équipe de développement avec les informations requises.

        • Déclarez un atelier par ligne si vous avez contribué à plusieurs ateliers.

          • -

        • Pour présentation d’atelier(s): Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne reçoit une récompense d’un montant maximum de 150$ par atelier.

          • +

        • Pour présentation d’atelier(s): Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne reçoit une récompense d’un montant maximum de 180$ par atelier.

      • Remplissez une facture du CSBQ, ci-jointe.

          -

        • Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 150$ par atelier” ; “Total : 250$”).

          • +

        • Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 180$ par atelier” ; “Total : 360$”).

        • Si vous avez présenté et/ou développé plusieurs ateliers, indiquez-les sur des lignes séparées dans une seule facture, si possible.

        • Le numéro de facture (“Invoice #”) dépendra du nombre de factures que vous avez déjà soumises. Par exemple, si c’est la première fois que vous soumettez une facture au CSBQ/McGill, le numéro de facture est 01. Si c’est la cinquième fois que vous soumettez une facture, le numéro de facture est 05. Il est très important que chaque facture que vous soumettez ait un numéro de facture unique, sinon votre paiement risque de subir des délais importants.

        • N’écrivez rien à côté de “P.O.” (qui signifie “Bon de commande”).

          • @@ -348,7 +348,7 @@

          5.2 Membres du CSBQ aux cycles su

        • Remplissez d’abord la feuille de paiement pour l’équipe de présentation et/ou la feuille de paiement pour l’équipe de développement avec les informations requises.

          • Déclarez un atelier par ligne si vous avez contribué à plusieurs ateliers.

            • -

          • Pour les personnes qui présentent: Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne qui présente un atelier reçoit un prix d’un montant maximum de 150 $ par atelier.

            • +

          • Pour les personnes qui présentent: Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne qui présente un atelier reçoit un prix d’un montant maximum de 180 $ par atelier.

        • Remplissez et signez ce formulaire.

            @@ -358,7 +358,7 @@

            5.2 Membres du CSBQ aux cycles su

        • Remplissez une facture du CSBQ, ci-jointe.

            -

          • Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 150 $ par atelier” ; “Total : 250 $”).

            • +

          • Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 180 $ par atelier” ; “Total : 360 $”).

          • Si vous avez présenté et/ou développé plusieurs ateliers, indiquez-les sur des lignes séparées dans une seule facture, si possible.

          • Le numéro de facture (“Invoice #”) dépendra du nombre de factures que vous avez déjà soumises. Par exemple, si c’est la première fois que vous soumettez une facture au CSBQ/McGill, le numéro de facture est 01. Si c’est la cinquième fois que vous soumettez une facture, le numéro de facture est 05. Il est très important que chaque facture que vous soumettez ait un numéro de facture unique, sinon votre paiement risque de subir des délais importants.

          • N’écrivez rien à côté de “P.O.” (qui signifie “Bon de commande”).

            • diff --git a/preparation-en.html b/preparation-en.html index b43470c..8c963b9 100644 --- a/preparation-en.html +++ b/preparation-en.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 7 Preparation | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/preparation-fr.html b/preparation-fr.html index a314c99..05556fe 100644 --- a/preparation-fr.html +++ b/preparation-fr.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 2 Préparation | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/presentation-en.html b/presentation-en.html index d6618eb..7bb8f29 100644 --- a/presentation-en.html +++ b/presentation-en.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 8 Presentation | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/presentation-fr.html b/presentation-fr.html index e513acd..ff35769 100644 --- a/presentation-fr.html +++ b/presentation-fr.html @@ -6,7 +6,7 @@ Section 3 Présentation | Presentation and Development Protocol - + @@ -23,7 +23,7 @@ - + diff --git a/search_index.json b/search_index.json index 3e21dc2..07328b5 100644 --- a/search_index.json +++ b/search_index.json @@ -1 +1 @@ -[["index.html", "Presentation and Development Protocol Protocole pour la présentation et le développement des ateliers Presenter and Developer Protocol", " Presentation and Development Protocol QCBS R Workshop Series 2023-10-16 Protocole pour la présentation et le développement des ateliers Merci de faire partie de la série d’ateliers R du CSBQ ! C’est un plaisir de vous avoir dans notre équipe ! Ce document regroupe les responsabilités des équipes de présentation et de développement de la série d’ateliers R du CSBQ. Il vous guide à travers les tâches à effectuer avant, pendant et après les éditions et les instructions des ateliers. Cela vous aidera également à compléter les étapes pour recevoir votre prix d’apprentissage et de développement. Nous vous demandons de bien vouloir lire toutes les instructions très attentivement ! Pour tout problème, veuillez communiquer avec l’équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ. Contributions Le protocole a été intégré dans ce livre afin d’inclure des directives claires et spécifiques pour présenter, développer et recevoir des prix d’apprentissage et de développement. Son développement a été fait par Pedro Henrique Pereira Braga, Esteban Góngora, Katherine Hébert ainsi que Linley Sherin et a été basé sur sur le protocole original de présentation. Ce protocole est constamment maintenu et mis à jour par l’équipe actuelle de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ. Presenter and Developer Protocol Thank you for being part of the QCBS R Workshop Series! We are happy to have you in our team! This document brings together the responsibilities of QCBS R Workshop presenters and developers. It walks you through the tasks needed to complete before, during and after instructing or developing workshops. It will also walk you through the steps to receive your award. We kindly ask you to read all instructions very attentively! For any issues, please communicate with the current workshop coordinators. Contributions The protocol has been built into this book to include clear and specific guidelines to present, to develop and to receive learning and development awards. Its development was done by Pedro Henrique Pereira Braga, Esteban Góngora, Katherine Hébert and Linley Sherin, and it was based on the original presenter protocol. This protocol is constantly maintained and updated by the coordinators of the QCBS R Workshop Series. "],["codedeconduite.html", "Section 1 Code de conduite", " Section 1 Code de conduite La série d’ateliers et le symposium R du CSBQ ont l’objectif de fournir un environnement accueillant et favorable à toutes les personnes, indépendamment de leur origine ou de leur identité. Toute personne qui participe, présente, développe, ou organise un atelier R du CSBQ et d’autres activités connexes accepte le présent code de conduite lorsqu’elle est présente à une activité liée à un atelier. Nous ne tolérons pas les comportements irrespectueux, intimidants ou gênants pour les autres. Nous ne tolérons pas la discrimination contre (y compris, sans toutefois s’y limiter) l’orientation sexuelle, le handicap, l’apparence physique, la citoyenneté, l’origine ethnique, la situation familiale, la religion ou les croyances (ou l’absence), l’appartenance à une minorité, l’âge, l’éducation et la situation socio-économique. Ce code s’applique à tous les espaces gérés par l’atelier ou affiliés à l’atelier, y compris, sans toutefois s’y limiter, les ateliers, les listes de diffusion et les forums en ligne tels que GitHub, Slack et Twitter. Les personnes qui participent aux ateliers qui enfreignent ces règles peuvent être sanctionnées ou expulsées, sans remboursement, à notre discrétion. Comportement attendu Toutes les personnes qui participent ou présentent un atelier doivent faire preuve de respect et de courtoisie envers les autres. Toutes les interactions doivent être professionnelles, quelle que soit la plate-forme: en ligne ou en personne. Afin de créer un environnement d’apprentissage positif et professionnel, nous encourageons les comportements suivants dans tous les ateliers et plateformes: Utiliser un langage accueillant et inclusif; Soyez respectueux des différents points de vue et expériences; Accepter gracieusement les critiques constructives; Concentrez-vous sur ce qui convient le mieux à la communauté; Faites preuve de courtoisie et de respect envers les autres membres de la communauté. Comportement inacceptable Les exemples de comportement inacceptable des personnes qui présentes à tout événement / plate-forme d’atelier incluent: les commentaires écrits ou verbaux qui ont pour effet d’exclure des personnes en raison de leur appartenance à un groupe spécifique; amener une personne à craindre pour sa sécurité, par exemple par le harcèlement criminel ou l’intimidation; menaces violentes ou langage dirigé contre une autre personne; l’affichage d’images sexuelles ou violentes; attention sexuelle importune; contact physique non consensuel ou importun; insultes ou rabaissements; blagues sexistes, racistes, homophobes, transphobes, capacitables ou exclusives; incitation à la violence, au suicide ou à l’automutilation; continuer à initier une interaction (y compris des photographies ou des enregistrements) avec quelqu’un après avoir été invité à s’arrêter; publication de communication privée sans consentement. Si une personne qui participe à l’atelier adopte un comportement harcelant, nous pouvons prendre toutes les mesures que nous jugeons appropriées, y compris avertir cette personne ou l’expulser de l’atelier sans remboursement. Les personnes à qui il est demandé de mettre fin à tout comportement de harcèlement doivent se conformer immédiatement. En cas d’harcèlement, ou pour toute autre question, veuillez contacter immédiatement l’équipe de présentation de l’atelier, ainsi que l’équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ. "],["preparation-fr.html", "Section 2 Préparation 2.1 Avant l’atelier 2.2 Le jour de l’atelier 2.3 Après l’atelier", " Section 2 Préparation La présentation d’un atelier R du CSBQ demande une préparation et une communication proactive avec les participants inscrits aux ateliers. Ci-dessous, il y a une liste de points qui vous aideront à préparer les ateliers. Nous vous demandons de les lire attentivement. 2.1 Avant l’atelier 2.1.1 Deux semaines avant l’atelier Obtenez la liste des inscriptions à votre atelier (nous vous fournirons un script pour faire ceci). NOUVEAU: En septembre 2023, le prix d’apprentissage et de développement pour la présentation de la série d’ateliers R a augmenté de 150 $ à 180 $. Il y a également de nouvelles distinctions dans le processus de paiement du prix entre les membres CSBQ de McGill et les membres CSBQ non-McGill, y compris une compensation fiscale supplémentaire pour les membres non-McGill. Voir la section Paiement pour plus d’informations. Nombre d’inscriptions Nombre de personnes qui présentent Paiement par personne Allocation de fonds à l’atelier 1 to 5 1 $180 $180 6 or more 2 $180 $360 Pour les ateliers à distance: Nous avons besoin de deux personnes par atelier pendant les ateliers à distance. Pendant qu’une personne présente l’atelier, l’autre personne doit assister à la présentation, en surveillant la conversation, en gérant des salles de discussion (en anglais, breakout rooms) et en aidant à déboguer les problèmes que les personnes qui participent peuvent rencontrer. Si le nombre de personnes inscrits pour présenter votre atelier est inférieur au nombre de personnes pouvant être alloués à votre atelier, n’hésitez pas à inviter d’autres membres du CSBQ du deuxième et troisième cycles supérieurs et au postdoctorat qui pourraient vous aider avec l’instruction et l’assistance de l’atelier! Notez que le prix maximum pour l’instruction ou l’assistance des ateliers R du CSBQ est de 180 $ par personne, par atelier.* Familiarisez-vous avec le matériel disponible dans le site web pour votre atelier. Assurez-vous d’être très à l’aise avec le contenu et la présentation de l’atelier à la date de votre présentation. Il est de votre responsabilité de vous familiariser avec le matériel. Utilisez les livres et les présentations comme matériel de référence pour votre atelier. N’hésitez pas à compléter vos connaissances avec d’autres références et matériels. Les présentations sont dotées d’un mode présentateur, qui permet la demonstration des notes et de donner un atelier plus dynamique. Consultez notre section “Mode présentateur” pour en savoir plus. Lisez le code de conduite (Section 1). Pour les ateliers à distance: Familiarisez-vous avec Zoom avant votre atelier. Par exemple, vous devriez savoir: (i) comment partager votre écran; (ii) comment ouvrir et fermer les salles de discussion (“Breakout Rooms”); (iii) comment préparer et lancer des sondages; (iv) et quels sont les outils disponibles pour interagir avec les personnes qui participent. Nous avons fourni des conseils détaillées complémentaires pour ces tâches ici. 2.1.2 Une semaine avant l’atelier Obtenez la liste à jour d’inscriptions à votre atelier en utilisant le script R qui vous a été envoyé lors de votre recrutement. NOTE: Souvenez-vous que pour les ateliers en ligne, vous devez utiliser l’option \"En_ligne\" pour l’argument location. Envoyez le message standardisé ci-dessous à tous les personnes inscrites, en remplaçant les champs si nécessaire. Idéalement, la personne indiquée au rôle principal dans l’horaire des ateliers mènera les communications les personnes inscrites à l’atelier. Vous pouvez changer ce rôle, si vous le préférez. NOTE: Copiez au carbone (en « Cc ») toutes vos communications à toute l’équipe de présentation de votre atelier. NOTE: Ajoutez toutes les personnes inscrites à l’atelier comme destinataires en copie carbone invisible (c.à.d., « Cci » ou « Bcc »). NOTE: Envoyez le message ci-dessous au moins 7 jours avant la date de votre présentation. NOTE: Ne supprimez pas des informations du texte suivant: Pour les ateliers de formation à distance : Sujet du message : [Série d’ateliers R du CSBQ] Atelier #XX - Nom de l’atelier (Date de l’atelier) Bonjour ! Nous avons reçu votre inscription à l’atelier R du CSBQ #XX qui aura lieu le DATE DE L’ATELIER à HH:MM PM ou AM. En préparation de l’atelier, veuillez noter ce qui suit : L’atelier se tiendra sur la plateforme Zoom. Vous devez vous inscrire pour accéder à la séance avec le lien d’inscription suivant : INSÉRER LE LIEN QUI VOUS SERA FOURNI PAR L’ÉQUIPE DE COORDINATION. Veuillez vous inscrire au moins une heure avant l’atelier afin que nous approuvions votre participation à temps. Une confirmation courriel expliquant la façon d’accéder à la réunion, à l’aide d’un lien unique, vous sera envoyée. Ne partagez pas ce lien avec d’autres personnes. Veuillez préparer votre ordinateur portable et les programmes correspondants (R et RStudio) avant la séance. Vous pouvez également télécharger le script que nous utiliserons dans cet atelier sur le site web suivant : https://r.qcbs.ca/fr/workshops/r-workshop-XX/ Nous vous recommandons d’exécuter l’intégralité du script au moins une fois avant la session de l’atelier pour vous assurer que tout fonctionne sur votre ordinateur. Au besoin, télécharger et installer les bibliothèques que nous utiliserons lors de l’atelier. Si vous ne pouvez plus être présent à l’atelier, veuillez nous en informer au moins 5 jours à l’avance par courriel. En cas d’absence sans communication de votre part, une pénalité de 100 $ sera facturée à votre directeur ou directrice de recherche. Si vous n’êtes pas membre du CSBQ, il peut vous être demandé de nous envoyer un reçu de paiement pour participer à l’atelier. Nous vous encourageons à laisser votre caméra allumée afin que l’équipe de présentation puisse mieux interagir avec vous. Notez que beaucoup d’efforts ont été déployés dans la planification de ces ateliers. Il est important que vous restiez engagé dans l’apprentissage et, si nécessaire, que vous participiez activement aux discussions et collaboriez avec vos pairs. Si vous avez des questions concernant cet atelier ou son déroulement, veuillez contacter l’équipe de présentation afin que nous puissions vous aider ! Nous avons hâte de vous voir JOUR DE LA SEMAINE prochain ! VOTRE(VOS) NOM(S) Pour les ateliers en personne : Sujet du message : [Série d’ateliers R du CSBQ] Atelier #X - Nom de l’atelier (vendredi, jour du mois) Bonjour ! Nous avions reçu votre inscription à l’atelier R du CSBQ #XXX qui sera donné à NOM DE L’UNIVERSITÉ ce prochain JOUR DE SEMAINE à H:MM PM ou AM. En préparation de cet atelier, veuillez noter ce qui suit : L’atelier sera donné dans le bâtiment XXX, salle XXX. Veuillez venir avec votre ordinateur portable et les programmes correspondants (R et RStudio) installés. Vous pouvez également télécharger le script que nous utiliserons dans cet atelier sur le site web suivant : https://r.qcbs.ca/fr/workshops/r-workshop-XX/. Nous vous recommandons d’exécuter le script complet au moins une fois avant de venir à l’atelier pour vous assurer que tout fonctionne sur votre ordinateur portable et pour télécharger et installer toutes les bibliothèques que nous utiliserons pendant l’atelier. Si vous ne pouvez plus vous rendre à l’atelier, veuillez nous en informer 5 jours à l’avance par courriel, sinon, vous recevrez une pénalité de 100$ qui sera facturée au membre CSBQ qui dirige votre recherche. Si vous n’êtes pas membre du CSBQ, veuillez apporter le reçu du paiement à l’atelier. L’accès à l’internet ne devrait pas être nécessaire pour suivre l’atelier si vous avez exécuté le script avant de venir pour vous assurer que vous aviez téléchargé toutes les bibliothèques nécessaires. Si vous suivez l’atelier dans une autre institution que la vôtre et que vous souhaitez avoir accès à l’internet pendant l’atelier, veuillez vous assurer que vous pouvez vous connecter au réseau eduroam (plus d’informations ici : http://qcbs.ca/wiki/eduroam). Si vous n’avez pas accès à eduroam ou au réseau de l’université, il se peut que nous ne puissions pas vous fournir un accès temporaire à l’internet. Si vous avez des questions concernant cet atelier ou son lieu, veuillez contacter l’équipe de présentation afin que nous puissions vous aider au mieux ! Merci, et nous avons hâte de vous voir ! VOTRE(VOS) NOM(S). 2.1.3 La veille de l’atelier Les inscriptions sont ouvertes jusqu’à 24 heures avant le début de l’atelier. Pour les ateliers à distance, veuillez vérifier une dernière fois la liste des personnes participantes afin de vous assurer que tout le monde a bien reçu le courriel contenant le lien d’inscription pour accéder à la séance sur Zoom. 2.2 Le jour de l’atelier Nous avons élaboré une section dédiée avec des lignes directrices sur ce que l’équipe de présentation devrait faire pendant l’atelier. S’il vous plaît, lisez et appliquez-les très attentivement. 2.3 Après l’atelier Nous vous demandons de bien vouloir suivre les étapes ci-dessous immédiatement après votre présentation. Envoyez le formulaire de retour d’information aux personnes qui participent à votre atelier : Sujet du message : [Série d’ateliers R du CSBQ] Formulaire d’évaluation pour l’atelier #X - Nom de l’atelier Bonjour à nouveau ! Merci de votre participation à l’atelier (#X) sur Nom de l’atelier. Nous vous demandons de bien vouloir prendre quelques minutes pour nous faire part de vos commentaires (https://docs.google.com/forms/d/12LiuK1hhCpuDULBYStlXoJi6K1sKTVeGzPiD5DVGdds/edit?urp=gmail_link) sur l’atelier auquel vous venez de participer. Ce processus est très précieux pour nous, car nous pouvons comprendre où l’atelier a besoin d’être amélioré. Vos commentaires et suggestions sont très appréciés et sont lus avec attention. Merci encore ! Avec nos sincères salutations, VOTRE(VOS) NOM(S) Donnez votre avis sur l’atelier que vous venez de présenter. Envoyez le message ci-dessous aux personnes inscrites qui ne se sont pas présentées (c’est-à-dire les personnes qui ne vous ont pas envoyé de message annulant leur inscription et qui étaient absentes pendant votre atelier). NOTE : Envoyez des messages séparés à chacune des absences enregistrées (c’est-à-dire n’incluez pas d’autres personnes qui ont participé à l’atelier dans vos communications). Sujet du message : [Série d’ateliers du CSBQ R] Absence pendant l’atelier #X - Nom de l’atelier Cher NOM DU PARTICIPANT INSCRIT, Je vous contacte au sujet de votre absence pendant l’atelier d’aujourd’hui (XX) sur Nom de l’atelier, qui a été donné en lieu ou à distance. Selon la politique de la Série d’ateliers R du CSBQ, les personnes inscrites qui n’annulent pas leur participation au moins 5 jours à l’avance par courriel encourent une pénalité de 100$ qui est facturée au compte institutionnel du membre CSBQ qui dirige leur recherche. Nous vous prions de bien vouloir nous contacter au sujet de votre absence dans les meilleurs délais. Avec nos salutations, VOTRE(VOS) NOM(S) "],["presentation-fr.html", "Section 3 Présentation 3.1 Structure de l’atelier 3.2 Directives générales 3.3 Directives pour la présentation 3.4 Directives pour l’assistance 3.5 Aide à la présentation 3.6 Mode présentation 3.7 Directives pour Zoom 3.8 Contribuer à ces directives", " Section 3 Présentation Les recommandations suivantes ont été rédigées afin d’améliorer le contenu des ateliers pour les personnes qui participent à la série d’ateliers R. Nous proposons des lignes directrices basées sur des stratégies d’enseignement et d’apprentissage factuelles. Même si certains aspects peuvent vous sembler évidents, nous vous demandons de les lire avec attention. 3.1 Structure de l’atelier En moyenne, les ateliers en personne durent 4 heures (pauses incluses), avec une certaine variabilité en fonction du contenu et de la complexité de l’atelier. Les ateliers à distance devraient durer environ 3 heures. Les ateliers sont raccourcis pour s’adapter à ce nouveau format. En général, nous proposons que le temps d’instruction soit divisé en deux sections d’une heure et demie, avec une pause d’une heure entre les deux. Toutefois, certains ateliers peuvent bénéficier d’un déroulement différent, par exemple deux pauses de 30 minutes au lieu d’une longue pause d’une heure. Les suggestions pour les ateliers 1 à 5 sont fournies ci-dessous. Chaque atelier doit commencer par une période d’accueil et d’enregistrement d’environ 5 minutes. Pendant cette période, l’équipe de présentation des ateliers peut prendre la parole, demander aux personnes qui participent comment ils se sentent, et leur donner des instructions sur la façon d’utiliser le “chat” et de poser des questions. Après la période de bienvenue et d’enregistrement, l’équipe de présentation doit commencer l’instruction de l’atelier en illustrant et en précisant le contenu et la structure de l’atelier et des pauses. Lors des ateliers à distance et en personne, de courtes pauses supplémentaires de 5 à 10 minutes (chacune) devraient être prévues à l’occasion pour permettre aux personnes qui participent de faire une courte pause et de répondre aux questions en suspens. À la fin de l’atelier, l’équipe de présentation doit remercier l’audience pour leur présence, leur demander de remplir le questionnaire de retour d’information et leur permettre de poser des questions (si le temps le permet). Suggestions de structures pour les ateliers 1 à 5 : Blocks Atelier 1 Atelier 2 Atelier 3 Atelier 4 Atelier 5 Bienvenue et enregistrement 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes Instruction 85 minutes 85 minutes 85 minutes 85 minutes 55 minutes Pause 60 minutes 60 minutes 60 minutes 60 minutes 30 minutes Instruction 85 minutes 85 minutes 85 minutes 85 minutes 85 minutes Pause Non applic. Non applic. Non applic. Non applic. 30 minutes Instruction Non applic. Non applic. Non applic. Non applic. 55 minutes Conclusion 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 3.2 Directives générales La journée de l’atelier, l’équipe de présentation doit: Arriver au moins 15 minutes avant le début de votre atelier pour préparer la salle de présentation et projeter votre présentation; Pour les ateliers à distance, ouvrez la salle Zoom tôt (en même temps que la présentation et RStudio) et enregistrez-vous auprès de votre co-présentateur avant l’arrivée de l’audience. Prenez les présences; Recueillez les reçus des non-membres si l’atelier a lieu en présentiel; Commencez votre présentation ponctuellement. 3.3 Directives pour la présentation Il est souhaitable de se considérer comme élève pendant le processus d’apprentissage, et de prêter attention à sa méthode d’enseignement et de communication, ainsi qu’à la manière dont elle affecte l’apprentissage; L’équipe de présentation doit se présenter à l’atelier préparés à enseigner le matériel de l’atelier, ainsi qu’à répondre aux questions pertinentes liées à l’atelier ; L’équipe de présentation ne devrait pas lire la présentation uniquement pendant un atelier ; Même pendant les ateliers à distance, il est important que l’équipe de présentation maintienne une présence sociale dans le processus d’apprentissage. L’équipe de présentation doit fournir un retour d’information, communiquer régulièrement, favoriser la participation et créer un environnement accueillant ; Il a été démontré que les quiz en ligne sont plus efficaces que d’autres expériences d’apprentissage en ligne, comme l’attribution de devoirs (Ibid). Il faut donc veiller à consacrer du temps et à exécuter ces quiz quand le matériel de l’atelier le suggère ; L’équipe de présentation devrait stimuler la collaboration chaque fois que cela est possible. Les personnes engagés dans une expérience d’apprentissage social dirigée apprennent mieux, par opposition à un apprentissage isolé ; Lorsque vous vous présentez, donnez un bref résumé de ce que vous faites et comment vous appliquez l’atelier de contenu dans votre recherche ; Faites une enquête rapide auprès de l’audience pour mieux connaître le niveau d’expérience avec le sujet de l’atelier. Il s’agit d’une activité très utile qui peut vous aider à engager le dialogue avec l’audience, permettre une discussion, vous aider à adapter une partie de votre atelier à votre public, vous renseigner sur votre rythme et sur le temps que vous réservez pour travailler sur les exercices ; Demandez régulièrement à l’audience s’il y a des questions récurrentes sur le contenu, et permettez aux personnes qui participent à l’atelier d’y répondre. Rassurez l’audience en leur encourageant de lever la main et vous poser des questions pendant l’atelier. Si l’atelier se déroule à distance, assurez-vous que l’audience comprend bien comment utiliser le “chat” et comment lever la main dans Zoom ; Chaque fois que vous posez des questions à l’audience, il est avisé de ne pas demander uniquement des réponses aux volontaires, mais de “pointer” ou de “nommer” quelqu’un pour répondre à votre question. 3.4 Directives pour l’assistance Quand vous assumez le rôle d’assistance pendant les ateliers : Soyez attentifs et prêts à couper le son des personnes dans l’audience qui ont laissé leur microphone allumé par inadvertance et qui émettent des bruits qui interfèrent avec le déroulement de l’atelier ; Communiquez avec l’audience via le “chat” à propos de l’atelier ; Répondre à toute question posée publiquement ou en privé dans le cadre de Zoom ; Facilitez et stimulez la discussion dans les salles de discussion (“breakout rooms”) en donnant des pistes de discussion et des conseils, soit avant d’ouvrir les salles ou pendant la période de discussion via un message “broadcast” ; Prenez les présences, et contactez les personnes non-inscrites pour leur demander de s’inscrire immédiatement à l’atelier. Toute personne présente à l’atelier devrait être inscrite ; 3.5 Aide à la présentation Vous pouvez accéder à l’option d’aide à la présentation en ouvrant une présentation et en appuyant sur H ou ?. 3.6 Mode présentation Le mode présentation vous permet de visualiser les notes de présentation tout en donnant vos instructions. Pour accéder au mode présentation, vous devez : Ouvrir la présentation ; Cloner la présentation en appuyant sur c. Une fois que vous aurez fait cela, vous remarquerez qu’une nouvelle fenêtre apparaîtra et que tout ce que les deux fenêtres imitent l’une de l’autre, i.e.. ce qui signifie que si vous changez de diapositive dans l’une des deux, l’autre changera ; Entrer en mode présentation dans l’une des fenêtres, en utilisant le raccourci clavier p ; Notez que vous devez partager la fenêtre clonée qui n’est pas en mode présentation avec l’audience. Les détails sur la façon de procéder sont expliqués ci-dessous. 3.7 Directives pour Zoom Organiser un atelier par Zoom n’est peut-être pas dans la zone de confort de chaque personne qui présente un atelier R. Voici quelques conseils pour vous aider à utiliser Zoom afin de créer une expérience d’atelier interactive et technologiquement fluide. 3.7.1 Partager votre écran ou une fenêtre spécifique Par défaut, l’autorisation de “partage d’écran” n’est généralement accordée qu’à l’hôte de la réunion. Cependant, vous pouvez attribuer des autorisations de partage à d’autres personnes. Nous vous recommandons de tester les options de “Partage d’écran” avant que l’audience entre dans la salle Zoom. Pour partager une fenêtre spécifique, cliquez sur le bouton Partager l’écran (en anglais, Share Screen) situé dans les commandes de votre réunion, et sélectionnez l’option Fenêtre d’application spécifique qui contient la présentation que vous allez partager. Pour partager tout votre écran, cliquez sur le bouton Partager l’écran (en anglais, Share Screen) situé dans les commandes de votre réunion, et sélectionnez l’option Bureau (en anglais, Desktop) qui correspond à votre atelier. Pour plus d’informations sur le partage d’écran, veuillez consulter cette page d’aide. 3.7.2 Vie privée Si vous souhaitez cacher votre arrière-plan pendant que vous présentez l’atelier, n’hésitez pas à utiliser un arrière-plan virtuel dans Zoom. Veuillez vous assurer que l’arrière-plan n’est pas une distraction, ne masque pas votre visage et respecte notre code de conduite. 3.7.3 Gestion du “Chat” La personne qui assiste pendant l’atelier doit garder un œil sur le “chat” autant que possible. Préparez-vous à répondre aux questions et à vérifier comment l’audience se sent, par exemple en demandant périodiquement si plusieurs personnes aimeraient prendre une courte pause, s’il faudrait mettre plus de temps pour compléter des exercices, ou si il y a un besoin pour plus d’explications. Veuillez noter que vous pouvez choisir d’envoyer un message à tout le monde ou de discuter avec une personne spécifique en privé. Si quelqu’un a des difficultés avec l’atelier et a besoin d’une aide supplémentaire, la personne qui assiste peut inviter cette personne dans une salle de discussion pour fournir des explications plus complètes et/ou du dépannage. Voir les informations sur les salles de discussion ci-dessous. Veuillez enregistrer le ‘chat’, si possible, et le partager lorsque vous contacterez les personnes qui ont participé à l’atelier, suite à l’atelier. 3.7.4 Retours non verbaux Vous pouvez également demander des retours non verbaux à votre public par le biais de Réactions. C’est un excellent moyen de faire le point avec l’audience et de demander une Réaction spécifique si les informations ne sont pas claires, ou si un exercice est complété. Il existe des fonctionnalités supplémentaires de retours dans le panel Participants, notamment Raise Hand, Oui et Non, entre autres. N’hésitez pas à utiliser la fonctionnalité avec laquelle vous êtes le plus à l’aise, mais veillez à expliquer comment accéder à ces fonctionnalités dans la section “Bienvenue” de l’atelier. 3.7.5 Sondages Certains des exercices de l’atelier sont conçus sous forme de simples sondages. Pour les ateliers à distance, ces sondages seront effectués sur Zoom. Veuillez préparer les sondages avant le début de l’atelier, afin d’assurer le bon déroulement des exercices. Les questions et réponses des sondages sont disponibles dans les présentations. Vous pouvez voir comment créer et lancer des sondages dans Zoom ici. 3.7.6 Salles de discussion Certains des exercices de l’atelier sont conçus pour être effectués en groupe. Pour les ateliers à distance, ces exercices de groupe auront lieu dans des salles de discussion (“Breakout Rooms”). Veuillez noter que par défaut, l’hôte de la réunion est la seule personne qui peut eut gérer les salles de conférence, et la première personne de l’équipe de présentation à entrer dans la salle sera assigné comme hôte. Gardez cela en tête, et entrez dans la salle tôt si vous êtes responsable des salles de discussion. 3.7.6.1 Création de salles de discussion Vous devriez voir l’option pour les salles de discussion (“Breakout Rooms”) en bas à droite de votre barre d’outils Zoom. Cliquez sur ce bouton. Vous verrez une fenêtre pop-up dans laquelle vous pouvez assigner des personnes à un certain nombre de salles, que vous pouvez définir vous-même. En bas de cette fenêtre, vous trouverez une estimation du nombre de personnes par salle, basée sur le nombre de salles. Essayez de choisir un nombre de salles qui donne 3 à 5 personnes par salle. Cochez la case “Automatiquement” pour que Zoom assigne arbitrairement les personnes aux salles de discussion. Une fois que tout le monde est assigné aux salles de discussion, cliquez sur le bouton ““Start All Sessions”. 3.7.6.2 Communication avec votre public Veuillez noter que votre public ne pourra pas accéder au “chat” dans les salles de discussion. Si vous avez des informations à communiquer, telles que les objectifs de l’exercice ou des liens, veuillez le faire avant d’ouvrir les salles de discussion. Il est également conseillé de préciser à l’audience le temps que vous leur accordez pour l’exercice avant d’ouvrir les salles. Vous pouvez communiquer avec les salles de discussion en diffusant un message à tous (“Broadcast message to all”), qui est un bouton dans le panneau des salles de discussion qui est à la disposition de la personne qui a créé les salles. Les hôtes et co-hôtes peuvent également se joindre à des salles de discussions individuelles pour se renseigner sur les différents groupes, si vous le souhaitez (instructions ici). 3.7.6.3 Fermer les salles de discussion Cliquez sur le bouton “Stop All Sessions” dans le panneau des salles de conférence qui est à la disposition de la personne qui a créé les salles. Pour plus d’informations sur la mise en place des salles de conférence, reportez-vous à ce guide visuel et au guide de Zoom. 3.8 Contribuer à ces directives Avez-vous des suggestions concernant ces directives? Veuillez créer un numéro et nous aider à améliorer ce matériel ! "],["developper-fr.html", "Section 4 Développer 4.1 Directives 4.2 Comment développer des ateliers 4.3 Contribuer autrement", " Section 4 Développer 4.1 Directives Ce guide est conçu pour aider les équipes de développement lors de la création et de la modification du contenu des ateliers R du CSBQ. Nous voulons nous assurer que les personnes qui assistent aux ateliers peuvent se concentrer sur le contenu présenté sans distraction par des questions de style, de grammaire, de ponctuation et/ou de structure. Veuillez lire attentivement ce guide avant de commencer et vous y référer régulièrement pendant votre travail. 4.1.1 Principales priorités Nous avons établi ici une liste de priorités pour les personnes qui souhaitent contribuer aux ateliers R. L’idéal serait que les équipes de développement accomplissent toutes ces tâches, mais si les circonstances rendent cela impossible, il est important de se concentrer sur les changements structurels avant les questions de style. Une version de cette liste sous forme de liste de contrôle a été ouverte en tant que besoin dans le dépôt GitHub pour chaque atelier respectif. Nous vous suggérons d’utiliser ces listes de contrôle comme un moyen de suivre votre progression tout en travaillant et en vous coordonnant avec votre collègue développeur, le cas échéant. Elles peuvent également être utilisées comme référence pour rapporter le travail accompli aux coordinateurs de la série d’ateliers R du CSBQ, ou pour demander des heures supplémentaires. Priorités générales: Traiter les problèmes existants soumis à GitHub, qui sont notés dans la section “Issues” du dépot GitHub. S’assurer que le code fonctionne correctement et que le code correspond à la présentation de l’atelier. Continuez à vérifier cela au fur et à mesure que vous apportez des modifications. S’assurer que les versions francophone et anglophone d’un atelier sont toutes les deux mises à jour et que le contenu est équivalent. Les ateliers ne doivent pas contenir des fautes d’orthographe, de grammaire ou de ponctuation. Veiller à ce que les diapositives des ateliers soient rédigées dans un style cohérent, ce qui facilite le déroulement des ateliers et la compréhension. Cela est particulièrement important lorsque l’on travaille en collaboration dans une équipe de développement. Dans la mesure du possible, ajoutez des notes de présentation aux diapositives que vous modifiez. Vous pouvez écrire des notes que vous pourrez lire vous-même en mode présentation quand vous appuyez sur le raccourci clavier P. Ces notes sont écrites sous trois points d’interrogation ???, avant la fin d’une diapositive. Voir l’exemple ci-dessous : --- Le contenu de cet atelier est essentiel. ??? Note : _Chantez cette diapositive_. --- 4.1.2 Règles structurelles Ne laissez pas le contenu des diapositives déborder de l’écran. Le code utilisé pour générer un résultat (chiffre ou calcul) doit correspondre au code affiché. Utilisez les cochettes de retour ` chaque fois que vous mentionnez une fonction, un objet ou un paquet dans votre prose. Utilisez les trois dernières cases à cocher ``` pour séparer les morceaux de code de la prose. Faites attention à la fluidité et aux distractions. 4.1.3 Grammaire et style Faites attention à la ponctuation, à l’orthographe et à la grammaire. Faites votre mieux pour être clair et concis. Évitez les phrases trop longues. Relisez l’atelier dans son intégralité pour vous assurer que le flux est bon. N’hésitez pas à demander à votre pair en développement de réviser votre texte. 4.1.4 Apprentissage active Les ateliers doivent être interactifs et comprendre des exercices et des sondages. Nous présentons ci-dessous quelques exemples d’exercices, de modes d’apprentissage fondés sur des données probantes et de stratégies efficaces pour organiser des ateliers à distance. Nous vous recommandons de prendre votre temps et de bien planifier l’élaboration des exercices. Veillez à ce que les objectifs de l’exercice soient en adéquation avec ceux de l’atelier. Rappelez-vous que tout ce qui est écrit dessous le ??? est une note pour la personne qui présente et n’apparaîtra donc pas dans la diapositive de présentation, mais apparaîtra dans la fenêtre du mode présentation. 4.1.4.1 Sondages simples Voir ci-dessous quelques exemples de deux diapositives contenant un exercice suivi de leurs solutions. Exemple 1 Contexte : Les personnes participant à l’atelier viennent d’apprendre quelles fonctions utiliser pour effectuer des comparaisons entre groupes dépendants et indépendants, et ont également été initiés à la vérification d’hypothèses unilatérales et bilatérales. Objectif : évaluer les connaissances des personnes participant à l’atelier et les rendre plus confiantes dans le choix du test à deux échantillons approprié dans leur recherche. Elaboré par : Pedro Henrique P. Braga --- Nous souhaitons évaluer si nous trouvons plus d'acromanthules dans les zones boisées et ombragées par rapport aux zones ouvertes. Nous sommes allés sur le terrain et avons compté le nombre d'individus (variable : `abundance`) dans dix paysages forestiers et ouverts répartis de manière aléatoire (variable : `type_of_area`). Laquelle des fonctions suivantes serait appropriée pour tester notre hypothèse ? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided").` 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided")`; ??? Note : Pendant ce moment, un sondage doit être ouvert. Une fois que vous avez obtenu les réponses de votre public, montrez-leur la bonne réponse. Vous pouvez demander à quelqu'un d'expliquer sa réponse. --- Nous souhaitons évaluer si nous trouvons plus d'acromanthules dans les zones boisées et ombragées par rapport aux zones ouvertes. Nous sommes allés sur le terrain et avons compté le nombre d'individus (variable : `abundance`) dans dix paysages forestiers et ouverts répartis de manière aléatoire (variable : `type_of_area`). Laquelle des fonctions suivantes serait appropriée pour tester notre hypothèse ? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided").` 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided")`; #<< ??? Note : Vous devez préciser la distinction entre les tests d'hypothèse bilatéraux et unilatéraux (i.e. one-sided and two-sided; dans le contexte du problème). En outre, vous devez également rappeler les différences entre les mesures dépendantes et indépendantes (en rapport avec l'argument `paired`). --- Exemple 2 Contexte : Les personnes participant à l’atelier ont été initiés aux modèles linéaires généralisés, et viennent d’apprendre la distribution de Poisson, ses hypothèses selon lesquelles la variance est égale à la moyenne, et comment la sur-dispersion de leurs données peut être un problème lors de l’ajustement de ces modèles. Ils ont été initiés à la famille quasi-Poisson et à la possibilité d’appliquer une correction de sur-dispersion pour les données binaires avec l’objet de famille “quasibinomial”. Objectif : Évaluer la capacité à appliquer le concept de correction de la sur-dispersion à différents types de données, pour aider à mieux comprendre la relation entre les objets de famille et les fonctions de liaison, et pour renforcer l’idée que les modèles peuvent être mis à jour sans avoir à en créer de nouveaux. Elaboré par : Esteban Góngora --- Nous avons maintenant réalisé que l'exemple de proportion pour les cerfs infectés peut avoir des problèmes de surdispersion (la variance augmente beaucoup plus vite que la moyenne). Laquelle des fonctions suivantes serait une mise à jour appropriée pour tenir compte de la surdispersion dans nos données sur les proportions ? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = "logit"), weights = n.total)` ; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, famille = quasibinomial, poids = n.total)` ; 3.`prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = "logit"))` ; ??? Note : Pendant ce moment, un sondage devrait être ouvert. Une fois que vous avez obtenu les réponse de votre public, montrez-leur la bonne réponse. Vous pouvez demander à quelqu'un d'expliquer sa réponse. --- Nous avons maintenant réalisé que l'exemple de proportion pour les cerfs infectés peut avoir des problèmes de surdispersion (la variance augmente beaucoup plus vite que la moyenne). Laquelle des fonctions suivantes serait une mise à jour appropriée pour tenir compte de la surdispersion dans nos données sur les proportions ? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = "logit"), weights = n.total)` ; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, famille = quasibinomial, poids = n.total)` ; 3. `prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = "logit")) #<<` ; ??? Note : Vous pouvez maintenant expliquer que nous pouvons obtenir le modèle corrigé avec les options 2 et 3. Cependant, l'option 3 est le bon choix car vous aviez demandé de mettre à jour le modèle `prop.reg2`. Vous pouvez également rappeler que chaque distribution a une fonction de lien par défaut, donc l'utilisation de `family = quasibinomial` et `family=quasibinomial(link = "logit")` produira le même résultat que `logit` est la fonction de lien par défaut pour la distribution quasibinomiale. --- 4.1.4.2 Exercice de groupe Le travail en petits groupes permet d’exploiter les forces de chaque membre du groupe et d’améliorer le succès du cadre collectif. Cet exercice exige un répartition au hasard de l’audience dans des salles de discussion (idéalement, 5 personnes par salle) et doit comprendre une activité se rapportant à un point de discussion. À la fin de cet exercice, les groupes sont reconvoqués et une personne de chaque salle de discussion doit faire un rapport et résumer la discussion. Cette activité doit durer environ 10 minutes (parfois moins si elle est très simple) et doit utiliser les informations qui ont été fournies pendant l’atelier. Voir ci-dessous deux exemples de diapositives contenant un exercice suivi de sa solution : Exemple 1 Contexte : Cet exercice doit être fourni pour préparer le terrain aux discussions lors d’un atelier de visualisation de données. Il n’exige pas une connaissance solide de la visualisation de données. Objectif : Encourager la réflexion critique autour de la visualisation de données. Élaboré par : Pedro Henrique P. Braga --- Discussion de groupe : Vous trouverez ci-dessous trois graphiques compilés à partir d'un livre de visualisation (référence indiquée dans la diapositive suivante). Ouvrez et observez les tableaux et discutez avec votre groupe pour répondre aux questions suivantes : (a) Quels problèmes voyez-vous dans chacun des tableaux ? (b) Quelles sont les conséquences de ces problèmes que vous avez identifiés ? (c) Que changeriez-vous dans chacun d'eux pour améliorer leur information ? ### Ajoutez ces images côte à côte. ![](https://socviz.co/assets/ch-01-chartjunk-life-expectancy.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-holmes-monstrous-only.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-excel-3d-column-chart-values.png) ??? Note : Lisez clairement l'exercice. Demandez un résumé des réponses et qu'une personne doit ensuite faire un compte rendu de la discussion lorsque la classe est convoquée. Vous pouvez prévoir 5 à 8 minutes pour la discussion dans les salles de discussion (en fonction de la taille du groupe) car il s'agit d'un exemple très simple. --- Discussion de groupe : Vous trouverez ci-dessous trois graphiques compilés à partir d'un (livre de visualisation) [https://socviz.co/lookatdata.html]. Ouvrez et observez les tableaux et discutez avec votre groupe pour répondre aux questions suivantes : (a) Quels problèmes voyez-vous dans chacun des tableaux ? (b) Quelles sont les conséquences de ces problèmes que vous avez identifiés ? (b) Que changeriez-vous dans chacun d'eux pour améliorer leur information ? ### Afficher les images côte à côte ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-voeten-version-2.png) ??? Note : Les chiffres en question ne sont pas seulement une question de mauvais goût (subjectif), mais ont des problèmes liés à la manière dont ils transmettent l'information. Dans cet exemple, le problème n'est pas dû à une différence dans la façon dont l'axe des y est dessiné. Il s'agit plutôt d'une mesure différente : nous examinons maintenant la tendance du score moyen, plutôt que la tendance de la réponse la plus élevée possible. --- Exemple 2 Contexte : Les personnes qui participent viennent d’être initiés aux analyses multivariées, et viennent de voir le tableau récapitulatif des principales caractéristiques des ordinations sans contrainte. Objectif : Permettre auxpersonnes qui participent d’appliquer de manière critique les informations présentées dans cet atelier en déterminant quel type d’étude/données correspondrait le mieux aux différents types d’ordinations. Elaboré par : Esteban Gongora Bernoske --- Discussion de groupe : Chaque groupe se verra attribuer au hasard un type d'ordination. Vous discuterez au sein de votre groupe des types d'ensembles de données possibles qui correspondent le mieux au type d'ordination qui vous a été attribué. Chaque groupe présentera un exemple concret de projet/étude/expérience qui serait utilisé avec sa méthode d'ordination. ### Inclure le tableau récapitulatif pour référence. ![]((http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-fr/workshop09-pres-fr.html#141)) ??? Note : Lisez clairement l'exercice et attribuez à chaque salle de discussion un type d'ordination. Suggérez l'utlisation des caractéristiques du tableau récapitulatif pour trouver la réponse, puis une personne doit faire un compte rendu de la discussion lorsque la classe est convoquée en présentant l'exemple choisi et en mentionnant brièvement la raison pour laquelle elle l'a choisi. Vous pouvez prévoir 5 à 8 minutes pour la discussion dans les salles de discussion (en fonction de la taille du groupe). Pendant les discussions en sous-groupes, pensez à des exemples possibles que vous pourriez leur donner au cas où la discussion ne se déroulerait pas comme prévu (n'oubliez pas que c'est la fin de l'atelier et que votre public peut donc être déjà fatigué). --- Discussion de groupe : Chaque groupe se verra attribuer au hasard un type d'ordination. Vous discuterez au sein de votre groupe des types d'ensembles de données possibles qui correspondent le mieux au type d'ordination qui vous a été attribué. Chaque groupe présentera un exemple concret de projet/étude/expérience qui serait utilisé avec sa méthode d'ordination. ### Inclure le tableau récapitulatif pour référence. ![]((http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-fr/workshop09-pres-fr.html#141)) ??? Note : Mentionnez quelques exemples ou utilisez les exercices présentés pendant l'atelier pour conclure la discussion. --- 4.1.4.3 Exercice individuel Des exercices individuels simples demandent à chacun de pratiquer un peu par soi-même. En fonction de la difficulté des exercices, pensez à prévoir entre 5 et 10 minutes pour leur exécution. Bien que ces exercices aident à assimiler le contenu, certaines personnes peuvent être moins motivées pour les exécuter (contrairement aux exercices de groupe). C’est pourquoi il faut envisager d’inclure d’autres types d’exercices en plus de ceux-ci. À la fin de ces exercices, donnez l’occasion à une ou quelques personnes de présenter et de discuter leurs réponses. Ci-dessous, nous pouvons voir un exemple d’exercice indépendant et sa solution : Contexte : L’atelier vient d’aborder les familles de distribution, les fonctions de liens et des exemples du fonctionnement des fonctions glm() et manyglm(). Objectif : Encourager l’observation les tracés de diagnostic lors du choix de modèle. Élaboré par : Pedro Henrique P. Braga. --- Utilisez `manyglm()` pour estimer les réponses de la composition de la communauté d'acariens à toutes les variables environnementales associées à l'ensemble de données sur les `acariens`. Quelles familles d'erreurs (gaussiennes, de poisson ou binomiales négatives) correspondent le mieux aux données ? N'oubliez pas de charger les bibliothèques `vegan` et `mvabund`, et d'utiliser `data(mite)` et `data(mite.env)` pour charger les ensembles de données. Conseil : Souvenez-vous de ce que nous avons dit sur les hypothèses de modèle ! ??? Note : L'objectif de cet exercice est de permettre d'écrire indépendamment les modèles, d'assigner les arguments appropriés liés aux familles de distribution et de réaliser qu'ils doivent tracer les résidus par rapport aux valeurs ajustées pour décider du meilleur modèle. Rappelez ce que les deux ensembles de données comprennent. Vous pouvez aider votre public à se rendre compte des arguments possibles en suggérant la fonction d'aide "?`". À la fin de cet exercice, invitez quelques personnes à partager leur réponse et demandez-leur comment ils l'ont obtenue. --- Utilisez `manyglm()` pour estimer les réponses de la composition de la communauté d'acariens à toutes les variables environnementales associées à l'ensemble de données sur les `acariens`. Quelles familles d'erreurs (gaussiennes, de poisson ou binomiales négatives) correspondent le mieux aux données ? Solution : ### À afficher à l'intérieur d'un bloc de code: mitedat <- mvabund(mite) mite.gaussian.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrat + Arbuste + Topo, data = mite.env, family='gaussian') mite.poisson.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrat + Arbuste + Topo, data = mite.env, family='poisson') mite.nb.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrat + Arbuste + Topo, data = mite.env, family='negative.binomial') # Afficher les tracés de diagnostic côte à côte : par(mfrow=c(1,3)) plot(mite.gaussian.glm) plot(mite.poisson.glm) plot(mite.nb.glm) ### Fin de la partie du code ??? Note : Montrez clairement quels arguments ont changé entre les fonctions et ce qu'ils impliquent. Expliquez comment les hypothèses de distribution des résidus et des valeurs prédites doivent encore être satisfaites pour que les modèles soient considérés comme valables. --- 4.2 Comment développer des ateliers Cette section vous guide à travers le processus de contribution aux présentations des ateliers R du CSBQ. 4.2.1 Pour commencer Les ateliers R du CSBQ sont des présentations créées en utilisant xaringan, donc la première étape est d’installer la bibliotèque R xaringan. if (!require(devtools)) install.packages("devtools") devtools::install_github("yihui/xaringan") Ensuite, vous devez créer une copie locale du répertoire de l’atelier sur lequel vous travaillerez, que vous trouverez ici. Pour ce faire, vous pouvez cloner le répertoire GitHub sur votre ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez utiliser la ligne de commande (plus de détails ici) : git clone https://github.com/QCBSRworkshops/workshop01.git # changez ce lien en fonction de l'atelier sur lequel vous travaillez ! Si vous n’êtes pas à l’aise avec la ligne de commande, vous pouvez cloner ce dépôt d’archives en utilisant GitHub Desktop, en suivant les instructions ici. Une fois que vous avez cloné le dépôt d’archives, vous êtes prêt à commencer le développement ! 4.2.2 Flux de travail GitHub GitHub crée des dépôt d’archives avec une seule branche par défaut, nommée dev (si vous travaillez en ligne de commande) ou main (si vous travaillez dans GitHub Desktop). C’est la branche que vous voyez quand vous visitez le dépôt d’archives. Nous vous recommandons fortement de travailler sur une nouvelle branche, qui vous permet de développer les ateliers sans affecter la branche principale du dépôt d’archives. Travailler sur une branche distincte signifie que les changements ne sont mis en œuvre dans le contenu original qu’une fois que vos contributions ont été examinées. C’est une façon “plus sécuritaire” de développer les ateliers, particulièrement lorsque plusieurs personnes collaborent sur un atelier en même temps. Créer et publier une nouvelle branche. Choisissez un nom qui décrit explicitement ce que vous modifiez, par exemple workshop1_intro si vous travaillez sur l’introduction de l’atelier 1. Sur la ligne de commande : git branch workshop1_intro # créer une nouvelle branche Github Desktop (instructions ici). Passer à cette branche. Assurez-vous que vous travaillez sur votre nouvelle branche ! Sur la ligne de commande : git checkout workshop1_intro # passer à cette branche # Notez que vous pouvez créer et changer de branche en une seule ligne : git checkout -b workshop1_intro GitHub Desktop (instructions ici). Effectuez vos modifications, en suivant les lignes directrices énumérées ci-dessus. Ajoutez et validez vos modifications. Une fois que vous avez terminé de faire des changements sur votre branche, ajoutez-les et validez-les pour enregistrer ces changements. Lorsque vous validez des modifications, il est essentiel d’inclure un message de validation qui résume brièvement ce que vous avez fait. Soyez bref mais informatif ! Sur la ligne de commande : git add -A # ajoutez tous vos changements git commit -m "fix code for plot in Challenge 1" # commettez vos changements avec un message Vous pouvez également utiliser GitHub Desktop pour ajouter des modifications (instructions ici) et les valider (instructions ici). Synchronisez votre branche principale avec le référentiel distant. Il est important de s’assurer que votre branche principale est à jour avant de la modifier. Retournez à la branche principale et récupérez les modifications qui ont été faites depuis la dernière copie du dépôt d’archives. Tirez le dev sur la ligne de commande : git checkout dev # retour à la branche principale pull git # tirez les changements faits sur la branche principale Tirez la branche main sur GitHub Desktop (instructions ici). Fusionnez votre branche avec la branche principale locale. Retournez à votre branche (par exemple workshop1_intro) et fusionnez-la avec votre branche principale locale. S’il y a des conflits, veuillez les résoudre ! Vous pouvez fusionner votre branche avec la branche dev en utilisant la ligne de commande : git checkout workshop1_intro # retournez à votre branche git merge dev # fusionner la branche principale avec votre branche Fusionnez votre branche avec la branche main dans GitHub Desktop (instructions ici). Poussez votre branche fusionnée localement vers le dépôt d’archives GitHub distant. En ligne de commande, vous pouvez pousser votre branche fusionnée localement (par exemple workshop1_intro) vers le dépôt d’archives distant comme ceci : git push --set-upstream origin workshop1_intro # poussez vers le dépôt ! Poussez votre branche (par exemple workshop1_intro) vers le dépôt d’archives distant dans GitHub Desktop (voir étape #4). Ouvrez une demande d’extraction. Les pull requests ou demandes d’extraction sont un moyen de faire connaître à votre équipe de développement les changements que vous avez poussés vers une branche du dépôt Github. Une fois que vous avez ouvert une demande d’extraction, nous pouvons examiner les changements potentiels et ajouter des commandes de suivi (si nécessaire) avant que vos changements ne soient fusionnés dans la branche principale. Pour ouvrir une demande d’extraction pour votre branche (par exemple workshop1_intro), veuillez suivre ces instructions. Assignez votre demande d’extraction à l’équipe de coordination des ateliers R du CSBQ. Votre demande sera révisée et fusionnée avec le dépôt principal. Une fois que la demande d’extraction est fusionnée, n’oubliez pas de tirer la branche principale ! Un guide visuel du flux de travail GitHub est aussi accessible ici. 4.3 Contribuer autrement Si vous n’êtes pas à l’aise avec GitHub, vous pouvez toujours nous aider à améliorer les ateliers ! Si vous trouvez des erreurs ou des incohérences, ou si vous souhaitez faire une suggestion, que ce soit sur la forme ou le contenu, vous êtes invités à ouvrir un numéro. Vous pouvez suivre ces étapes simples pour créer un nouveau numéro. "],["payment-fr.html", "Section 5 Recevoir votre prix 5.1 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs de McGill 5.2 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs ou au postdoctorat hors-McGill 5.3 Implications fiscales", " Section 5 Recevoir votre prix Tous les membres du CSBQ qui présentent ou développent des ateliers reçoivent un prix d’apprentissage et de développement du Centre de la science de la biodiversité du Québec (CSBQ) [à l’exclusion des membres du CSBQ au postdoctorat de McGill, voir ci-dessous]. Le traitement du prix dépend de votre institution et de votre statut académique: Membre du CSBQ aux cycles supérieurs de McGill: Votre prix sera traité sous la forme d’un paiement de bourse. Veuillez suivre les instructions ci-dessous qui sont spécifiques aux membres CSBQ de McGill. Membre du CSBQ aux cycles supérieurs ou au postdoctorat hors-McGill: Votre prix sera traité comme un contrat indépendant. Veuillez suivre les instructions ci-dessous qui sont spécifiques aux membres du CSBQ hors-McGill. Membre du CSBQ au postdoctorat de McGill: Malheureusement, en raison de limitations contractuelles institutionnelles, les membres du CSBQ de McGill ne sont plus éligibles pour recevoir des Bourses d’apprentissage et de développement du CSBQ à partir de mars 2021. Des exceptions existent si votre contrat avec le membre du CSBQ qui dirige votre recherche le permet, mais cela est rare. En raison de ce changement, les membres du CSBQ au postdoctorat de McGill ne peuvent contribuer à la série que sur une base volontaire. 5.1 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs de McGill Suivez ces étapes pour recevoir votre prix : Remplissez d’abord la feuille de paiement pour l’équipe de présentation et/ou la feuille de paiement pour l’équipe de développement avec les informations requises. Déclarez un atelier par ligne si vous avez contribué à plusieurs ateliers. Pour présentation d’atelier(s): Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne reçoit une récompense d’un montant maximum de 150$ par atelier. Remplissez une facture du CSBQ, ci-jointe. Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 150$ par atelier” ; “Total : 250$”). Si vous avez présenté et/ou développé plusieurs ateliers, indiquez-les sur des lignes séparées dans une seule facture, si possible. Le numéro de facture (“Invoice #”) dépendra du nombre de factures que vous avez déjà soumises. Par exemple, si c’est la première fois que vous soumettez une facture au CSBQ/McGill, le numéro de facture est 01. Si c’est la cinquième fois que vous soumettez une facture, le numéro de facture est 05. Il est très important que chaque facture que vous soumettez ait un numéro de facture unique, sinon votre paiement risque de subir des délais importants. N’écrivez rien à côté de “P.O.” (qui signifie “Bon de commande”). Enregistrez ce fichier sous le nom de “VOTRENOM_RWorkshop_Invoice.docx”. Troisièmement, envoyez la facture à csbq.qcbs.r@gmail.com (Ëquipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ). Indiquez votre numéro d’étudiant.e dans le message. Vous pouvez utiliser le message suivant comme modèle: Objet du message : Prix d’apprentissage et de développement - Série d’ateliers R du CSBQ Bonjour, Vous trouverez en pièce jointe à ce message ma facture pour le(s) atelier(s) que j’ai instruit(s)/développé(s) dans le cadre de la série d’ateliers R du CSBQ. Voici mon numéro d’étudiant.e de McGill : INSÉRER LE NUMÉRO D’ÉTUDIANT.E. Je certifie que les informations jointes à ce message sont vraies et correctes au meilleur de ma connaissance. Merci et bonne journée, VOTRE NOM. **Quatrièmement, le personnel administratif du CSBQ répondra à votre courriel avec un formulaire d’autorisation de paiement de la bourse d’études que vous devrez signer. Une fois que vous aurez signé ce formulaire, le personnel administratif du CSBQ demandera également les signatures de l’administration du CSBQ et enverra ensuite la facture aux “Affaires étudiantes” de McGill en vous mettant en copie. Vous devriez recevoir votre paiement dans les 1 à 2 jours suivant son traitement par McGill. Si vous ne recevez pas votre paiement dans les deux jours, veuillez contacter Dre. Elina à nouveau afin qu’elle puisse vous aider à recevoir votre paiement. 5.2 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs ou au postdoctorat hors-McGill Suivez ces étapes pour recevoir votre prix: Remplissez d’abord la feuille de paiement pour l’équipe de présentation et/ou la feuille de paiement pour l’équipe de développement avec les informations requises. Déclarez un atelier par ligne si vous avez contribué à plusieurs ateliers. Pour les personnes qui présentent: Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne qui présente un atelier reçoit un prix d’un montant maximum de 150 $ par atelier. Remplissez et signez ce formulaire. Cette étape est à faire qu’une seule fois. Si vous vous êtes déjà enregistré en tant que bénéficiaire à l’Université McGill, vous pouvez passer à l’étape 3. Enregistrez ce fichier sous le nom de “VOTRENOM_PayeeForm.pdf”. Notez que vous êtes considéré comme “Payee ou Bénéficiaire” aux fins de l’élaboration et de l’instruction d’un atelier appartenant à la série d’ateliers R du CSBQ. Si vous avez besoin de plus d’informations sur la détermination du statut de personne salariée par rapport à celui du statut de personne entreprenante indépendante, consultez ceci. Remplissez une facture du CSBQ, ci-jointe. Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 150 $ par atelier” ; “Total : 250 $”). Si vous avez présenté et/ou développé plusieurs ateliers, indiquez-les sur des lignes séparées dans une seule facture, si possible. Le numéro de facture (“Invoice #”) dépendra du nombre de factures que vous avez déjà soumises. Par exemple, si c’est la première fois que vous soumettez une facture au CSBQ/McGill, le numéro de facture est 01. Si c’est la cinquième fois que vous soumettez une facture, le numéro de facture est 05. Il est très important que chaque facture que vous soumettez ait un numéro de facture unique, sinon votre paiement risque de subir des délais importants. N’écrivez rien à côté de “P.O.” (qui signifie “Bon de commande”). Enregistrez ce fichier sous le nom de “VOTRENOM_RWorkshop_Invoice.docx”. Envoyez la facture à csbq.qcbs.r@gmail.com (Équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ). Indiquez dans votre message à l’équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ si vous avez déjà été enregistré en tant que personne à personne employée ou contractante indépendante de l’université pour l’Université McGill (c’est-à-dire si vous êtes déjà une personne bénéficiaire ou non). Si votre adresse a changé depuis votre première inscription en tant que bénéficiaire, veuillez le mentionner dans votre message à Dre. Elina. Vous pouvez utiliser le modèle de message suivant pour votre message: Sujet du message : Prix de l’apprentissage et du développement - Série d’ateliers R du CSBQ Bonjour, Vous trouverez en pièce jointe à ce message mon formulaire de paiement et la facture pour le(s) atelier(s) que j’ai animé(s)/développé(s) dans le cadre de la série d’ateliers R du CSBQ. Je SUIS DÉJÀ ou je NE SUIS PAS ENCORE pas enregistré(e) en tant qu’employé(e) ou entrepreneur(e) indépendant(e) pour l’Université McGill. OPTION : Veuillez noter que mon adresse a changé depuis que j’ai été enregistré comme bénéficiaire, mon adresse actuelle est: * insérer l’adresse. INSÉRER L’ADRESSE Je certifie que les renseignements joints à ce message sont, à ma connaissance, vrais et exacts. Merci et bonne journée, VOTRE NOM Après quelques (3-4) semaines, le service des achats de l’Université McGill vous enverra un courriel contenant un bon de commande. Le personnel administratif du CSBQ remplira ce bon de commande pour vous, et le soumettra. Vous devriez ensuite recevoir un chèque à l’adresse que vous avez indiquée dans votre facture dans les jours qui suivent! Si vous ne recevez pas votre paiement dans le délai institutionnel déterminé par les Services d’approvisionnement de McGill Conditions générales (actuellement, 45 jours nets), veuillez nous contacter en indiquant que votre paiement a été retardé au-delà d’un délai raisonnable. 5.3 Implications fiscales Les allocations et les contrats indépendants ne sont pas des salaires d’employés et le payeur n’est pas responsable de l’impôt sur le revenu ou des déductions liées à l’emploi. Les membres du CSBQ de McGill qui reçoivent des prix doivent recevoir de McGill un feuillet d’impôt T4A indiquant le revenu de bourse à déclarer pour la période. Les membres du CSBQ qui ne sont pas de McGill reçoivent leur prix en tant que personnes entreprenantes indépendantes et ne recevront donc pas de relevé d’impôt de McGill. La responsabilité de comprendre vos obligations légales et fiscales vous appartient. Vous devez soumettre une déclaration d’impôt annuelle qui fait état de votre revenu net selon le format standard gouvernemental et conserver vos factures pendant la période prescrite par le gouvernement (actuellement, sept ans). "],["codeofconduct-en.html", "Section 6 Code of conduct", " Section 6 Code of conduct The QCBS R Workshop Series and the QCBS R Symposium are venues dedicated to providing a welcoming and supportive environment for all people, regardless of background or identity. Participants, presenters and organizers of the workshop series and other related activities accept this Code of Conduct when being present at any workshop-related activities. We do not tolerate behaviour that is disrespectful or that excludes, intimidates, or causes discomfort to others. We do not tolerate discrimination or harassment based on characteristics that include, but are not limited to, gender identity and expression, sexual orientation, disability, physical appearance, citizenship, ethnic or social origin, pregnancy, familial status, religion or belief (or lack thereof), membership of a minority, age, education and socioeconomic status. It applies to all spaces managed by or affiliated with the workshop, including, but not limited to, workshops, email lists, and online forums such as GitHub, Slack and Twitter. Workshop participants violating these rules may be sanctioned or expelled from the workshop without a refund at our discretion. Expected behaviour All participants and presenters are expected to show respect and courtesy to others. All interactions should be professional regardless of platform: either online or in-person. In order to foster a positive and professional learning environment we encourage the following kinds of behaviours in all workshop events and platforms: Use welcoming and inclusive language Be respectful of different viewpoints and experiences Gracefully accept constructive criticism Focus on what is best for the community Show courtesy and respect towards other community members Unacceptable behaviour Examples of unacceptable behaviour by participants at any workshop event/platform include: written or verbal comments which have the effect of excluding people on the basis of membership of any specific group; causing someone to fear for their safety, such as through stalking or intimidation; violent threats or language directed against another person; the display of sexual or violent images; unwelcome sexual attention; nonconsensual or unwelcome physical contact; insults or put-downs; sexist, racist, homophobic, transphobic, ableist, or exclusionary jokes; incitement to violence, suicide, or self-harm; continuing to initiate interaction (including photography or recording) with someone after being asked to stop; publication of private communication without consent. If a participant or a presenter engages in harassing behaviour, we may take any action we deem appropriate, including warning the offender or expulsion from the workshop without a refund. Participants and presenters asked to stop any harassing behaviour are expected to comply immediately. If you are being harassed, notice that someone else is being harassed, or have any other concerns, please contact one of the workshop organizers immediately. "],["preparation-en.html", "Section 7 Preparation 7.1 Before the workshop 7.2 On the day of the workshop 7.3 After the workshop", " Section 7 Preparation Being a presenter for the QCBS R Workshop Series requires preparation and proactive communication with the participants registered for the workshops. Below, there is a list of points that will help you prepare for the workshops. We ask you to read them carefully. 7.1 Before the workshop 7.1.1 Two weeks before the workshop Obtain the list of registered participants to your workshop (we will provide you with a code to obtain this). Then, determine the number of presenters that can be allocated to your workshop: NEW: In September 2023, the Learning and Development Award for presenters in the R Workshop Series has changed from $150 to $180. There are also new distinctions in the award payment process between McGill and non-McGill contributors, including additional tax compensation for non-McGill contributors. See the Payment section for more information. Number of Participants Number of Presenters Payment per Presenter Allocated funds to the workshop 1 to 5 1 $ 180 $ 180 6 or more 2 $ 180 $ 360 For remote workshops: We require only two presenters per workshop during remotely instructed workshops. While one instructor presents the workshop, the other presenter must act as an assistant, monitoring the chat, setting up breakout rooms, helping debug eventual issues participants may have. Both workshop instructors and assistants must answer student questions. If the number of registered presenters is lower than the number of presenters that can be allocated to your workshop, do not hesitate to invite other graduate students and post-doctorate fellows (members of the QCBS) that you think could instruct the workshop with you! Note that the maximum payment per presenter is of 180$, per workshop instructed. Familiarize yourself with the material available within the website. You must be very comfortable with the content and the presentation concerning the workshop as of the date of your presentation. It is your responsibility to become familiar with the material. Use the books and presentations as reference material for your workshop. Do not hesitate to complement your knowledge with other references and material. The presentations come with a presenter mode, which allow for presenter notes and a more dynamic instruction. Go to our “Presenter mode” section to learn more. Read the code of conduct. For remote workshops: Familiarize yourself with Zoom before your workshop. For example, you should know: (i) how to share your screen; (ii) how to initiate and end breakout rooms; (iii) how to create and launch polls; (iv) and what tools are available for interacting with students. We have provided additional detailed guidelines for these tasks here. 7.1.2 One week before the workshop Obtain the most up-to-date list of registered participants for your workshop using the code sent to you when you were recruited. NOTE: Remember that for the remote workshops, the location argument you have to use is \"Online\". Send the standardized message below to all participants, replacing the fields when required. Ideally, instructors that have their emails displayed within the workshop schedule will be the ones to communicate with participants first. You may change this role, if you prefer. NOTE: Carbon-copy all your communication to the other instructors of your workshop. NOTE: You must send the message below at least 7 days before the date of your presentation. NOTE: You must NOT remove information from the following text. For remotely instructed workshops: Message subject: [QCBS R Workshop Series] Workshop #X – Name of the Workshop (Date of the workshop) Hello! You are registered for the QCBS R Workshop #XXX that will be given this coming DATE OF THE WORKSHOP at HH:MM PM or AM. In preparation for the workshop please note the following: The workshop will be given through Zoom. You must register to access the Workshop with the following registration link: INSERT LINK PROVIDED TO YOU BY COORDINATION TEAM. Please register at least 1 hour before the workshop so that we can approve your participation in time. If registered, you will receive an invitation containing a unique link. You must not share this link with others. Please prepare your laptop and the relevant programs (R and RStudio) before hand. You can also download the script we will be using in this workshop at the following website: https://r.qcbs.ca/workshops/r-workshop-XX/ We recommend that you execute the entire script at least once before the workshop session to make sure that everything works on your computer. If needed, download and install the libraries that we will use during the workshop. If you can no longer make it to the workshop, please advise us at least 5 days in advance by email. Failing to advise us about your absence will incur in a 100$ penalty billed to your supervisor. If you are not a member of the QCBS, you may be asked to send us a receipt of payment to the workshop. We encourage you to keep your camera turned on, so that instructors can more easily connect and engage with you. Please consider that a lot of effort has been put into the planning of these workshops, so it is important that attendees are willing to engage in the learning process. This may include active participation in discussion and collaboration with your peers. If you have any questions concerning this workshop or its venue, please reach one of the presenters so you can be helped to the best of our ability! Thank you, we look forward to next DAY OF WEEK! YOUR NAME(S). For in-person workshops: Message subject: [QCBS R Workshop Series] Workshop #X – Name of the Workshop (Friday, Month Day) Hello! You are registered for the QCBS R Workshop #XXX that will be given at NAME OF THE UNIVERSITY this coming DAY OF WEEK at HH:MM PM or AM. In preparation for the workshop please note the following: The workshop will be given in XXX building, room XXX. Please come with your laptop and the relevant programs (R and RStudio) installed. You can also download the script we will be using in this workshop at the following website: https://r.qcbs.ca/workshops/r-workshop-XX/. We recommend that you execute the entire script at least once before coming to the workshop to make sure that everything works on your laptop and to download and install all the libraries we will be using during the workshop. If you can no longer make it to the workshop, please advise us 5 days in advance by email, otherwise, you will receive a 100$ penalty which will be billed to your supervisor. If you are not a member of the QCBS please bring receipt of payment to the workshop. Internet access should not be necessary to follow the workshop if you executed the script before coming to make sure you had downloaded all the necessary R libraries. If you are taking the workshop at a different institution than your own and would like to have access to the internet during the workshop, please ensure that you can connect to the eduroam network (more info here: http://qcbs.ca/wiki/eduroam). If you do not have access to eduroam or to the university’s network, we may not be able to provide you with temporary access to the internet. If you have any questions concerning this workshop or its venue, please reach one of the presenters so you can be helped to the best of our ability!. Thanks, and looking forward to DAY OF WEEK! YOUR NAME(S). 7.1.3 The day before the workshop Registration is open until 24 hours prior to the workshop. For remote workshops, please check the list of participants one last time to ensure that everyone has received the email containing the registration link to access the Zoom session. 7.2 On the day of the workshop We have built a dedicated section with guidelines on what both instructors and assistants should do during the workshop. Please, read and apply them very attentively! 7.3 After the workshop We kindly ask you to do the steps below immediately after your presentation. Send the feedback form to the attendants of your workshop; Message subject: [QCBS R Workshop Series] Evaluation Form for the Workshop #X – Name of the Workshop Hi again! Thank you for coming to the workshop (#X) on Name of the Workshop. We kindly ask you to take a few minutes to provide your feedback on the last workshop. This process is very valuable to us because we can understand where the workshop needs improvement. Your comments and suggestions are really appreciated and are read with attention. Thank you again! With our kindest regards, YOUR NAMES Provide your own feedback on the workshop you have just instructed. Send the message below to any registered participants that were absent from your workshop and did not sent you a message canceling their registration on time. NOTE: Send separate messages to each one of the registered absentees (i.e. do not include other participants in your communications). Message subject: [QCBS R Workshop Series] Absence during the Workshop #X – Name of the Workshop Dear NAME OF THE REGISTERED PARTICIPANT, I am contacting you because you were absent from today’s workshop (#X) on Name of the Workshop, which was given at Location or remotely. According to the policy of the QCBS R Workshop Series, registered participants that do not cancel their attendance at least 5 days in advance by email incur a 100$ penalty that is billed to their supervisor’s institutional account. We kindly ask you to contact us about your absence at your earliest convenience. With regards, YOUR NAME(S) "],["presentation-en.html", "Section 8 Presentation 8.1 Workshop structure 8.2 General guidelines 8.3 Presenting guidelines 8.4 Assisting guidelines 8.5 Presentation help 8.6 Presenter mode 8.7 Zoom guidelines 8.8 Contributing to these guidelines", " Section 8 Presentation The following recommendations have been written to improve the delivery of workshop content to participants. We propose guidelines based on evidence-based strategies for teaching and learning. Even though a few aspects might be basic to you, we ask you to read them all carefully. 8.1 Workshop structure On average, in-person workshops last 4 hours (including breaks), with some variability depending on the content and workshop complexity. Remote workshops should run for approximately 3 hours. Workshops are being shortened to suit this new format. Generally, we propose that the instruction time be broken into two 1.5 hour sections, with a one-hour break in between. However, some workshops may benefit from a different flow, e.g. two breaks of 30 minutes instead of a long one-hour break. Suggestions for Workshops 1 to 5 are provided below. Each workshop should begin with a welcome and check-in period lasting around 5 minutes. During this time, workshop presenters and assistants may take attendance, ask participants how they are doing, and give participants instructions on how to use the Chat and make questions. Following the welcome and check-in period, workshop presenters should begin their lecture blocks by illustrating and specifying the content of the workshop and how the lecture and pauses will be structured. During both remote and in-person workshop contexts, additional short breaks of 5 to 10 minutes (each) should be occasionally provided to allow participants and presenters to take a short pause and to address any outstanding questions. At the end of the workshop, presenters and assistants should thank the participants for being present, request participants to fill the feedback survey, and allow them to ask questions (if time allows). Suggestions for workshop schedules for Workshops 1 to 5: Blocks Workshop 1 Workshop 2 Workshop 3 Workshop 4 Workshop 5 Welcome and check-in 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes Lecture block 85 minutes 85 minutes 85 minutes 55 minutes 55 minutes Pause 60 minutes 60 minutes 60 minutes 30 minutes 30 minutes Lecture block 85 minutes 85 minutes 85 minutes 60 minutes 85 minutes Pause Not applic. Not applic. Not applic. 30 minutes Not applic. Lecture block Not applic. Not applic. Not applic. 55 minutes Not applic. Wrap-up and exit 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 8.2 General guidelines During the day of the workshop, both workshop instructors and assistants must: Arrive at least 15 minutes before the beginning of your workshop to prepare the presentation room and project your presentation; For remote workshops, please open the meeting room early (along with the presentation, wiki and RStudio) and check-in with your co-presenter before participants arrive. Take attendance; Collect receipts from non-members if the workshop takes place in person; Start your presentation on time. 8.3 Presenting guidelines Instructors should consider themselves students during the learning process, and be thoughtful on their method of delivery and communication, and how it affects student learning; Instructors must come to workshop prepared to instruct the workshop material, as well as to respond to relevant questions related to the workshop; Instructors should not only read the presentation during a workshop; Even during remote instructions, it is important that instructors maintain social presence in the learning process. Instructors should provide feedback, communicate regularly, model participation, and create an inviting tone; Online quizzes have been shown to be more effective than other online learning experiences, such as assigning homework (Ibid). Thus, be sure to allocate time and execute these quizzes whenever suggested by the workshop material; Stimulate collaboration whenever possible. Students engaged in a directed, social learning experience learn better, as opposed to isolated learning; When introducing yourselves, give a short summary about what you do and how do you apply the content workshop in your work; Do a quick survey of your students to see how much experience they have with the workshop topic. This is a great activity that can help you engage with participants, allow them to discuss with each other, help you cater part of your workshop to your audience, inform your delivery speed, and the amount of time you set aside to work through exercises; Regularly ask participants if they have recurring questions about the content, and allow them to be addressed. Reassure attendants that they can raise their hands and pose questions to you during the workshop. If the workshop is remote, make sure students understand how to use the Chat and raise their hand in Zoom; Whenever asking questions to participants, it is a good practice to not only request responses from volunteers, but to “point” or “name” someone to respond to your question. 8.4 Assisting guidelines Whenever you take the role as an assistant during the workshops, you should: Be attentive and prepared to mute participants that have inadvertently left their microphones turned on and that are making noises that are interfering with the workshop instruction; Communicate with participants through the Chat with subjects related to the workshop; Respond to any questions that participants may publicly or privately pose within Zoom; Assist and stimulate discussion within Breakout Rooms by giving discussion points and tips, either before opening the Breakout Rooms, or by sending a “broadcast” message to participants within the rooms; Take attendance, and reach out to non-registered participants to request them to immediately register to the workshop. Everyone attending must be registered; 8.5 Presentation help You can access the presentation help option by opening a presentation and pressing H or ?. 8.6 Presenter mode Entering presenter mode allows you to view presentation notes while giving your instruction. To access presenter mode, you must: Open the presentation; Clone the presentation by pressing c. Once you do this, you will notice that a new window will pop-up and that anything that both windows mimic each other, i.e. meaning that if you change the slide in one of the, the other will change; Enter presenter mode in one of the windows, by using the keyboard shortcut p; Note that you must share the cloned window that is not in presenter mode to participants. The details on how to do this are explained below. 8.7 Zoom guidelines Running a workshop through Zoom might not be within every presenter’s comfort zone. Here are some guidelines to help with the process of using Zoom to create a (hopefully!) technologically smooth and interactive workshop experience. 8.7.1 Sharing your screen or a specific window By default, “Share Screen” permission is usually given only to the meeting host. However, you can assign sharing permissions to other participants. We recommend testing out the “Screen Sharing” options before participants enter the Zoom room. To share a specific window, click the Share Screen button located in your meeting controls, and select the Specific application window option that contains the presentation you will share to participants. To share your entire screen, click the Share Screen button located in your meeting controls, and select the Desktop option that is relevant to your workshop. For more information about how to share your screen, please consult this help page. 8.7.2 Privacy If you would like to hide your background while you are presenting the workshop, feel free to use a virtual background in Zoom. Please make sure the background is not distracting, does not obscure your face, and follows our code of conduct. 8.7.3 Moderating the Chat The workshop assistant should keep an eye on the Chat as much as possible. Prepare to answer participants’ questions and to check in with how the participants are feeling, such as periodically asking if people would like a short break, if they need more time for exercises, or if they would like more explanation. Please note you can choose to message Everyone or chat with a specific participant Privately. If a participant is having trouble with the workshop and needs additional help, the assistant can pull this participant (or several participants) into a Breakout Room to provide more thorough explanations and troubleshooting. See information about Breakout Rooms below. Please save the Zoom chat, if possible, and share it with the participants when you contact them after the workshop. 8.7.4 Non-verbal feedback You can also ask for nonverbal feedback from your audience through Reactions. This is a great way to check in with workshop participants and ask for a specific Reaction if things are unclear, or if they are finished with an exercise. There are additional feedback features in the Participants panel, including Raise Hand, yes, and no, among others. Feel free to use whichever feature you are most comfortable with, but please ensure that you explain how to access these features during the Welcome section of the workshop. 8.7.5 Polls Some of the workshop exercises are designed as simple polls. For remote workshops, these polls will be set up in Zoom. Please set up the polls before the workshop begins, to ensure the exercises run smoothly. Poll questions and answers are available in the presentations. You can review how to create and launch polls in Zoom here. 8.7.6 Breakout Rooms Some of the workshop exercises are designed to be done in groups. For remote workshops, these group exercises will take place in Breakout Rooms. Please note that by default, the meeting host is the only person who can assign participants to Breakout Rooms, and the first presenter to enter the room will be assigned as host. Please keep this in mind, and enter the room first (i.e. early!) if you are in charge of Breakout Rooms. 8.7.6.1 Creating Breakout Rooms You should see the option for Breakout Rooms on the lower right side of your Zoom toolbar. Click this button. You will see a pop-up window where you can assign participants to certain number of rooms, which you can set yourself. At the bottom of this window, there is an estimated number of participants per room, based on the number of rooms. Try to choose a number of rooms that results in 3 to 5 people per room. Keep the assignment process check-marked as “Automatically”, so Zoom arbitrarily assigns participants to Breakout Rooms. Once participants are assigned to Breakout Rooms, click the “Start All Sessions” button. 8.7.6.2 Communicating with participants in Breakout Rooms Please note that participants cannot access the Chat once they are in Breakout Rooms. If you have information to communicate, such as the exercise objectives or links, please do so before you open the Breakout Rooms. It is also a good idea to let people know how much time you are giving them for the exercise before they join their rooms. You can communicate with participants in the Breakout Rooms by broadcasting a message to all, which is a button within the Breakout Rooms panel that is available to the person who has created the rooms. Hosts and co-hosts can also join individual Breakout Rooms to check in on different groups, if you choose to do so (instructions here). 8.7.6.3 Closing Breakout Rooms Click the “Stop All Sessions” button in the Breakout Rooms panel that is available to the person who has created the rooms. For more information about setting up Breakout Rooms, refer yourself to this visual guide and to Zoom’s guide. 8.8 Contributing to these guidelines Do you have any suggestions on these guidelines? Please raise an issue and help us improve this material! "],["developing-en.html", "Section 9 Developing 9.1 Guidelines 9.2 Active learning 9.3 How to develop workshops 9.4 Other ways to contribute", " Section 9 Developing 9.1 Guidelines This guide is designed to aid developers during the creation and modification of workshop content. We want to ensure attendees can focus on the content being presented without being distracted by issues of style, grammar, punctuation and/or structure. Please read through this guide carefully before starting, and refer back to it regularly as you work. 9.1.1 Main priorities Here we have compiled a list of priorities for workshop developers. Ideally, all of these tasks would be accomplished in the alloted timeframe. However, if circumstances make this impossible, it is important to focus on structural changes before issues of style. Please note that these tasks are to be shared amongst developers for each workshop. A checklist version of this list has now been opened as an issue within the GitHub repository for each respective workshop. We suggest using these checklists as a way of tracking your progress while working and coordinating with your fellow developer, if applicable. It can also be used as a reference for reporting the work completed to the QCBS R Workshop Series coordinators, or requesting additional hours. General priorities: Address existing issues submitted to GitHub. In addition to the checklist of common tasks developers are responsible for, we have opened workshop-specific issues here that we hope can help inform developer workflow. For an example, see Workshop 1 issues. Ensure code is working correctly and that code matches workshop presentation. Continue to check this as you make changes. Ensure that French and English versions of a workshop are both updated and that the content is equivalent. Workshops should not contain spelling, grammar or punctuation errors. Ensure workshop slides are written in a consistent style, this helps with the flow of workshops and student understanding. This is especially important when working collaboratively with other developers. Whenever possible, include presenter notes to the slides you modify. You can write notes for yourself to read in the presenter mode (press the keyboard shortcut p). These notes are written under three question marks ???. See the example below: --- The content of this workshop is essential for your graduate life. ??? Note: _The presenter should sing this slide to the participants_. --- 9.1.2 Structural rules Do not allow the content of slides to overflow the screen. The code used to generate an outcome (figure or calculation) must correspond to the code being displayed. Use back ticks ` whenever you mention a function, an object or a package in your prose. Use three back ticks ``` to separate code chunks from prose. Pay attention to fluidity and distractions. Use all resources that can be help you provide a visually pleasing presentation, such as: Using tables whenever appropriate; Only including non-distorted, high-resolution images; Divide code and text across columns, if appropriate (see here for the book, and here for the presentation); Use incremental slides, as mentioned, when appropriate, as describe here. Do not modify the directory names; Do not add unnecessary files to the root directory: data go within the data directory; images go within the images directory; For specific instructions on special formatting, look into the book template and the presentation template. 9.1.3 Grammar and style Pay attention to punctuation, spelling, and grammar. Avoid unnecessary abbreviations (e.g. use do not instead of don’t). Strive to be clear and concise. Avoid run-on sentences. Read over the workshop in its entirety to ensure there is good flow. Do not hesitate to ask your developing peer to review your writing. 9.2 Active learning Workshops should go beyond a lecture-based perspective and should include activities that promote active learning amongst participants. Below, we provide a few examples of exercises elaborated from evidence-based learning modes and effective strategies to deliver remote workshops to participants. We recommend that you take your time and plan well when elaborating exercises. Keep the exercise goals aligned with the objectives of the workshop. Remember that everything written below ??? are notes for the presenter and thus will not appear in the presentation slide, but will appear within the presentation window. 9.2.1 Simple polls See below a couple of examples of two slides containing an exercise followed by their solutions. Example 1 Context: Workshop participants have just learned which functions to use to perform comparisons between dependent and independent groups, and have also been introduced to the one- and two-tailed hypothesis testing. Goal: Evaluate participant knowledge and make them more confident when selecting the appropriate two-samples test in their research. Elaborated by: Pedro Henrique P. Braga --- We are interested assessing whether we find more acromantulas in forested and shaded areas in relation to open areas. We went to the field and counted the number of individuals (variable: `abundance`) in ten randomly distributed forested and open landscapes (variable: `type_of_area`). Which of the following functions would be appropriate to test our hypothesis? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided")`; 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided")`; ??? Note: During this moment, a poll should be opened to participants. Once you obtain the response from participants, show them the correct answer. You may request that one of the participants to explain their answer. --- We are interested assessing whether we find more acromantulas in forested and shaded areas in relation to open areas. We went to the field and counted the number of individuals (variable: `abundance`) in ten randomly distributed forested and open landscapes (variable: `type_of_area`). Which of the following functions would be appropriate to test our hypothesis? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided")`; 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided") #<<`; ??? Note: You should clarify to the participants the distinction between two-sided and one-sided hypothesis testing (in the context of the problem). In addition to that, you should also recall the differences between dependent and independent measures (related to the `paired` argument). --- Example 2 Context: Participants have been introduced to generalized linear models, and have just learned about the Poisson distribution, about its assumptions that variance is equal to the mean, and how overdispersion in their data can be an issue when fitting these models. They have been introduced to the quasi-Poisson family and to the possibility of applying an overdispersion correction for binary data with the quasibinomial family object. Goal: Assess the participant’s ability to apply the concept of overdispersion correction to different types of data, to help them better understand the relationship between the family objects and the link functions, and to reinforce the idea that models can be updated without having to create new ones. Elaborated by: Esteban Góngora --- We now realized that the proportion example for infected deer may have issues with overdispersion (variance increases much faster than the mean). Which of the following functions would be an appropriate update to account for overdispersion in our proportion data? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = “logit”), weights = n.total)`; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasibinomial, weights = n.total)`; 3.`prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = “logit”))`; ??? Note: During this moment, a poll should be opened to participants. Once you obtain the response from participants, show them the correct answer. You may request that one of the participants to explain their answer. --- We now realized that the proportion example for infected deer may have issues with overdispersion (variance increases much faster than the mean). Which of the following functions would be an appropriate update to account for overdispersion in our proportion data? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = “logit”), weights = n.total)`; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasibinomial, weights = n.total)`; 3. `prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = “logit”)) #<<`; ??? Note: You can now explain to the participants that we can obtain the corrected model with options 2 and 3. However, option 3 is the correct choice as you had requested the participants to update the `prop.reg2` model. You can also remind the participants that each distribution has a default link function so using `family = quasibinomial` and `family=quasibinomial(link = “logit”)` will produce the same outcome as `logit` is the default link function for the quasibinomial distribution. --- 9.2.2 Group exercise Working in small groups leverages the strengths of the individual group members and improves the success of the collective setting. This exercise requires participants to be randomly assigned to breakout rooms (ideally, 5 participants per breakout room) and should include an activity referring to a point of discussion. At the end of this exercise, the workshop is reconvened and one of the participants from each breakout room should report and summarise the discussion. This activity should last around 10 minute (sometimes less if very simple) and it should use information that has been provided to the students during the workshop. See below two examples of slides containing an exercise followed by its solution: Example 1 Context: This exercise should be provided to set the ground for discussions during a data visualization workshop. It does not require a strong knowledge background in data visualization from participants. Goal: Foster participants critical thinking on data visualization. Elaborated by: Pedro Henrique P. Braga --- Group discussion: Below there are three charts compiled from a visualization book (reference shown in the next slide). Open and observe the charts and discuss with your group to respond the following questions: (a) What problems do you see in each one of the charts? (b) What are the consequences of these problems you have identified? (c) What would you change in each one of them to improve their information? ### Add these images side by side. ![](https://socviz.co/assets/ch-01-chartjunk-life-expectancy.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-holmes-monstrous-only.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-excel-3d-column-chart-values.png) ??? Note: Clearly read the exercise to the participants and show them the figures. Tell them that they should summarise their answers and then one person should report back to the discussion when the class is convened. You may allow 5 to 8 minutes for the discussion in the breakout rooms (depending on group size) as this is is a very simple example. --- Group discussion: Below there are three charts compiled from a (visualization book)[https://socviz.co/lookatdata.html]. Open and observe the charts and discuss with your group to respond the following questions: (a) What problems do you see in each one of the charts? (b) What are the consequences of these problems you have identified? (c) What would you change in each one of them to improve their information? ### Show images side-by-side ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-voeten-version-2.png) ??? Note: The figures in question are not only a matter of bad taste, but have issues related to the way they convey information. In this example, the issue is not due to a difference in how the y-axis is drawn. Rather, a different measure is being shown: we are now looking at the trend in the average score, rather than the trend for the highest possible answer. --- Example 2 Context: Participants have just been introduced to multivariate analyses, and have just seen the summary table showing the main characteristics of unconstrained ordinations. Goal: Allow participants to critically apply the presented information in this workshop by determining which type of study/data would best fit the different types of ordinations. Elaborated by: Esteban Góngora --- Group discussion: Each group will be randomly assigned a type of ordination. You will discuss among your group which possible types of datasets would best fit the type of ordination you were assigned. Each group will present a concrete example of an project/study/experiment that would be used with their ordination method. ### Include the summary table for reference. ![](http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-en/workshop09-pres-en.html#139) ??? Note: Clearly read the exercise to the participants and assign each breakout room a type of ordination. Tell them that they should use the characteristics from the summary table to come up with the response and then one person should report back to the discussion when the class is convened by presenting the chosen example and briefly mention the reason why they chose it. You may allow 5 to 8 minutes for the discussion in the breakout rooms (depending on group size). While the participants are discussing in their breakout rooms, think of possible examples you could give the participants in case the discussion doesn't flow as expected (remember this is the end of the workshop so people might already be tired). --- Group discussion: Each group will be randomly assigned a type of ordination. You will discuss among your group which possible types of datasets would best fit the type of ordination you were assigned. Each group will present a concrete example of an project/study/experiment that would be used with their ordination method. ### Include the summary table for reference. ![](http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-en/workshop09-pres-en.html#139) ??? Note: Mention a few examples or use the exercises presented during the workshop to wrap up the discussion. --- 9.2.3 Individual exercise Simple individual exercises require participants to practice a bit on their own. Depending on how difficult the exercises may be, consider allocating between 5 and 10 minutes for their execution. While these exercises help participants assimilate the content, some attendees may be less driven to practice and execute them (in contrary to the group exercises). Because of this, consider include other types of exercises in addition to these ones. At the end of these exercises, the presenter should give the opportunity for one or a few participants to present and discuss their responses. Below, we can see an example for an independent exercise and its solution: Context: Participants have just been introduced to the distribution families, link functions and they have seen examples of how the glm() and manyglm() function work. Goal: Encourage participants to always observe diagnostic plots when choosing between models. Elaborated by: Pedro Henrique P. Braga --- Use `manyglm()` to estimate the responses of mite community composition to all environmental variables associated with the `mite` dataset. Which error families (gaussian, poisson or negative binomial) best fit the data? Do not forget to load the `vegan` and `mvabund` libraries, and use `data(mite)` and `data(mite.env)` to load the datasets. Tip: Remember what we have discussed about model assumptions! ??? Note: The objective of this exercise is to allow participants to independently write the models, to assign the appropriate arguments related to the distribution families and to realize they should plot the residuals against fitted values to decide on the best model. The instructor can remind participants about what both datasets include. The instructor or the assistant may help participants realize which arguments they can use by suggesting them to use the help `?` function. At the end of this exercise, invite participants to share their response and ask them how they have obtained it. --- Use `manyglm()` to estimate the responses of mite community composition to all environmental variables associated with the `mite` dataset. Which error families (gaussian, poisson or negative binomial) best fit the data? Solution: ### To be displayed inside a chunk code block: mitedat <- mvabund(mite) mite.gaussian.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrate + Shrub + Topo, data = mite.env, family='gaussian') mite.poisson.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrate + Shrub + Topo, data = mite.env, family='poisson') mite.nb.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrate + Shrub + Topo, data = mite.env, family='negative.binomial') # Display diagnostic plots side-by-side: par(mfrow=c(1,3)) plot(mite.gaussian.glm) plot(mite.poisson.glm) plot(mite.nb.glm) ### End of code chunk ??? Note: Clearly show which arguments changed between the functions and what do they imply. Speak with the participants about how assumptions of distribution of residuals and predicted values still have to be met for the models to be considered valid. --- 9.3 How to develop workshops This section guides you through the process of contributing edits to QCBS R workshop presentations. 9.3.1 Getting started The QCBS R Workshops presentations are written in RMarkdown using a template built on xaringan. The first step is to install the R package xaringan. if (!require(devtools)) install.packages("devtools") devtools::install_github("yihui/xaringan") Secondly, you need to create a local copy of the repository for the workshop you will be working on, found here. To do so, you can clone the GitHub repository on your computer. You can use the command line to do this (more details here): git clone https://github.com/QCBSRworkshops/workshop01.git # change this link depending on the workshop you're working on! If you are not comfortable with the command line, you can clone this repository using GitHub Desktop, following instructions here. Once you have cloned the repository, you are ready to begin developing! 9.3.2 GitHub workflow GitHub creates repositories with a single default branch, named dev (if you work in the command line) or main (if you work in GitHub Desktop). This is the branch you see when you visit the repository. We strongly recommend working on a new branch, which allows you to develop the workshops without affecting the main branch in the repository. Working on a separate branch means that changes are only implemented in the original content once your contributions are reviewed. This is a “safer” way to develop the workshops, particularly when multiple people are collaborating on a workshop at the same time. Create and publish a new branch. Choose a name that is explicit about what you are adding, e.g. workshop1_intro if you are working on the introduction of workshop 1. On the command line: git branch workshop1_intro # creates a new branch Github Desktop (instructions here). Switch to this branch. Make sure you are working on your new branch! On the command line: git checkout workshop1_intro # switches to this branch # Note that you can create and switch branch in a single line: git checkout -b workshop1_intro GitHub Desktop (instructions here). Make your changes, following the Guidelines listed above. Add and commit your changes. Once you are finished making changes on your branch, add and commit them to record these changes. When you commit changes, it is essential to include a commit message that briefly summarizes what you’ve done. Keep it brief but informative! On the command line: git add -A # add all your changes git commit -m "fix code for plot in Challenge 1" # commit your changes with a message You can also use GitHub Desktop to add changes (instructions here) and commit them (instructions here). Sync your main branch with the remote repository. It’s important to make sure your main branch is up to date before changing it. Go to back to the main branch and pull changes that were made since you last copied the repository. Pull the dev on the command line: git checkout dev # switch back to the main branch pull git # pull changes Pull the master branch on GitHub Desktop (instructions here). Merge your branch with the main branch locally. Switch back to your branch (e.g. workshop1_intro) and merge it with your local main branch. If there are conflicts, please resolve them! You can merge your branch with the dev branch using the command line: git checkout workshop1_intro # switch back to your branch git merge dev # merge the main branch with your branch Merge your branch with the master branch in GitHub Desktop (instructions here). Push your locally merged branch to the remote GitHub repository. On the command line, you can push your locally merged branch (e.g. workshop1_intro) to the remote repository like this: git push --set-upstream origin workshop1_intro # push to the remote! Push your branch (e.g. workshop1_intro) to the remote repository in GitHub Desktop (see step #4)). Open a Pull Request. Pull requests are a way to let your collaborators know about changes that you have pushed to a branch in the Github repository. Once you have opened a pull request, we can review potential changes and add follow-up commits (if needed) before your changes are merged into the main branch. To open a pull request for your branch (e.g. workshop1_intro), please follow these instructions. Assign your pull request to a reviewer (one of the R workshop coordinators). The reviewer will then review, squash, and merge your changes. Once the pull request is merged, do not forget to pull the main branch! A visual guide to the GitHub Workflow is also available here. 9.4 Other ways to contribute If you are not comfortable with GitHub, you can still help us improve the workshops! If you notice any mistakes or inconsistencies, or if you would like to make a suggestion, either in form or in content, you are invited to open an issue. You can follow these simple steps to create a new issue. "],["advanced-developing-en.html", "Section 10 Advanced Developing 10.1 Changing the templates 10.2 Managing the continuous integration workflow 10.3 The qcbsRworkshops package", " Section 10 Advanced Developing This portion of the guide is dedicated towards documenting the advanced development and maintenance of the structure and workflow of the workshops. Any prospective changes here are considered highly relevant and must be carefully verified by the coordinators or other authorized developers. Additionally, any significant changes to the structure of the workshop presentations, books or workflows should be carefully and documented here. This section is under development 10.1 Changing the templates 10.1.1 Changing the presentation template The format and styling of all workshop presentations is set using a template. If you need to change the format or styling of a presentation you are developing, please do not edit the .css within the workshop repository. To make any changes to the template, you can submit an issue here, or submit a pull request with your proposed changes here. Please note that any changes pushed to this repository will trigger the Github Actions of all other workshop repositories to be re-run. This section is under development 10.1.2 Changing the book template The format and styling of all books is set using a template. If you need to change the format or styling of a book you are developing, please do not edit the .css within the workshop repository. To make any changes to the template, you can submit an issue here, or submit a pull request with your proposed changes here. Please note that any changes pushed to this repository will trigger the Github Actions of all other workshop repositories to be re-run. This section is under development 10.2 Managing the continuous integration workflow The current deployment of the workshop material follows a continuous integration (CI) workflow. This workflow automatically tests and builds the code that workshop developers push to the repositories. On January 2021, the implementation shifted from Travis CI towards Github Actions. The steps described below are contained to the currently workflows. Supplementary documentation from Github and other actions from the Github Marketplace may be helpful. 10.2.1 Github Action workflow structure In a nutshell, inside each repository there is a .github/workflows/ directory that holds YAML files that contain workflow (recipes) that tells Github Actions when and what to execute a list of steps. Within the workshop repositories, there are five workflows: Four workflows will detect pushes to the directories within the master branch and conditionally render presentations (deploy_presentation-en.yml and deploy_presentation-fr.yml) and/or books (deploy_book-en.yml and deploy_book-fr.yml), and deploy them to the gh-pages branch, allowing them to be accessible as HTML websites; and, An additional workflow (in-dispatch-out.yml) will detect changes done to the templates within the template repository (qcbsRWorkshops/templateWorkshops), and conditionally trigger the other workflows. 10.2.2 Workflow description 10.2.2.1 Render and deployment workflows Render and deployment workflow are specific to the language (English or French) and the type of document (presentation or book) and are conditionally triggered when changes are committed and pushed to their specific directories ([presentation-or-book]-[en-or-fr]/) or when changes committed and pushed to the template repository (qcbsRWorkshops/templateWorkshops) trigger type-specific repository dispatches. 10.2.2.1.1 Workshops workflows This section is under development Workshop workflows work as follows: Include workflow 10.2.2.1.2 Templates workflows Include workflow 10.2.2.1.3 Presenter and developer protocol workflows Include workflow 10.2.2.2 Dispatch workflows This section is under development 10.2.2.2.1 Template repository dispatch This section is under development 10.2.2.2.2 Workshop repository dispatch This section is under development The render and deployment workflows work Below, we will show how to create actions to deploy books built using bookdown (such as this one and the one for the upcoming workshop material) and to deploy presentations built using rmarkdown. 10.2.3 Create a gh-pages branch We begin by creating and preparing a gh-pages branch inside a repository that is already created. Run the line below to create and checkout the gh-pages branch: git checkout --orphan gh-pages Then, remove all files within the gh-pages branch: git rm -rf . And create an empty commit inside the gh-pages branch: git commit --allow-empty -m "Initial gh-pages commit" Then, push changes and get back to the main or master branch: git push origin gh-pages git checkout master 10.2.4 Action to deploy a book 10.2.4.1 Prepare book with bookdown and connect to Github Prior to creating this action, it is assumed that R and RStudio have been installed and area working, and that: The R package bookdown is installed and working; if (!requireNamespace("devtools")) install.packages('devtools') devtools::install_github('rstudio/bookdown') A bookdown RStudio project has been rendered (bookdown::serve_book()) to a local directory of your liking. You can use the code below to do it using the prompt. Remember to replace the fields <> with the relevant information (<> inclusive). # Make new project directory mkdir <nameofyourdirectory> cd <nameofyourdirectory> A .gitignore file has been created within the root directory of the local directory and the repository with these basic settings: # do not commit locally rendered files to the master or main branch _book/ _bookdown_files/ libs/ **/*.bib **/*.html # ignore all html files except: !**/mathjax_header.html # ignore R and RStudio specific files .Rproj.user .Rhistory .RData .Ruserdata A repository is added to Github and a commit is pushed to the main or master branch, as below: # Connect to Github repository git remote add git@github.com:<username>/<repository-name>.git # Replace your GitHub user name within <username> and the intended repository name within <repository-name>. # Push to master (or to main; change if needed) git push origin master 10.2.4.2 Setting up the Github Action YAML Now, you can set the Github workflow YAML file named deploy_bookdown.yml within the repository’s .github/workflows/ directory. The current setting should follow as below: on: push: branches: - master name: renderbook jobs: bookdown: name: Render-Book runs-on: ubuntu-latest steps: - name: Checkout repository uses: actions/checkout@v1 - name: Setup R uses: r-lib/actions/setup-r@v1 - name: Install pandoc and pandoc citeproc uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v1 - name: Install R dependencies run: Rscript -e 'install.packages(c("rmarkdown","bookdown", "formatR"))' - name: Render the book using bookdown run: Rscript -e 'bookdown::render_book("index.Rmd")' - uses: actions/upload-artifact@v1 with: name: _book path: _book/ # Need to first create an empty gh-pages branch # see https://pkgdown.r-lib.org/reference/deploy_site_github.html # and also add secrets for a GH_PAT and EMAIL to the repository # gh-action from Cecilapp/GitHub-Pages-deploy checkout-and-deploy: runs-on: ubuntu-latest needs: bookdown steps: - name: Checkout to master uses: actions/checkout@master - name: Download artifact uses: actions/download-artifact@v1.0.0 with: # Artifact name name: _book # optional # Destination path path: _book # optional - name: Deploy to GitHub Pages uses: Cecilapp/GitHub-Pages-deploy@3.0.0 env: GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} with: email: ${{ secrets.EMAIL }} build_dir: _book # "_site/" by default Note that the GITHUB_TOKEN and EMAIL are Secrets that have already been set within this repository’s settings. Changing these settings might prevent the commit from being deployed. The final step should be to push this repository and expect that the verification works! If anything goes wrong, contact the organizers of the workshop series with a clear message indicating the issue you are having! 10.3 The qcbsRworkshops package The package qcbsRworkshops was originally designed as a set of functions to check whether the workshops can be correctly built on Travis CI. While working on thi s package,it turned out to be quite helpful to develop/improve the workshops. The main features of qcbsRworkshops are detailed below. 10.3.0.1 Installation To install qcbsRworkshops, use the remotes (dependency of devtools). install.packages(remotes) remotes::install_github("QCBSRworkshops/qcbsRworkshops") Note that by installing qcbsRworkshops a set of packages will be installed, including xaringan. Once installed, load it just as you would do for any package. library(qcbsRworkshops) Note that, as any other R package, the functions of the package qcbsRworkshops are documented. Therefore, if you ever need more details about a specific function, just use the question mark, e.g. ?download_workshops. 10.3.0.2 Download a workshop Once the package loaded, you can quickly download a package with download_workshops(), you simply need to use the identifier (id) of the desired workshop (1 for the first workshop, 2 for the second and so forth). download_workshops(id = 1) This actually downloads a zip file from GitHub that includes the sources files of the workshop, so the English and the French version of the workshop. By default, the files will be extracted in the working directory. This can be changed by setting path to the desired path. Note that download_workshops() also supports vectors of identifiers, for instance, the following code will download all workshops : download_workshops(id = 1:10) 10.3.0.3 Build a workshop By default, build_workshops() looks for R Markdown source files in a given path (argument path, set to the current working directory by default) and build the corresponding xaringan presentation(s) (i.e. the HTML slides). For instance, once I have downloaded the first, I can directly build the English and the French HTML presentations like so: download_workshops(id = 1) build_workshops() # or build_workshops(path = ".") # equivalent as this is the default value of path Importantly enough, build_workshops() will download all the packages required for the workshop. To build only one version of the workshop, lang needs to be set to either “en” or “fr”. # build English version only build_workshops(lang = "en") # build French version only build_workshops(lang = "fr") This function also has several important feature. First, it can build the pdf version (this required the installation of Chromium or Google Chrome it not already installed): # this builds both version of the workshop in HTML and pdf build_workshops(pdf = TRUE) Second, it can extract the R code from the Markdown source file. # build both version of the workshop in HTML and pdf + extract the R code build_workshops(pdf = TRUE, script = TRUE) Third, it can update the CSS template # update CSS template + build both versions in HTML and pdf + extract the code and build_workshops(pdf = TRUE, script = TRUE, update_template = TRUE) Finally, it can call download_workshops() to download the package: # download workshop #1 + update CSS template + build both versions in HTML and pdf + extract the code and update template build_workshops(id =1, download = TRUE, pdf = TRUE, script = TRUE, update_template = TRUE) 10.3.0.4 Presenter email mail_workshop() writes the email to be sent two weeks before the workshop, for instance: # Mail for workshop #7 mail_workshop(7, pres_name = "Kevin Cazelles", lang = "both", details_fr = "à l'UdeM, salle A-2553, campus MIL, le vendredi 28 Février 2020 de 13h à 17h", details_en = "at the UdeM, MIL campus, room A-2553, on Friday February 28th 2020, 1pm-5pm" ) will create a HTML version of the email that will pop up in your web browser that you can copy and paste. 10.3.0.5 Functions for workshop developers The main function is obviously build_workshops() as it builds the workshop (see above). That being said, there are other functions worth mentioning. First it is often useful to clean up the (e.g., clean the cache), this is possible with clean_workshops(), for instance assuming workshop 1 was built in my current working directory, the cache can be cleaned like so: clean_workshops(files = FALSE, cache = TRUE) Second, it is possible to update the CSS template without rendering any presentation using update_template(). Similarly, it is possible to extract the R code without rendering a presentation using extract_Rcode_workshop(). Third, the first two slides (after the title slide) have now been standardized: it includes various hyperlinks (GitHub repository, wiki, PDF version, R script), and the list of package required (see for instance https://qcbsrworkshops.github.io/workshop01/workshop01-en/workshop01-en.html#2). Those two slides can be generated using first_slides(): # the generate the first slides for the workshop 2 and copy the text to the clipboard first_slides(2, c("dplyr", "tidyr"), clip = TRUE) Last, the Travis file used for the deployment (see below) can be added with use_travis(). 10.3.0.6 Deployment Currently, we are using Travis CI to check that the package built seamlessly and also to deploy the presentations (English and French in HTML and PDF with the R code). We create all the files needed with the following line (see our Travis file with use_travis()): script: - Rscript -e "qcbsRworkshops::build_workshops(update_template = TRUE, pdf = TRUE, script = TRUE)" and they are all stored in the folder public before_deploy: - mkdir public - cp README.md public - cp -r workshop* public/ which is the one that will be used by Travis that will create a commit and push on the branch master of the repository that GitHub Pages turn into a website. deploy: provider: pages token: $GH_TOKEN strategy: git skip_cleanup: true keep_history: false target_branch: master local_dir: public on: branch: dev 10.3.0.7 Contributing to the package The qcbsRworkshops R package is released with a Contributor Code of Coduct. By contributing to this project, you agree to abide by its terms. Do not hesitate to report issues (could be a feature request, a bug, a typo, …) and create pull request, but before doing so, first check the contributing guidelines. "],["payment-en.html", "Section 11 Receiving your award 11.1 McGill Graduate Students 11.2 Non-McGill Graduate Students and Postdoctoral Fellows 11.3 Tax implications", " Section 11 Receiving your award Workshop presenters and developers receive a Learning and Development Award from the Québec Centre for Biodiversity Science (QCBS) [excluding McGill Postdoctoral Fellows, see below]. The way your award is processed depends on your institution and on your affiliation status: McGill Graduate Students: Your award will be processed in the form of a stipend payment. Please follow the instructions below that are specific to McGill students. Non-McGill Graduate Students and Non-McGill Postdoctoral Fellows: Your award will be processed and paid as an independent contract. Please follow the instructions below that are specific to non-McGill student and non-McGill postdoctoral members. (NEW: Because Non-McGill contributors are subject to federal and provincial taxes on the awards they receive, a 27.53% surplus will be added to their lump-sum to compensate for the taxes they pay.) McGill Postdoctoral Fellows: Unfortunately, due to institutional contractual limitations, McGill Postdoctoral Fellows are no longer eligible to receive Learning and Development Awards from the QCBS as of March 2021. Exceptions exist if your contract with your supervisor(s) allows for it, but this is rare. Due to this change, McGill Postdoctoral Fellows can only contribute to the series on a voluntary basis. 11.1 McGill Graduate Students You must follow these steps to receive your award payment: First, complete the presenter payment sheet and/or the developer payment sheet by filling in the requested information. Report each workshop on a separate line if you contributed to multiple workshops. For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $150 per workshop instructed. Second, fill out a QCBS invoice. You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 150 per workshop”; “Total: $ 300”). If you presented and/or developed multiple workshops, list them on separate lines within a single invoice form. The “Invoice #” will depend on how many previous invoices you have submitted. E.g. If this is your first time submitting an invoice to QCBS/McGill, the invoice number is 01. If this is your fifth time submitting an invoice, then the invoice number is 05. It is very important that every invoice you submit has a unique invoice number, otherwise your payment could experience major delays. You do not need to write anything next to “P.O.” (which stands for Purchase Order). Save your invoice as “YOURLASTNAME_RWorkshop_Invoice.docx”. Third, send the invoice to csbq.qcbs.r@gmail.com (QCBS R Workshop Series Coordinators). Include your student number within the body of the email. You can use the following message as a model: Message subject: Learning and Development Award - QCBS R Workshop Series Hi, QCBS Coordinators, You will find attached to this message my invoice for the workshop(s) that I instructed/developed as part of the QCBS R Workshop Series this semester. Here is my McGill Student Number: INSERT STUDENT NUMBER. I certify that the information attached to this message is true and correct to the best of my knowledge. With kind regards, INSERT YOUR NAME Fourth, QCBS and/or McGill administrative associates will message you with a Student Stipend Payment Authorization Form which you need to sign. Once you have sent your signed form, your documents will be reviewed and signed by QCBS administrators and then your invoice will be sent to McGill Student Affairs with you CC’d. You should see your payment within 1 to 2 days after McGill has finished processing the award request. If you do not receive your payment within a few days, please contact us again so that she can help you receive your payment. 11.2 Non-McGill Graduate Students and Postdoctoral Fellows You must follow these steps to receive your award payment: First, complete the presenter payment sheet and/or the developer payment sheet by filling in the requested information. Report each workshop on a separate line (if you contributed to multiple workshops). Effective for contributions made on and after August 1st, 2021: Non-McGill contributors will have a surplus added to their award to compensate for provincial and federal taxes they must pay to when filling taxes. See the Section Tax Implications for more. For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $150 per workshop instructed. Second, register as a Payee by completing and signing this form. You only need to do this once, if you have previously registered as a Payee then you can move on to Step 3. Save this file as “YOURLASTNAME_PayeeForm.pdf”. Note: you are considered as a “Payee” for the purposes of the development and instruction of a workshop belonging to the QCBS R Workshop Series. If you need more infromation on the determination of employee versus self-employed or independent contractor, go to here. Third, fill out a QCBS invoice. You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 150 per workshop”; “Total: $ 300”). If you presented and/or developed multiple workshops, list on them on separate lines within a single invoice form. The “Invoice #” will depend on how many previous invoices you have submitted. For example, if this is your first time submitting an invoice to QCBS/McGill, the invoice number is 01. If this is your fifth time submitting an invoice, then the invoice number is 05. It is very important that every invoice you submit has a unique invoice number, otherwise your payment could experience major delays. You do not need to write anything next to “P.O.” (which stands for Purchase Order). Save your invoice as “YOURLASTNAME_RWorkshop_Invoice.docx”. Fourth, send the invoice to csbq.qcbs.r@gmail.com (which is managed by the R Workshop Series coordinators). Indicate within your message whether you have already been registered as an employee or a self-employed, independent contractor for the McGill University (i.e. if you are already a Payee or not). If your address has changed since you first registered as a Payee, please mention that within your message. You can use the following message model for your message: Message subject: Learning and Development Award - QCBS R Workshop Series Hello QCBS R Workshop Series Coordinators, You will find attached to this message my payee form and the invoice for the workshop(s) that I instructed/developed as part of the QCBS R Workshop Series this semester. I am NOT a McGill student. I HAVE NOT or I HAVE BEEN previously registered as an employee or a self-employed, independent contractor for the McGill University. OPTIONAL: Please note that my address has changed since I was first registered as a Payee, my current address is: INSERT ADDRESS I certify that the information attached to this message is true and correct to the best of my knowledge. With kind regards, YOUR NAME Fifth, after a few weeks McGill University’s Procurement Services will send the QCBS administrative personnel an e-mail containing a purchase order, with you in CC. The QCBS administrative personnel will fill in this purchase order for you, and submit it to Accounts Payable (accountspayable@mcgill.ca) at McGill University. Sixth, export the invoice to PDF, and send it to accountspayable@mcgill.ca. You should receive a cheque to the address you included within your invoice. If you do not receive your payment within the institutional period determined by McGill Procurement Services Terms and Conditions (currently, 45 net days after receiving your message from Accounts Payable), please contact us stating that your payment has been delayed beyond reasonable time. 11.3 Tax implications Stipends and independent contracts are not employee wages and the payer is not responsible for any income tax or employment related deductions. McGill students receiving stipends should receive a T4A tax slip from McGill indicating the award income to be reported for the period. Non-McGill students and non-McGill postdoctoral fellows are paid as independent contractors and will not receive a tax slip from McGill. The lump-sum that non-McGill contributors receive usually qualifies as self-employement income. It is your responsibility to understand your legal and tax obligations. You must submit an annual tax return that reports your net income using the governmental standard format and keep records of your invoices for the prescribed time determined by the government (currently, seven years). Failure to adequately report your taxes is a punishable offence. "],["faq-en.html", "Section 12 Frequently Asked Questions (FAQ)", " Section 12 Frequently Asked Questions (FAQ) Award eligibility and contributing to the series Am I eligible to receive a Learning and Development Award (LeaDA)? To receive a Learning and Development Award (LeaDA), you must be an active QCBS member (i.e. at least one of your supervisors must be a member of the QCBS) AND must NOT be a postdoctoral fellow from McGill University. I am a postdoctoral fellow from McGill University. Why am I ineligible for a Learning and Development Award (LeaDA)? Unfortunately, because of institutional and contractual limitations, the QCBS is being prevented from offering awards to McGill postdoctoral fellows. In rare circumstances, McGill postdoctoral fellows might have contractual freedom with their principal investigators to receive such awards. We recommend that you contact your principal investigator to discuss this, and then contact the coordinators of the R Workshop Series and Philippe Auzel to discuss these exceptions. I would like to contribute by developing a workshop. How can I do it? Thank you for your interest in contributing to the workshop series! We regularly send messages and make Facebook and Twitter posts inviting developers to think critically and apply improvements to the workshop. To make sure we will keep you on the loop, you can begin by filling this questionnaire about which workshops(s) you would like to contribute. All invited contributors to the series are eligible to receive a Learning and Development Award! How can I contribute by instructing a workshop? Workshops are currently instructed during the Fall and during the Winter. We regurlaly send messages and make Facebook and Twitter posts inviting QCBS members to instruct one or more workshops for the R Workshop Series. If you are an active member of the QCBS, you will receive a message around September and October for the Fall workshops, and around December and January for the Winter workshops. Stay tuned! All instructors for the QCBS R Workshop Series are eligible to receive a Learning and Development Award from the QCBS. I am not proficient in R, RMarkdown, and/or Github. Can I still help? It is not mandatory to be proficient in R, RMarkdown, and/or Github in order to contribute to the development or instruction of the workshops. The Learning and Development Awards (LeaDAs) are aimed to provide training and learning opportunities for QCBS members which means that contributing to the workshops can be an opportunity for members to learn and improve their R, RMarkdown, and/or Github skills. However, we do reccomend that members interested in contributing to the series should have attended the workshops they wish to contribute to as participants so that they are at least familiar with the topic of the workshop. Pre-Workshop Questions What do I need to prepare for the workshop? You must take your time to carefully read and apply the guidelines within the Preparation section. Those instructions have been carefully developed with the evidence, recommendations and experience from coordinators, presenters and participants across several years, and concisely written for you, so your experience and the experience of participants can go in the best way as possible. If you have any questions or recommendations, please contact the coordinators. When instructing workshops, do we have to stick to the workshop material? Yes and no. You may replace the workshop material (presentation and book) that we provide for you by an independent option. Additionally, if time allows, feel free to recommend and use additional tools and information. If you believe that the workshops could be improved and benefit from any additional material, please create an issue in their corresponding Github repositories! I have never instructed an online workshop. Where should I begin? Besides the general presenter preparation guidelines available in the Preparation section, we have provided additional detailed guidelines for remote workshops here. There is Can I invite my friend or my colleague to participate in a workshop? Yes, but they must be officially registered to the workshop. Even if last minute, ask them to register to the workshop before providing them with the information to join the workshop venue. I am instructing a workshop. How do I get in touch with the participants? Two weeks before the workshop, we will provide you with the code you will need in order to obtain the list of participants. You can then contact them using the standardized messages we have prepared in the presenter protocol (see the Preparation section). Workshop Questions I feel that someone is being disrespectful to me or to the other participants. What should I do? We do not tolerate behaviour that is disrespectful or that excludes, intimidates, or causes discomfort to others. Workshop participants violating these rules may be sanctioned or expelled from the workshop without a refund at our discretion. If you are being harassed, notice that someone else is being harassed, or have any other concerns, please contact one of the workshop organizers immediately. I have seen bugs and errors when preparing or when presenting a workshop. What happened? The QCBS R Workshop Series is constantly being improved by members of the QCBS as learning and developing opportunities. While we attempt to provide workshop materials that allow for the best learning and teaching experience for materials, it is possible that bugs and errors were overseen during the yearly development. We appreciate all the feedback instructors and participants provide and we use it to continue improving the workshops every year. How can I report bugs and errors in the workshop materials? We ask all presenters to fill out the presenter feedback form for the workshop they just instructed where you can let us know about any improvements that should be made for next year’s workshop. Additionally, if you have more specific feedback about the presentation slides or the book content such as mistakes or inconsistencies, or if you would like to make any other suggestions about the workshop form or content, you are invited to open an issue on the GitHub repository for the workshop in question. If you do not have a GitHub account, or are not comfortable with GitHub, please contact the workshop coordinators directly with your feedback. Payment Questions What is the Learning and Development Award (LeaDA)? The Learning Development Award (LeaDA) is available to graduates student and post-doctoral QCBS members, who propose substantial contributions towards the training and learning experience of graduate students and faculty beyond established academic courses within the QCBS network. The QCBS offers Learning and Development Awards to support graduates student and post-doctoral QCBS members who instruct or develop workshops. How much is the award I am going to receive? In September 2021, the Learning and Development Award amounts to $150 for each contribution from instructors or developers of the R Workshop Series. Because Non-McGill contributors are subject to federal and provincial taxes on the awards they receive, a 27.53% surplus will be added to this amount to compensate for the taxes they pay. How can I receive my award? LeaDA are processed according to several steps outlined in the Receiving your award section of this protocol. Please ensure that you have completed all the steps required for your institution and affiliation status. If you do not receive any notification that your payment is being processed within a maximum of 45 days, please contact Dr. Helen Elina (helen.elina@mcgill.ca), the Administrative Associate of the QCBS, to follow up on your award request. I instructed or developed a workshop, submitted my payment request, but have not been paid yet. What should I do? LeaDA are processed according to several steps outlined in Receiving your award. Please note that the LeaDA are processed differently according to institution and affiliation status. First, please ensure that you have completed all the steps required for your institution and affiliation status. If you have followed these steps and are experiencing delays beyond the maximum timeframe for your institution and affiliation status, please contact Dr. Helen Elina (helen.elina@mcgill.ca), who is the Administrative Associate of the QCBS, so she can help you receive your payment. What are my tax obligations with respect to the award? Stipends and independent contracts are not employee wages and the payer (QCBS) is not responsible for any income tax or employment related deductions. Please carefully read the section on Tax implications to understand your legal and tax obligations. General Questions Who are the coordinators of the series? The series is currently coordinated by Pedro Henrique P. Braga, Esteban Góngora, Katherine Hébert, and Linley Sherin . Can I use the QCBS R Workshop Series to instruct workshops in my university? The QCBS R Workshop Series is copyrighted under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) license. Under this license, you are allowed to share and adapt the content of the workshops for non-commercial purposes as long as you give appropriate credit to the QCBS R Workshop Series and you distribute your version of the material under the same license as the original. You can find more information on the license terms and conditions, you can visit this link. "],["404.html", "Page not found", " Page not found The page you requested cannot be found (perhaps it was moved or renamed). You may want to try searching to find the page's new location, or use the table of contents to find the page you are looking for. "]] +[["index.html", "Presentation and Development Protocol Protocole pour la présentation et le développement des ateliers Presenter and Developer Protocol", " Presentation and Development Protocol QCBS R Workshop Series 2023-12-12 Protocole pour la présentation et le développement des ateliers Merci de faire partie de la série d’ateliers R du CSBQ ! C’est un plaisir de vous avoir dans notre équipe ! Ce document regroupe les responsabilités des équipes de présentation et de développement de la série d’ateliers R du CSBQ. Il vous guide à travers les tâches à effectuer avant, pendant et après les éditions et les instructions des ateliers. Cela vous aidera également à compléter les étapes pour recevoir votre prix d’apprentissage et de développement. Nous vous demandons de bien vouloir lire toutes les instructions très attentivement ! Pour tout problème, veuillez communiquer avec l’équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ. Contributions Le protocole a été intégré dans ce livre afin d’inclure des directives claires et spécifiques pour présenter, développer et recevoir des prix d’apprentissage et de développement. Son développement a été fait par Pedro Henrique Pereira Braga, Esteban Góngora, Katherine Hébert ainsi que Linley Sherin et a été basé sur sur le protocole original de présentation. Ce protocole est constamment maintenu et mis à jour par l’équipe actuelle de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ. Presenter and Developer Protocol Thank you for being part of the QCBS R Workshop Series! We are happy to have you in our team! This document brings together the responsibilities of QCBS R Workshop presenters and developers. It walks you through the tasks needed to complete before, during and after instructing or developing workshops. It will also walk you through the steps to receive your award. We kindly ask you to read all instructions very attentively! For any issues, please communicate with the current workshop coordinators. Contributions The protocol has been built into this book to include clear and specific guidelines to present, to develop and to receive learning and development awards. Its development was done by Pedro Henrique Pereira Braga, Esteban Góngora, Katherine Hébert and Linley Sherin, and it was based on the original presenter protocol. This protocol is constantly maintained and updated by the coordinators of the QCBS R Workshop Series. "],["codedeconduite.html", "Section 1 Code de conduite", " Section 1 Code de conduite La série d’ateliers et le symposium R du CSBQ ont l’objectif de fournir un environnement accueillant et favorable à toutes les personnes, indépendamment de leur origine ou de leur identité. Toute personne qui participe, présente, développe, ou organise un atelier R du CSBQ et d’autres activités connexes accepte le présent code de conduite lorsqu’elle est présente à une activité liée à un atelier. Nous ne tolérons pas les comportements irrespectueux, intimidants ou gênants pour les autres. Nous ne tolérons pas la discrimination contre (y compris, sans toutefois s’y limiter) l’orientation sexuelle, le handicap, l’apparence physique, la citoyenneté, l’origine ethnique, la situation familiale, la religion ou les croyances (ou l’absence), l’appartenance à une minorité, l’âge, l’éducation et la situation socio-économique. Ce code s’applique à tous les espaces gérés par l’atelier ou affiliés à l’atelier, y compris, sans toutefois s’y limiter, les ateliers, les listes de diffusion et les forums en ligne tels que GitHub, Slack et Twitter. Les personnes qui participent aux ateliers qui enfreignent ces règles peuvent être sanctionnées ou expulsées, sans remboursement, à notre discrétion. Comportement attendu Toutes les personnes qui participent ou présentent un atelier doivent faire preuve de respect et de courtoisie envers les autres. Toutes les interactions doivent être professionnelles, quelle que soit la plate-forme: en ligne ou en personne. Afin de créer un environnement d’apprentissage positif et professionnel, nous encourageons les comportements suivants dans tous les ateliers et plateformes: Utiliser un langage accueillant et inclusif; Soyez respectueux des différents points de vue et expériences; Accepter gracieusement les critiques constructives; Concentrez-vous sur ce qui convient le mieux à la communauté; Faites preuve de courtoisie et de respect envers les autres membres de la communauté. Comportement inacceptable Les exemples de comportement inacceptable des personnes qui présentes à tout événement / plate-forme d’atelier incluent: les commentaires écrits ou verbaux qui ont pour effet d’exclure des personnes en raison de leur appartenance à un groupe spécifique; amener une personne à craindre pour sa sécurité, par exemple par le harcèlement criminel ou l’intimidation; menaces violentes ou langage dirigé contre une autre personne; l’affichage d’images sexuelles ou violentes; attention sexuelle importune; contact physique non consensuel ou importun; insultes ou rabaissements; blagues sexistes, racistes, homophobes, transphobes, capacitables ou exclusives; incitation à la violence, au suicide ou à l’automutilation; continuer à initier une interaction (y compris des photographies ou des enregistrements) avec quelqu’un après avoir été invité à s’arrêter; publication de communication privée sans consentement. Si une personne qui participe à l’atelier adopte un comportement harcelant, nous pouvons prendre toutes les mesures que nous jugeons appropriées, y compris avertir cette personne ou l’expulser de l’atelier sans remboursement. Les personnes à qui il est demandé de mettre fin à tout comportement de harcèlement doivent se conformer immédiatement. En cas d’harcèlement, ou pour toute autre question, veuillez contacter immédiatement l’équipe de présentation de l’atelier, ainsi que l’équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ. "],["preparation-fr.html", "Section 2 Préparation 2.1 Avant l’atelier 2.2 Le jour de l’atelier 2.3 Après l’atelier", " Section 2 Préparation La présentation d’un atelier R du CSBQ demande une préparation et une communication proactive avec les participants inscrits aux ateliers. Ci-dessous, il y a une liste de points qui vous aideront à préparer les ateliers. Nous vous demandons de les lire attentivement. 2.1 Avant l’atelier 2.1.1 Deux semaines avant l’atelier Obtenez la liste des inscriptions à votre atelier (nous vous fournirons un script pour faire ceci). NOUVEAU: En septembre 2023, le prix d’apprentissage et de développement pour la présentation de la série d’ateliers R a augmenté de 150 $ à 180 $. Il y a également de nouvelles distinctions dans le processus de paiement du prix entre les membres CSBQ de McGill et les membres CSBQ non-McGill, y compris une compensation fiscale supplémentaire pour les membres non-McGill. Voir la section Paiement pour plus d’informations. Nombre d’inscriptions Nombre de personnes qui présentent Paiement par personne Allocation de fonds à l’atelier 1 to 5 1 $180 $180 6 or more 2 $180 $360 Pour les ateliers à distance: Nous avons besoin de deux personnes par atelier pendant les ateliers à distance. Pendant qu’une personne présente l’atelier, l’autre personne doit assister à la présentation, en surveillant la conversation, en gérant des salles de discussion (en anglais, breakout rooms) et en aidant à déboguer les problèmes que les personnes qui participent peuvent rencontrer. Si le nombre de personnes inscrits pour présenter votre atelier est inférieur au nombre de personnes pouvant être alloués à votre atelier, n’hésitez pas à inviter d’autres membres du CSBQ du deuxième et troisième cycles supérieurs et au postdoctorat qui pourraient vous aider avec l’instruction et l’assistance de l’atelier! Notez que le prix maximum pour l’instruction ou l’assistance des ateliers R du CSBQ est de 180 $ par personne, par atelier.* Familiarisez-vous avec le matériel disponible dans le site web pour votre atelier. Assurez-vous d’être très à l’aise avec le contenu et la présentation de l’atelier à la date de votre présentation. Il est de votre responsabilité de vous familiariser avec le matériel. Utilisez les livres et les présentations comme matériel de référence pour votre atelier. N’hésitez pas à compléter vos connaissances avec d’autres références et matériels. Les présentations sont dotées d’un mode présentateur, qui permet la demonstration des notes et de donner un atelier plus dynamique. Consultez notre section “Mode présentateur” pour en savoir plus. Lisez le code de conduite (Section 1). Pour les ateliers à distance: Familiarisez-vous avec Zoom avant votre atelier. Par exemple, vous devriez savoir: (i) comment partager votre écran; (ii) comment ouvrir et fermer les salles de discussion (“Breakout Rooms”); (iii) comment préparer et lancer des sondages; (iv) et quels sont les outils disponibles pour interagir avec les personnes qui participent. Nous avons fourni des conseils détaillées complémentaires pour ces tâches ici. 2.1.2 Une semaine avant l’atelier Obtenez la liste à jour d’inscriptions à votre atelier en utilisant le script R qui vous a été envoyé lors de votre recrutement. NOTE: Souvenez-vous que pour les ateliers en ligne, vous devez utiliser l’option \"En_ligne\" pour l’argument location. Envoyez le message standardisé ci-dessous à tous les personnes inscrites, en remplaçant les champs si nécessaire. Idéalement, la personne indiquée au rôle principal dans l’horaire des ateliers mènera les communications les personnes inscrites à l’atelier. Vous pouvez changer ce rôle, si vous le préférez. NOTE: Copiez au carbone (en « Cc ») toutes vos communications à toute l’équipe de présentation de votre atelier. NOTE: Ajoutez toutes les personnes inscrites à l’atelier comme destinataires en copie carbone invisible (c.à.d., « Cci » ou « Bcc »). NOTE: Envoyez le message ci-dessous au moins 7 jours avant la date de votre présentation. NOTE: Ne supprimez pas des informations du texte suivant: Pour les ateliers de formation à distance : Sujet du message : [Série d’ateliers R du CSBQ] Atelier #XX - Nom de l’atelier (Date de l’atelier) Bonjour ! Nous avons reçu votre inscription à l’atelier R du CSBQ #XX qui aura lieu le DATE DE L’ATELIER à HH:MM PM ou AM. En préparation de l’atelier, veuillez noter ce qui suit : L’atelier se tiendra sur la plateforme Zoom. Vous devez vous inscrire pour accéder à la séance avec le lien d’inscription suivant : INSÉRER LE LIEN QUI VOUS SERA FOURNI PAR L’ÉQUIPE DE COORDINATION. Veuillez vous inscrire au moins une heure avant l’atelier afin que nous approuvions votre participation à temps. Une confirmation courriel expliquant la façon d’accéder à la réunion, à l’aide d’un lien unique, vous sera envoyée. Ne partagez pas ce lien avec d’autres personnes. Veuillez préparer votre ordinateur portable et les programmes correspondants (R et RStudio) avant la séance. Vous pouvez également télécharger le script que nous utiliserons dans cet atelier sur le site web suivant : https://r.qcbs.ca/fr/workshops/r-workshop-XX/ Nous vous recommandons d’exécuter l’intégralité du script au moins une fois avant la session de l’atelier pour vous assurer que tout fonctionne sur votre ordinateur. Au besoin, télécharger et installer les bibliothèques que nous utiliserons lors de l’atelier. Si vous ne pouvez plus être présent à l’atelier, veuillez nous en informer au moins 5 jours à l’avance par courriel. En cas d’absence sans communication de votre part, une pénalité de 100 $ sera facturée à votre directeur ou directrice de recherche. Si vous n’êtes pas membre du CSBQ, il peut vous être demandé de nous envoyer un reçu de paiement pour participer à l’atelier. Nous vous encourageons à laisser votre caméra allumée afin que l’équipe de présentation puisse mieux interagir avec vous. Notez que beaucoup d’efforts ont été déployés dans la planification de ces ateliers. Il est important que vous restiez engagé dans l’apprentissage et, si nécessaire, que vous participiez activement aux discussions et collaboriez avec vos pairs. Si vous avez des questions concernant cet atelier ou son déroulement, veuillez contacter l’équipe de présentation afin que nous puissions vous aider ! Nous avons hâte de vous voir JOUR DE LA SEMAINE prochain ! VOTRE(VOS) NOM(S) Pour les ateliers en personne : Sujet du message : [Série d’ateliers R du CSBQ] Atelier #X - Nom de l’atelier (vendredi, jour du mois) Bonjour ! Nous avions reçu votre inscription à l’atelier R du CSBQ #XXX qui sera donné à NOM DE L’UNIVERSITÉ ce prochain JOUR DE SEMAINE à H:MM PM ou AM. En préparation de cet atelier, veuillez noter ce qui suit : L’atelier sera donné dans le bâtiment XXX, salle XXX. Veuillez venir avec votre ordinateur portable et les programmes correspondants (R et RStudio) installés. Vous pouvez également télécharger le script que nous utiliserons dans cet atelier sur le site web suivant : https://r.qcbs.ca/fr/workshops/r-workshop-XX/. Nous vous recommandons d’exécuter le script complet au moins une fois avant de venir à l’atelier pour vous assurer que tout fonctionne sur votre ordinateur portable et pour télécharger et installer toutes les bibliothèques que nous utiliserons pendant l’atelier. Si vous ne pouvez plus vous rendre à l’atelier, veuillez nous en informer 5 jours à l’avance par courriel, sinon, vous recevrez une pénalité de 100$ qui sera facturée au membre CSBQ qui dirige votre recherche. Si vous n’êtes pas membre du CSBQ, veuillez apporter le reçu du paiement à l’atelier. L’accès à l’internet ne devrait pas être nécessaire pour suivre l’atelier si vous avez exécuté le script avant de venir pour vous assurer que vous aviez téléchargé toutes les bibliothèques nécessaires. Si vous suivez l’atelier dans une autre institution que la vôtre et que vous souhaitez avoir accès à l’internet pendant l’atelier, veuillez vous assurer que vous pouvez vous connecter au réseau eduroam (plus d’informations ici : http://qcbs.ca/wiki/eduroam). Si vous n’avez pas accès à eduroam ou au réseau de l’université, il se peut que nous ne puissions pas vous fournir un accès temporaire à l’internet. Si vous avez des questions concernant cet atelier ou son lieu, veuillez contacter l’équipe de présentation afin que nous puissions vous aider au mieux ! Merci, et nous avons hâte de vous voir ! VOTRE(VOS) NOM(S). 2.1.3 La veille de l’atelier Les inscriptions sont ouvertes jusqu’à 24 heures avant le début de l’atelier. Pour les ateliers à distance, veuillez vérifier une dernière fois la liste des personnes participantes afin de vous assurer que tout le monde a bien reçu le courriel contenant le lien d’inscription pour accéder à la séance sur Zoom. 2.2 Le jour de l’atelier Nous avons élaboré une section dédiée avec des lignes directrices sur ce que l’équipe de présentation devrait faire pendant l’atelier. S’il vous plaît, lisez et appliquez-les très attentivement. 2.3 Après l’atelier Nous vous demandons de bien vouloir suivre les étapes ci-dessous immédiatement après votre présentation. Envoyez le formulaire de retour d’information aux personnes qui participent à votre atelier : Sujet du message : [Série d’ateliers R du CSBQ] Formulaire d’évaluation pour l’atelier #X - Nom de l’atelier Bonjour à nouveau ! Merci de votre participation à l’atelier (#X) sur Nom de l’atelier. Nous vous demandons de bien vouloir prendre quelques minutes pour nous faire part de vos commentaires (https://docs.google.com/forms/d/12LiuK1hhCpuDULBYStlXoJi6K1sKTVeGzPiD5DVGdds/edit?urp=gmail_link) sur l’atelier auquel vous venez de participer. Ce processus est très précieux pour nous, car nous pouvons comprendre où l’atelier a besoin d’être amélioré. Vos commentaires et suggestions sont très appréciés et sont lus avec attention. Merci encore ! Avec nos sincères salutations, VOTRE(VOS) NOM(S) Donnez votre avis sur l’atelier que vous venez de présenter. Envoyez le message ci-dessous aux personnes inscrites qui ne se sont pas présentées (c’est-à-dire les personnes qui ne vous ont pas envoyé de message annulant leur inscription et qui étaient absentes pendant votre atelier). NOTE : Envoyez des messages séparés à chacune des absences enregistrées (c’est-à-dire n’incluez pas d’autres personnes qui ont participé à l’atelier dans vos communications). Sujet du message : [Série d’ateliers du CSBQ R] Absence pendant l’atelier #X - Nom de l’atelier Cher NOM DU PARTICIPANT INSCRIT, Je vous contacte au sujet de votre absence pendant l’atelier d’aujourd’hui (XX) sur Nom de l’atelier, qui a été donné en lieu ou à distance. Selon la politique de la Série d’ateliers R du CSBQ, les personnes inscrites qui n’annulent pas leur participation au moins 5 jours à l’avance par courriel encourent une pénalité de 100$ qui est facturée au compte institutionnel du membre CSBQ qui dirige leur recherche. Nous vous prions de bien vouloir nous contacter au sujet de votre absence dans les meilleurs délais. Avec nos salutations, VOTRE(VOS) NOM(S) "],["presentation-fr.html", "Section 3 Présentation 3.1 Structure de l’atelier 3.2 Directives générales 3.3 Directives pour la présentation 3.4 Directives pour l’assistance 3.5 Aide à la présentation 3.6 Mode présentation 3.7 Directives pour Zoom 3.8 Contribuer à ces directives", " Section 3 Présentation Les recommandations suivantes ont été rédigées afin d’améliorer le contenu des ateliers pour les personnes qui participent à la série d’ateliers R. Nous proposons des lignes directrices basées sur des stratégies d’enseignement et d’apprentissage factuelles. Même si certains aspects peuvent vous sembler évidents, nous vous demandons de les lire avec attention. 3.1 Structure de l’atelier En moyenne, les ateliers en personne durent 4 heures (pauses incluses), avec une certaine variabilité en fonction du contenu et de la complexité de l’atelier. Les ateliers à distance devraient durer environ 3 heures. Les ateliers sont raccourcis pour s’adapter à ce nouveau format. En général, nous proposons que le temps d’instruction soit divisé en deux sections d’une heure et demie, avec une pause d’une heure entre les deux. Toutefois, certains ateliers peuvent bénéficier d’un déroulement différent, par exemple deux pauses de 30 minutes au lieu d’une longue pause d’une heure. Les suggestions pour les ateliers 1 à 5 sont fournies ci-dessous. Chaque atelier doit commencer par une période d’accueil et d’enregistrement d’environ 5 minutes. Pendant cette période, l’équipe de présentation des ateliers peut prendre la parole, demander aux personnes qui participent comment ils se sentent, et leur donner des instructions sur la façon d’utiliser le “chat” et de poser des questions. Après la période de bienvenue et d’enregistrement, l’équipe de présentation doit commencer l’instruction de l’atelier en illustrant et en précisant le contenu et la structure de l’atelier et des pauses. Lors des ateliers à distance et en personne, de courtes pauses supplémentaires de 5 à 10 minutes (chacune) devraient être prévues à l’occasion pour permettre aux personnes qui participent de faire une courte pause et de répondre aux questions en suspens. À la fin de l’atelier, l’équipe de présentation doit remercier l’audience pour leur présence, leur demander de remplir le questionnaire de retour d’information et leur permettre de poser des questions (si le temps le permet). Suggestions de structures pour les ateliers 1 à 5 : Blocks Atelier 1 Atelier 2 Atelier 3 Atelier 4 Atelier 5 Bienvenue et enregistrement 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes Instruction 85 minutes 85 minutes 85 minutes 85 minutes 55 minutes Pause 60 minutes 60 minutes 60 minutes 60 minutes 30 minutes Instruction 85 minutes 85 minutes 85 minutes 85 minutes 85 minutes Pause Non applic. Non applic. Non applic. Non applic. 30 minutes Instruction Non applic. Non applic. Non applic. Non applic. 55 minutes Conclusion 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 3.2 Directives générales La journée de l’atelier, l’équipe de présentation doit: Arriver au moins 15 minutes avant le début de votre atelier pour préparer la salle de présentation et projeter votre présentation; Pour les ateliers à distance, ouvrez la salle Zoom tôt (en même temps que la présentation et RStudio) et enregistrez-vous auprès de votre co-présentateur avant l’arrivée de l’audience. Prenez les présences; Recueillez les reçus des non-membres si l’atelier a lieu en présentiel; Commencez votre présentation ponctuellement. 3.3 Directives pour la présentation Il est souhaitable de se considérer comme élève pendant le processus d’apprentissage, et de prêter attention à sa méthode d’enseignement et de communication, ainsi qu’à la manière dont elle affecte l’apprentissage; L’équipe de présentation doit se présenter à l’atelier préparés à enseigner le matériel de l’atelier, ainsi qu’à répondre aux questions pertinentes liées à l’atelier ; L’équipe de présentation ne devrait pas lire la présentation uniquement pendant un atelier ; Même pendant les ateliers à distance, il est important que l’équipe de présentation maintienne une présence sociale dans le processus d’apprentissage. L’équipe de présentation doit fournir un retour d’information, communiquer régulièrement, favoriser la participation et créer un environnement accueillant ; Il a été démontré que les quiz en ligne sont plus efficaces que d’autres expériences d’apprentissage en ligne, comme l’attribution de devoirs (Ibid). Il faut donc veiller à consacrer du temps et à exécuter ces quiz quand le matériel de l’atelier le suggère ; L’équipe de présentation devrait stimuler la collaboration chaque fois que cela est possible. Les personnes engagés dans une expérience d’apprentissage social dirigée apprennent mieux, par opposition à un apprentissage isolé ; Lorsque vous vous présentez, donnez un bref résumé de ce que vous faites et comment vous appliquez l’atelier de contenu dans votre recherche ; Faites une enquête rapide auprès de l’audience pour mieux connaître le niveau d’expérience avec le sujet de l’atelier. Il s’agit d’une activité très utile qui peut vous aider à engager le dialogue avec l’audience, permettre une discussion, vous aider à adapter une partie de votre atelier à votre public, vous renseigner sur votre rythme et sur le temps que vous réservez pour travailler sur les exercices ; Demandez régulièrement à l’audience s’il y a des questions récurrentes sur le contenu, et permettez aux personnes qui participent à l’atelier d’y répondre. Rassurez l’audience en leur encourageant de lever la main et vous poser des questions pendant l’atelier. Si l’atelier se déroule à distance, assurez-vous que l’audience comprend bien comment utiliser le “chat” et comment lever la main dans Zoom ; Chaque fois que vous posez des questions à l’audience, il est avisé de ne pas demander uniquement des réponses aux volontaires, mais de “pointer” ou de “nommer” quelqu’un pour répondre à votre question. 3.4 Directives pour l’assistance Quand vous assumez le rôle d’assistance pendant les ateliers : Soyez attentifs et prêts à couper le son des personnes dans l’audience qui ont laissé leur microphone allumé par inadvertance et qui émettent des bruits qui interfèrent avec le déroulement de l’atelier ; Communiquez avec l’audience via le “chat” à propos de l’atelier ; Répondre à toute question posée publiquement ou en privé dans le cadre de Zoom ; Facilitez et stimulez la discussion dans les salles de discussion (“breakout rooms”) en donnant des pistes de discussion et des conseils, soit avant d’ouvrir les salles ou pendant la période de discussion via un message “broadcast” ; Prenez les présences, et contactez les personnes non-inscrites pour leur demander de s’inscrire immédiatement à l’atelier. Toute personne présente à l’atelier devrait être inscrite ; 3.5 Aide à la présentation Vous pouvez accéder à l’option d’aide à la présentation en ouvrant une présentation et en appuyant sur H ou ?. 3.6 Mode présentation Le mode présentation vous permet de visualiser les notes de présentation tout en donnant vos instructions. Pour accéder au mode présentation, vous devez : Ouvrir la présentation ; Cloner la présentation en appuyant sur c. Une fois que vous aurez fait cela, vous remarquerez qu’une nouvelle fenêtre apparaîtra et que tout ce que les deux fenêtres imitent l’une de l’autre, i.e.. ce qui signifie que si vous changez de diapositive dans l’une des deux, l’autre changera ; Entrer en mode présentation dans l’une des fenêtres, en utilisant le raccourci clavier p ; Notez que vous devez partager la fenêtre clonée qui n’est pas en mode présentation avec l’audience. Les détails sur la façon de procéder sont expliqués ci-dessous. 3.7 Directives pour Zoom Organiser un atelier par Zoom n’est peut-être pas dans la zone de confort de chaque personne qui présente un atelier R. Voici quelques conseils pour vous aider à utiliser Zoom afin de créer une expérience d’atelier interactive et technologiquement fluide. 3.7.1 Partager votre écran ou une fenêtre spécifique Par défaut, l’autorisation de “partage d’écran” n’est généralement accordée qu’à l’hôte de la réunion. Cependant, vous pouvez attribuer des autorisations de partage à d’autres personnes. Nous vous recommandons de tester les options de “Partage d’écran” avant que l’audience entre dans la salle Zoom. Pour partager une fenêtre spécifique, cliquez sur le bouton Partager l’écran (en anglais, Share Screen) situé dans les commandes de votre réunion, et sélectionnez l’option Fenêtre d’application spécifique qui contient la présentation que vous allez partager. Pour partager tout votre écran, cliquez sur le bouton Partager l’écran (en anglais, Share Screen) situé dans les commandes de votre réunion, et sélectionnez l’option Bureau (en anglais, Desktop) qui correspond à votre atelier. Pour plus d’informations sur le partage d’écran, veuillez consulter cette page d’aide. 3.7.2 Vie privée Si vous souhaitez cacher votre arrière-plan pendant que vous présentez l’atelier, n’hésitez pas à utiliser un arrière-plan virtuel dans Zoom. Veuillez vous assurer que l’arrière-plan n’est pas une distraction, ne masque pas votre visage et respecte notre code de conduite. 3.7.3 Gestion du “Chat” La personne qui assiste pendant l’atelier doit garder un œil sur le “chat” autant que possible. Préparez-vous à répondre aux questions et à vérifier comment l’audience se sent, par exemple en demandant périodiquement si plusieurs personnes aimeraient prendre une courte pause, s’il faudrait mettre plus de temps pour compléter des exercices, ou si il y a un besoin pour plus d’explications. Veuillez noter que vous pouvez choisir d’envoyer un message à tout le monde ou de discuter avec une personne spécifique en privé. Si quelqu’un a des difficultés avec l’atelier et a besoin d’une aide supplémentaire, la personne qui assiste peut inviter cette personne dans une salle de discussion pour fournir des explications plus complètes et/ou du dépannage. Voir les informations sur les salles de discussion ci-dessous. Veuillez enregistrer le ‘chat’, si possible, et le partager lorsque vous contacterez les personnes qui ont participé à l’atelier, suite à l’atelier. 3.7.4 Retours non verbaux Vous pouvez également demander des retours non verbaux à votre public par le biais de Réactions. C’est un excellent moyen de faire le point avec l’audience et de demander une Réaction spécifique si les informations ne sont pas claires, ou si un exercice est complété. Il existe des fonctionnalités supplémentaires de retours dans le panel Participants, notamment Raise Hand, Oui et Non, entre autres. N’hésitez pas à utiliser la fonctionnalité avec laquelle vous êtes le plus à l’aise, mais veillez à expliquer comment accéder à ces fonctionnalités dans la section “Bienvenue” de l’atelier. 3.7.5 Sondages Certains des exercices de l’atelier sont conçus sous forme de simples sondages. Pour les ateliers à distance, ces sondages seront effectués sur Zoom. Veuillez préparer les sondages avant le début de l’atelier, afin d’assurer le bon déroulement des exercices. Les questions et réponses des sondages sont disponibles dans les présentations. Vous pouvez voir comment créer et lancer des sondages dans Zoom ici. 3.7.6 Salles de discussion Certains des exercices de l’atelier sont conçus pour être effectués en groupe. Pour les ateliers à distance, ces exercices de groupe auront lieu dans des salles de discussion (“Breakout Rooms”). Veuillez noter que par défaut, l’hôte de la réunion est la seule personne qui peut eut gérer les salles de conférence, et la première personne de l’équipe de présentation à entrer dans la salle sera assigné comme hôte. Gardez cela en tête, et entrez dans la salle tôt si vous êtes responsable des salles de discussion. 3.7.6.1 Création de salles de discussion Vous devriez voir l’option pour les salles de discussion (“Breakout Rooms”) en bas à droite de votre barre d’outils Zoom. Cliquez sur ce bouton. Vous verrez une fenêtre pop-up dans laquelle vous pouvez assigner des personnes à un certain nombre de salles, que vous pouvez définir vous-même. En bas de cette fenêtre, vous trouverez une estimation du nombre de personnes par salle, basée sur le nombre de salles. Essayez de choisir un nombre de salles qui donne 3 à 5 personnes par salle. Cochez la case “Automatiquement” pour que Zoom assigne arbitrairement les personnes aux salles de discussion. Une fois que tout le monde est assigné aux salles de discussion, cliquez sur le bouton ““Start All Sessions”. 3.7.6.2 Communication avec votre public Veuillez noter que votre public ne pourra pas accéder au “chat” dans les salles de discussion. Si vous avez des informations à communiquer, telles que les objectifs de l’exercice ou des liens, veuillez le faire avant d’ouvrir les salles de discussion. Il est également conseillé de préciser à l’audience le temps que vous leur accordez pour l’exercice avant d’ouvrir les salles. Vous pouvez communiquer avec les salles de discussion en diffusant un message à tous (“Broadcast message to all”), qui est un bouton dans le panneau des salles de discussion qui est à la disposition de la personne qui a créé les salles. Les hôtes et co-hôtes peuvent également se joindre à des salles de discussions individuelles pour se renseigner sur les différents groupes, si vous le souhaitez (instructions ici). 3.7.6.3 Fermer les salles de discussion Cliquez sur le bouton “Stop All Sessions” dans le panneau des salles de conférence qui est à la disposition de la personne qui a créé les salles. Pour plus d’informations sur la mise en place des salles de conférence, reportez-vous à ce guide visuel et au guide de Zoom. 3.8 Contribuer à ces directives Avez-vous des suggestions concernant ces directives? Veuillez créer un numéro et nous aider à améliorer ce matériel ! "],["developper-fr.html", "Section 4 Développer 4.1 Directives 4.2 Comment développer des ateliers 4.3 Contribuer autrement", " Section 4 Développer 4.1 Directives Ce guide est conçu pour aider les équipes de développement lors de la création et de la modification du contenu des ateliers R du CSBQ. Nous voulons nous assurer que les personnes qui assistent aux ateliers peuvent se concentrer sur le contenu présenté sans distraction par des questions de style, de grammaire, de ponctuation et/ou de structure. Veuillez lire attentivement ce guide avant de commencer et vous y référer régulièrement pendant votre travail. 4.1.1 Principales priorités Nous avons établi ici une liste de priorités pour les personnes qui souhaitent contribuer aux ateliers R. L’idéal serait que les équipes de développement accomplissent toutes ces tâches, mais si les circonstances rendent cela impossible, il est important de se concentrer sur les changements structurels avant les questions de style. Une version de cette liste sous forme de liste de contrôle a été ouverte en tant que besoin dans le dépôt GitHub pour chaque atelier respectif. Nous vous suggérons d’utiliser ces listes de contrôle comme un moyen de suivre votre progression tout en travaillant et en vous coordonnant avec votre collègue développeur, le cas échéant. Elles peuvent également être utilisées comme référence pour rapporter le travail accompli aux coordinateurs de la série d’ateliers R du CSBQ, ou pour demander des heures supplémentaires. Priorités générales: Traiter les problèmes existants soumis à GitHub, qui sont notés dans la section “Issues” du dépot GitHub. S’assurer que le code fonctionne correctement et que le code correspond à la présentation de l’atelier. Continuez à vérifier cela au fur et à mesure que vous apportez des modifications. S’assurer que les versions francophone et anglophone d’un atelier sont toutes les deux mises à jour et que le contenu est équivalent. Les ateliers ne doivent pas contenir des fautes d’orthographe, de grammaire ou de ponctuation. Veiller à ce que les diapositives des ateliers soient rédigées dans un style cohérent, ce qui facilite le déroulement des ateliers et la compréhension. Cela est particulièrement important lorsque l’on travaille en collaboration dans une équipe de développement. Dans la mesure du possible, ajoutez des notes de présentation aux diapositives que vous modifiez. Vous pouvez écrire des notes que vous pourrez lire vous-même en mode présentation quand vous appuyez sur le raccourci clavier P. Ces notes sont écrites sous trois points d’interrogation ???, avant la fin d’une diapositive. Voir l’exemple ci-dessous : --- Le contenu de cet atelier est essentiel. ??? Note : _Chantez cette diapositive_. --- 4.1.2 Règles structurelles Ne laissez pas le contenu des diapositives déborder de l’écran. Le code utilisé pour générer un résultat (chiffre ou calcul) doit correspondre au code affiché. Utilisez les cochettes de retour ` chaque fois que vous mentionnez une fonction, un objet ou un paquet dans votre prose. Utilisez les trois dernières cases à cocher ``` pour séparer les morceaux de code de la prose. Faites attention à la fluidité et aux distractions. 4.1.3 Grammaire et style Faites attention à la ponctuation, à l’orthographe et à la grammaire. Faites votre mieux pour être clair et concis. Évitez les phrases trop longues. Relisez l’atelier dans son intégralité pour vous assurer que le flux est bon. N’hésitez pas à demander à votre pair en développement de réviser votre texte. 4.1.4 Apprentissage active Les ateliers doivent être interactifs et comprendre des exercices et des sondages. Nous présentons ci-dessous quelques exemples d’exercices, de modes d’apprentissage fondés sur des données probantes et de stratégies efficaces pour organiser des ateliers à distance. Nous vous recommandons de prendre votre temps et de bien planifier l’élaboration des exercices. Veillez à ce que les objectifs de l’exercice soient en adéquation avec ceux de l’atelier. Rappelez-vous que tout ce qui est écrit dessous le ??? est une note pour la personne qui présente et n’apparaîtra donc pas dans la diapositive de présentation, mais apparaîtra dans la fenêtre du mode présentation. 4.1.4.1 Sondages simples Voir ci-dessous quelques exemples de deux diapositives contenant un exercice suivi de leurs solutions. Exemple 1 Contexte : Les personnes participant à l’atelier viennent d’apprendre quelles fonctions utiliser pour effectuer des comparaisons entre groupes dépendants et indépendants, et ont également été initiés à la vérification d’hypothèses unilatérales et bilatérales. Objectif : évaluer les connaissances des personnes participant à l’atelier et les rendre plus confiantes dans le choix du test à deux échantillons approprié dans leur recherche. Elaboré par : Pedro Henrique P. Braga --- Nous souhaitons évaluer si nous trouvons plus d'acromanthules dans les zones boisées et ombragées par rapport aux zones ouvertes. Nous sommes allés sur le terrain et avons compté le nombre d'individus (variable : `abundance`) dans dix paysages forestiers et ouverts répartis de manière aléatoire (variable : `type_of_area`). Laquelle des fonctions suivantes serait appropriée pour tester notre hypothèse ? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided").` 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided")`; ??? Note : Pendant ce moment, un sondage doit être ouvert. Une fois que vous avez obtenu les réponses de votre public, montrez-leur la bonne réponse. Vous pouvez demander à quelqu'un d'expliquer sa réponse. --- Nous souhaitons évaluer si nous trouvons plus d'acromanthules dans les zones boisées et ombragées par rapport aux zones ouvertes. Nous sommes allés sur le terrain et avons compté le nombre d'individus (variable : `abundance`) dans dix paysages forestiers et ouverts répartis de manière aléatoire (variable : `type_of_area`). Laquelle des fonctions suivantes serait appropriée pour tester notre hypothèse ? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided").` 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided")`; #<< ??? Note : Vous devez préciser la distinction entre les tests d'hypothèse bilatéraux et unilatéraux (i.e. one-sided and two-sided; dans le contexte du problème). En outre, vous devez également rappeler les différences entre les mesures dépendantes et indépendantes (en rapport avec l'argument `paired`). --- Exemple 2 Contexte : Les personnes participant à l’atelier ont été initiés aux modèles linéaires généralisés, et viennent d’apprendre la distribution de Poisson, ses hypothèses selon lesquelles la variance est égale à la moyenne, et comment la sur-dispersion de leurs données peut être un problème lors de l’ajustement de ces modèles. Ils ont été initiés à la famille quasi-Poisson et à la possibilité d’appliquer une correction de sur-dispersion pour les données binaires avec l’objet de famille “quasibinomial”. Objectif : Évaluer la capacité à appliquer le concept de correction de la sur-dispersion à différents types de données, pour aider à mieux comprendre la relation entre les objets de famille et les fonctions de liaison, et pour renforcer l’idée que les modèles peuvent être mis à jour sans avoir à en créer de nouveaux. Elaboré par : Esteban Góngora --- Nous avons maintenant réalisé que l'exemple de proportion pour les cerfs infectés peut avoir des problèmes de surdispersion (la variance augmente beaucoup plus vite que la moyenne). Laquelle des fonctions suivantes serait une mise à jour appropriée pour tenir compte de la surdispersion dans nos données sur les proportions ? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = "logit"), weights = n.total)` ; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, famille = quasibinomial, poids = n.total)` ; 3.`prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = "logit"))` ; ??? Note : Pendant ce moment, un sondage devrait être ouvert. Une fois que vous avez obtenu les réponse de votre public, montrez-leur la bonne réponse. Vous pouvez demander à quelqu'un d'expliquer sa réponse. --- Nous avons maintenant réalisé que l'exemple de proportion pour les cerfs infectés peut avoir des problèmes de surdispersion (la variance augmente beaucoup plus vite que la moyenne). Laquelle des fonctions suivantes serait une mise à jour appropriée pour tenir compte de la surdispersion dans nos données sur les proportions ? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = "logit"), weights = n.total)` ; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, famille = quasibinomial, poids = n.total)` ; 3. `prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = "logit")) #<<` ; ??? Note : Vous pouvez maintenant expliquer que nous pouvons obtenir le modèle corrigé avec les options 2 et 3. Cependant, l'option 3 est le bon choix car vous aviez demandé de mettre à jour le modèle `prop.reg2`. Vous pouvez également rappeler que chaque distribution a une fonction de lien par défaut, donc l'utilisation de `family = quasibinomial` et `family=quasibinomial(link = "logit")` produira le même résultat que `logit` est la fonction de lien par défaut pour la distribution quasibinomiale. --- 4.1.4.2 Exercice de groupe Le travail en petits groupes permet d’exploiter les forces de chaque membre du groupe et d’améliorer le succès du cadre collectif. Cet exercice exige un répartition au hasard de l’audience dans des salles de discussion (idéalement, 5 personnes par salle) et doit comprendre une activité se rapportant à un point de discussion. À la fin de cet exercice, les groupes sont reconvoqués et une personne de chaque salle de discussion doit faire un rapport et résumer la discussion. Cette activité doit durer environ 10 minutes (parfois moins si elle est très simple) et doit utiliser les informations qui ont été fournies pendant l’atelier. Voir ci-dessous deux exemples de diapositives contenant un exercice suivi de sa solution : Exemple 1 Contexte : Cet exercice doit être fourni pour préparer le terrain aux discussions lors d’un atelier de visualisation de données. Il n’exige pas une connaissance solide de la visualisation de données. Objectif : Encourager la réflexion critique autour de la visualisation de données. Élaboré par : Pedro Henrique P. Braga --- Discussion de groupe : Vous trouverez ci-dessous trois graphiques compilés à partir d'un livre de visualisation (référence indiquée dans la diapositive suivante). Ouvrez et observez les tableaux et discutez avec votre groupe pour répondre aux questions suivantes : (a) Quels problèmes voyez-vous dans chacun des tableaux ? (b) Quelles sont les conséquences de ces problèmes que vous avez identifiés ? (c) Que changeriez-vous dans chacun d'eux pour améliorer leur information ? ### Ajoutez ces images côte à côte. ![](https://socviz.co/assets/ch-01-chartjunk-life-expectancy.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-holmes-monstrous-only.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-excel-3d-column-chart-values.png) ??? Note : Lisez clairement l'exercice. Demandez un résumé des réponses et qu'une personne doit ensuite faire un compte rendu de la discussion lorsque la classe est convoquée. Vous pouvez prévoir 5 à 8 minutes pour la discussion dans les salles de discussion (en fonction de la taille du groupe) car il s'agit d'un exemple très simple. --- Discussion de groupe : Vous trouverez ci-dessous trois graphiques compilés à partir d'un (livre de visualisation) [https://socviz.co/lookatdata.html]. Ouvrez et observez les tableaux et discutez avec votre groupe pour répondre aux questions suivantes : (a) Quels problèmes voyez-vous dans chacun des tableaux ? (b) Quelles sont les conséquences de ces problèmes que vous avez identifiés ? (b) Que changeriez-vous dans chacun d'eux pour améliorer leur information ? ### Afficher les images côte à côte ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-voeten-version-2.png) ??? Note : Les chiffres en question ne sont pas seulement une question de mauvais goût (subjectif), mais ont des problèmes liés à la manière dont ils transmettent l'information. Dans cet exemple, le problème n'est pas dû à une différence dans la façon dont l'axe des y est dessiné. Il s'agit plutôt d'une mesure différente : nous examinons maintenant la tendance du score moyen, plutôt que la tendance de la réponse la plus élevée possible. --- Exemple 2 Contexte : Les personnes qui participent viennent d’être initiés aux analyses multivariées, et viennent de voir le tableau récapitulatif des principales caractéristiques des ordinations sans contrainte. Objectif : Permettre auxpersonnes qui participent d’appliquer de manière critique les informations présentées dans cet atelier en déterminant quel type d’étude/données correspondrait le mieux aux différents types d’ordinations. Elaboré par : Esteban Gongora Bernoske --- Discussion de groupe : Chaque groupe se verra attribuer au hasard un type d'ordination. Vous discuterez au sein de votre groupe des types d'ensembles de données possibles qui correspondent le mieux au type d'ordination qui vous a été attribué. Chaque groupe présentera un exemple concret de projet/étude/expérience qui serait utilisé avec sa méthode d'ordination. ### Inclure le tableau récapitulatif pour référence. ![]((http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-fr/workshop09-pres-fr.html#141)) ??? Note : Lisez clairement l'exercice et attribuez à chaque salle de discussion un type d'ordination. Suggérez l'utlisation des caractéristiques du tableau récapitulatif pour trouver la réponse, puis une personne doit faire un compte rendu de la discussion lorsque la classe est convoquée en présentant l'exemple choisi et en mentionnant brièvement la raison pour laquelle elle l'a choisi. Vous pouvez prévoir 5 à 8 minutes pour la discussion dans les salles de discussion (en fonction de la taille du groupe). Pendant les discussions en sous-groupes, pensez à des exemples possibles que vous pourriez leur donner au cas où la discussion ne se déroulerait pas comme prévu (n'oubliez pas que c'est la fin de l'atelier et que votre public peut donc être déjà fatigué). --- Discussion de groupe : Chaque groupe se verra attribuer au hasard un type d'ordination. Vous discuterez au sein de votre groupe des types d'ensembles de données possibles qui correspondent le mieux au type d'ordination qui vous a été attribué. Chaque groupe présentera un exemple concret de projet/étude/expérience qui serait utilisé avec sa méthode d'ordination. ### Inclure le tableau récapitulatif pour référence. ![]((http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-fr/workshop09-pres-fr.html#141)) ??? Note : Mentionnez quelques exemples ou utilisez les exercices présentés pendant l'atelier pour conclure la discussion. --- 4.1.4.3 Exercice individuel Des exercices individuels simples demandent à chacun de pratiquer un peu par soi-même. En fonction de la difficulté des exercices, pensez à prévoir entre 5 et 10 minutes pour leur exécution. Bien que ces exercices aident à assimiler le contenu, certaines personnes peuvent être moins motivées pour les exécuter (contrairement aux exercices de groupe). C’est pourquoi il faut envisager d’inclure d’autres types d’exercices en plus de ceux-ci. À la fin de ces exercices, donnez l’occasion à une ou quelques personnes de présenter et de discuter leurs réponses. Ci-dessous, nous pouvons voir un exemple d’exercice indépendant et sa solution : Contexte : L’atelier vient d’aborder les familles de distribution, les fonctions de liens et des exemples du fonctionnement des fonctions glm() et manyglm(). Objectif : Encourager l’observation les tracés de diagnostic lors du choix de modèle. Élaboré par : Pedro Henrique P. Braga. --- Utilisez `manyglm()` pour estimer les réponses de la composition de la communauté d'acariens à toutes les variables environnementales associées à l'ensemble de données sur les `acariens`. Quelles familles d'erreurs (gaussiennes, de poisson ou binomiales négatives) correspondent le mieux aux données ? N'oubliez pas de charger les bibliothèques `vegan` et `mvabund`, et d'utiliser `data(mite)` et `data(mite.env)` pour charger les ensembles de données. Conseil : Souvenez-vous de ce que nous avons dit sur les hypothèses de modèle ! ??? Note : L'objectif de cet exercice est de permettre d'écrire indépendamment les modèles, d'assigner les arguments appropriés liés aux familles de distribution et de réaliser qu'ils doivent tracer les résidus par rapport aux valeurs ajustées pour décider du meilleur modèle. Rappelez ce que les deux ensembles de données comprennent. Vous pouvez aider votre public à se rendre compte des arguments possibles en suggérant la fonction d'aide "?`". À la fin de cet exercice, invitez quelques personnes à partager leur réponse et demandez-leur comment ils l'ont obtenue. --- Utilisez `manyglm()` pour estimer les réponses de la composition de la communauté d'acariens à toutes les variables environnementales associées à l'ensemble de données sur les `acariens`. Quelles familles d'erreurs (gaussiennes, de poisson ou binomiales négatives) correspondent le mieux aux données ? Solution : ### À afficher à l'intérieur d'un bloc de code: mitedat <- mvabund(mite) mite.gaussian.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrat + Arbuste + Topo, data = mite.env, family='gaussian') mite.poisson.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrat + Arbuste + Topo, data = mite.env, family='poisson') mite.nb.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrat + Arbuste + Topo, data = mite.env, family='negative.binomial') # Afficher les tracés de diagnostic côte à côte : par(mfrow=c(1,3)) plot(mite.gaussian.glm) plot(mite.poisson.glm) plot(mite.nb.glm) ### Fin de la partie du code ??? Note : Montrez clairement quels arguments ont changé entre les fonctions et ce qu'ils impliquent. Expliquez comment les hypothèses de distribution des résidus et des valeurs prédites doivent encore être satisfaites pour que les modèles soient considérés comme valables. --- 4.2 Comment développer des ateliers Cette section vous guide à travers le processus de contribution aux présentations des ateliers R du CSBQ. 4.2.1 Pour commencer Les ateliers R du CSBQ sont des présentations créées en utilisant xaringan, donc la première étape est d’installer la bibliotèque R xaringan. if (!require(devtools)) install.packages("devtools") devtools::install_github("yihui/xaringan") Ensuite, vous devez créer une copie locale du répertoire de l’atelier sur lequel vous travaillerez, que vous trouverez ici. Pour ce faire, vous pouvez cloner le répertoire GitHub sur votre ordinateur. Pour ce faire, vous pouvez utiliser la ligne de commande (plus de détails ici) : git clone https://github.com/QCBSRworkshops/workshop01.git # changez ce lien en fonction de l'atelier sur lequel vous travaillez ! Si vous n’êtes pas à l’aise avec la ligne de commande, vous pouvez cloner ce dépôt d’archives en utilisant GitHub Desktop, en suivant les instructions ici. Une fois que vous avez cloné le dépôt d’archives, vous êtes prêt à commencer le développement ! 4.2.2 Flux de travail GitHub GitHub crée des dépôt d’archives avec une seule branche par défaut, nommée dev (si vous travaillez en ligne de commande) ou main (si vous travaillez dans GitHub Desktop). C’est la branche que vous voyez quand vous visitez le dépôt d’archives. Nous vous recommandons fortement de travailler sur une nouvelle branche, qui vous permet de développer les ateliers sans affecter la branche principale du dépôt d’archives. Travailler sur une branche distincte signifie que les changements ne sont mis en œuvre dans le contenu original qu’une fois que vos contributions ont été examinées. C’est une façon “plus sécuritaire” de développer les ateliers, particulièrement lorsque plusieurs personnes collaborent sur un atelier en même temps. Créer et publier une nouvelle branche. Choisissez un nom qui décrit explicitement ce que vous modifiez, par exemple workshop1_intro si vous travaillez sur l’introduction de l’atelier 1. Sur la ligne de commande : git branch workshop1_intro # créer une nouvelle branche Github Desktop (instructions ici). Passer à cette branche. Assurez-vous que vous travaillez sur votre nouvelle branche ! Sur la ligne de commande : git checkout workshop1_intro # passer à cette branche # Notez que vous pouvez créer et changer de branche en une seule ligne : git checkout -b workshop1_intro GitHub Desktop (instructions ici). Effectuez vos modifications, en suivant les lignes directrices énumérées ci-dessus. Ajoutez et validez vos modifications. Une fois que vous avez terminé de faire des changements sur votre branche, ajoutez-les et validez-les pour enregistrer ces changements. Lorsque vous validez des modifications, il est essentiel d’inclure un message de validation qui résume brièvement ce que vous avez fait. Soyez bref mais informatif ! Sur la ligne de commande : git add -A # ajoutez tous vos changements git commit -m "fix code for plot in Challenge 1" # commettez vos changements avec un message Vous pouvez également utiliser GitHub Desktop pour ajouter des modifications (instructions ici) et les valider (instructions ici). Synchronisez votre branche principale avec le référentiel distant. Il est important de s’assurer que votre branche principale est à jour avant de la modifier. Retournez à la branche principale et récupérez les modifications qui ont été faites depuis la dernière copie du dépôt d’archives. Tirez le dev sur la ligne de commande : git checkout dev # retour à la branche principale pull git # tirez les changements faits sur la branche principale Tirez la branche main sur GitHub Desktop (instructions ici). Fusionnez votre branche avec la branche principale locale. Retournez à votre branche (par exemple workshop1_intro) et fusionnez-la avec votre branche principale locale. S’il y a des conflits, veuillez les résoudre ! Vous pouvez fusionner votre branche avec la branche dev en utilisant la ligne de commande : git checkout workshop1_intro # retournez à votre branche git merge dev # fusionner la branche principale avec votre branche Fusionnez votre branche avec la branche main dans GitHub Desktop (instructions ici). Poussez votre branche fusionnée localement vers le dépôt d’archives GitHub distant. En ligne de commande, vous pouvez pousser votre branche fusionnée localement (par exemple workshop1_intro) vers le dépôt d’archives distant comme ceci : git push --set-upstream origin workshop1_intro # poussez vers le dépôt ! Poussez votre branche (par exemple workshop1_intro) vers le dépôt d’archives distant dans GitHub Desktop (voir étape #4). Ouvrez une demande d’extraction. Les pull requests ou demandes d’extraction sont un moyen de faire connaître à votre équipe de développement les changements que vous avez poussés vers une branche du dépôt Github. Une fois que vous avez ouvert une demande d’extraction, nous pouvons examiner les changements potentiels et ajouter des commandes de suivi (si nécessaire) avant que vos changements ne soient fusionnés dans la branche principale. Pour ouvrir une demande d’extraction pour votre branche (par exemple workshop1_intro), veuillez suivre ces instructions. Assignez votre demande d’extraction à l’équipe de coordination des ateliers R du CSBQ. Votre demande sera révisée et fusionnée avec le dépôt principal. Une fois que la demande d’extraction est fusionnée, n’oubliez pas de tirer la branche principale ! Un guide visuel du flux de travail GitHub est aussi accessible ici. 4.3 Contribuer autrement Si vous n’êtes pas à l’aise avec GitHub, vous pouvez toujours nous aider à améliorer les ateliers ! Si vous trouvez des erreurs ou des incohérences, ou si vous souhaitez faire une suggestion, que ce soit sur la forme ou le contenu, vous êtes invités à ouvrir un numéro. Vous pouvez suivre ces étapes simples pour créer un nouveau numéro. "],["payment-fr.html", "Section 5 Recevoir votre prix 5.1 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs de McGill 5.2 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs ou au postdoctorat hors-McGill 5.3 Implications fiscales", " Section 5 Recevoir votre prix Tous les membres du CSBQ qui présentent ou développent des ateliers reçoivent un prix d’apprentissage et de développement du Centre de la science de la biodiversité du Québec (CSBQ) [à l’exclusion des membres du CSBQ au postdoctorat de McGill, voir ci-dessous]. Le traitement du prix dépend de votre institution et de votre statut académique: Membre du CSBQ aux cycles supérieurs de McGill: Votre prix sera traité sous la forme d’un paiement de bourse. Veuillez suivre les instructions ci-dessous qui sont spécifiques aux membres CSBQ de McGill. Membre du CSBQ aux cycles supérieurs ou au postdoctorat hors-McGill: Votre prix sera traité comme un contrat indépendant. Veuillez suivre les instructions ci-dessous qui sont spécifiques aux membres du CSBQ hors-McGill. Membre du CSBQ au postdoctorat de McGill: Malheureusement, en raison de limitations contractuelles institutionnelles, les membres du CSBQ de McGill ne sont plus éligibles pour recevoir des Bourses d’apprentissage et de développement du CSBQ à partir de mars 2021. Des exceptions existent si votre contrat avec le membre du CSBQ qui dirige votre recherche le permet, mais cela est rare. En raison de ce changement, les membres du CSBQ au postdoctorat de McGill ne peuvent contribuer à la série que sur une base volontaire. 5.1 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs de McGill Suivez ces étapes pour recevoir votre prix : Remplissez d’abord la feuille de paiement pour l’équipe de présentation et/ou la feuille de paiement pour l’équipe de développement avec les informations requises. Déclarez un atelier par ligne si vous avez contribué à plusieurs ateliers. Pour présentation d’atelier(s): Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne reçoit une récompense d’un montant maximum de 180$ par atelier. Remplissez une facture du CSBQ, ci-jointe. Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 180$ par atelier” ; “Total : 360$”). Si vous avez présenté et/ou développé plusieurs ateliers, indiquez-les sur des lignes séparées dans une seule facture, si possible. Le numéro de facture (“Invoice #”) dépendra du nombre de factures que vous avez déjà soumises. Par exemple, si c’est la première fois que vous soumettez une facture au CSBQ/McGill, le numéro de facture est 01. Si c’est la cinquième fois que vous soumettez une facture, le numéro de facture est 05. Il est très important que chaque facture que vous soumettez ait un numéro de facture unique, sinon votre paiement risque de subir des délais importants. N’écrivez rien à côté de “P.O.” (qui signifie “Bon de commande”). Enregistrez ce fichier sous le nom de “VOTRENOM_RWorkshop_Invoice.docx”. Troisièmement, envoyez la facture à csbq.qcbs.r@gmail.com (Ëquipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ). Indiquez votre numéro d’étudiant.e dans le message. Vous pouvez utiliser le message suivant comme modèle: Objet du message : Prix d’apprentissage et de développement - Série d’ateliers R du CSBQ Bonjour, Vous trouverez en pièce jointe à ce message ma facture pour le(s) atelier(s) que j’ai instruit(s)/développé(s) dans le cadre de la série d’ateliers R du CSBQ. Voici mon numéro d’étudiant.e de McGill : INSÉRER LE NUMÉRO D’ÉTUDIANT.E. Je certifie que les informations jointes à ce message sont vraies et correctes au meilleur de ma connaissance. Merci et bonne journée, VOTRE NOM. **Quatrièmement, le personnel administratif du CSBQ répondra à votre courriel avec un formulaire d’autorisation de paiement de la bourse d’études que vous devrez signer. Une fois que vous aurez signé ce formulaire, le personnel administratif du CSBQ demandera également les signatures de l’administration du CSBQ et enverra ensuite la facture aux “Affaires étudiantes” de McGill en vous mettant en copie. Vous devriez recevoir votre paiement dans les 1 à 2 jours suivant son traitement par McGill. Si vous ne recevez pas votre paiement dans les deux jours, veuillez contacter Dre. Elina à nouveau afin qu’elle puisse vous aider à recevoir votre paiement. 5.2 Membres du CSBQ aux cycles supérieurs ou au postdoctorat hors-McGill Suivez ces étapes pour recevoir votre prix: Remplissez d’abord la feuille de paiement pour l’équipe de présentation et/ou la feuille de paiement pour l’équipe de développement avec les informations requises. Déclarez un atelier par ligne si vous avez contribué à plusieurs ateliers. Pour les personnes qui présentent: Vous pouvez vous référer à la section normes de compensation du présent protocole pour trouver le budget alloué à votre atelier. Rappelez-vous que chaque personne qui présente un atelier reçoit un prix d’un montant maximum de 180 $ par atelier. Remplissez et signez ce formulaire. Cette étape est à faire qu’une seule fois. Si vous vous êtes déjà enregistré en tant que bénéficiaire à l’Université McGill, vous pouvez passer à l’étape 3. Enregistrez ce fichier sous le nom de “VOTRENOM_PayeeForm.pdf”. Notez que vous êtes considéré comme “Payee ou Bénéficiaire” aux fins de l’élaboration et de l’instruction d’un atelier appartenant à la série d’ateliers R du CSBQ. Si vous avez besoin de plus d’informations sur la détermination du statut de personne salariée par rapport à celui du statut de personne entreprenante indépendante, consultez ceci. Remplissez une facture du CSBQ, ci-jointe. Vous devez écrire votre nom, courriel, numéro de téléphone, adresse complète (y compris le code postal, la ville et la province), solde total et description de votre travail (par exemple, “Description : Présentation des ateliers 1 et 2” ; “Coût unitaire : 180 $ par atelier” ; “Total : 360 $”). Si vous avez présenté et/ou développé plusieurs ateliers, indiquez-les sur des lignes séparées dans une seule facture, si possible. Le numéro de facture (“Invoice #”) dépendra du nombre de factures que vous avez déjà soumises. Par exemple, si c’est la première fois que vous soumettez une facture au CSBQ/McGill, le numéro de facture est 01. Si c’est la cinquième fois que vous soumettez une facture, le numéro de facture est 05. Il est très important que chaque facture que vous soumettez ait un numéro de facture unique, sinon votre paiement risque de subir des délais importants. N’écrivez rien à côté de “P.O.” (qui signifie “Bon de commande”). Enregistrez ce fichier sous le nom de “VOTRENOM_RWorkshop_Invoice.docx”. Envoyez la facture à csbq.qcbs.r@gmail.com (Équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ). Indiquez dans votre message à l’équipe de coordination de la série d’ateliers R du CSBQ si vous avez déjà été enregistré en tant que personne à personne employée ou contractante indépendante de l’université pour l’Université McGill (c’est-à-dire si vous êtes déjà une personne bénéficiaire ou non). Si votre adresse a changé depuis votre première inscription en tant que bénéficiaire, veuillez le mentionner dans votre message à Dre. Elina. Vous pouvez utiliser le modèle de message suivant pour votre message: Sujet du message : Prix de l’apprentissage et du développement - Série d’ateliers R du CSBQ Bonjour, Vous trouverez en pièce jointe à ce message mon formulaire de paiement et la facture pour le(s) atelier(s) que j’ai animé(s)/développé(s) dans le cadre de la série d’ateliers R du CSBQ. Je SUIS DÉJÀ ou je NE SUIS PAS ENCORE pas enregistré(e) en tant qu’employé(e) ou entrepreneur(e) indépendant(e) pour l’Université McGill. OPTION : Veuillez noter que mon adresse a changé depuis que j’ai été enregistré comme bénéficiaire, mon adresse actuelle est: * insérer l’adresse. INSÉRER L’ADRESSE Je certifie que les renseignements joints à ce message sont, à ma connaissance, vrais et exacts. Merci et bonne journée, VOTRE NOM Après quelques (3-4) semaines, le service des achats de l’Université McGill vous enverra un courriel contenant un bon de commande. Le personnel administratif du CSBQ remplira ce bon de commande pour vous, et le soumettra. Vous devriez ensuite recevoir un chèque à l’adresse que vous avez indiquée dans votre facture dans les jours qui suivent! Si vous ne recevez pas votre paiement dans le délai institutionnel déterminé par les Services d’approvisionnement de McGill Conditions générales (actuellement, 45 jours nets), veuillez nous contacter en indiquant que votre paiement a été retardé au-delà d’un délai raisonnable. 5.3 Implications fiscales Les allocations et les contrats indépendants ne sont pas des salaires d’employés et le payeur n’est pas responsable de l’impôt sur le revenu ou des déductions liées à l’emploi. Les membres du CSBQ de McGill qui reçoivent des prix doivent recevoir de McGill un feuillet d’impôt T4A indiquant le revenu de bourse à déclarer pour la période. Les membres du CSBQ qui ne sont pas de McGill reçoivent leur prix en tant que personnes entreprenantes indépendantes et ne recevront donc pas de relevé d’impôt de McGill. La responsabilité de comprendre vos obligations légales et fiscales vous appartient. Vous devez soumettre une déclaration d’impôt annuelle qui fait état de votre revenu net selon le format standard gouvernemental et conserver vos factures pendant la période prescrite par le gouvernement (actuellement, sept ans). "],["codeofconduct-en.html", "Section 6 Code of conduct", " Section 6 Code of conduct The QCBS R Workshop Series and the QCBS R Symposium are venues dedicated to providing a welcoming and supportive environment for all people, regardless of background or identity. Participants, presenters and organizers of the workshop series and other related activities accept this Code of Conduct when being present at any workshop-related activities. We do not tolerate behaviour that is disrespectful or that excludes, intimidates, or causes discomfort to others. We do not tolerate discrimination or harassment based on characteristics that include, but are not limited to, gender identity and expression, sexual orientation, disability, physical appearance, citizenship, ethnic or social origin, pregnancy, familial status, religion or belief (or lack thereof), membership of a minority, age, education and socioeconomic status. It applies to all spaces managed by or affiliated with the workshop, including, but not limited to, workshops, email lists, and online forums such as GitHub, Slack and Twitter. Workshop participants violating these rules may be sanctioned or expelled from the workshop without a refund at our discretion. Expected behaviour All participants and presenters are expected to show respect and courtesy to others. All interactions should be professional regardless of platform: either online or in-person. In order to foster a positive and professional learning environment we encourage the following kinds of behaviours in all workshop events and platforms: Use welcoming and inclusive language Be respectful of different viewpoints and experiences Gracefully accept constructive criticism Focus on what is best for the community Show courtesy and respect towards other community members Unacceptable behaviour Examples of unacceptable behaviour by participants at any workshop event/platform include: written or verbal comments which have the effect of excluding people on the basis of membership of any specific group; causing someone to fear for their safety, such as through stalking or intimidation; violent threats or language directed against another person; the display of sexual or violent images; unwelcome sexual attention; nonconsensual or unwelcome physical contact; insults or put-downs; sexist, racist, homophobic, transphobic, ableist, or exclusionary jokes; incitement to violence, suicide, or self-harm; continuing to initiate interaction (including photography or recording) with someone after being asked to stop; publication of private communication without consent. If a participant or a presenter engages in harassing behaviour, we may take any action we deem appropriate, including warning the offender or expulsion from the workshop without a refund. Participants and presenters asked to stop any harassing behaviour are expected to comply immediately. If you are being harassed, notice that someone else is being harassed, or have any other concerns, please contact one of the workshop organizers immediately. "],["preparation-en.html", "Section 7 Preparation 7.1 Before the workshop 7.2 On the day of the workshop 7.3 After the workshop", " Section 7 Preparation Being a presenter for the QCBS R Workshop Series requires preparation and proactive communication with the participants registered for the workshops. Below, there is a list of points that will help you prepare for the workshops. We ask you to read them carefully. 7.1 Before the workshop 7.1.1 Two weeks before the workshop Obtain the list of registered participants to your workshop (we will provide you with a code to obtain this). Then, determine the number of presenters that can be allocated to your workshop: NEW: In September 2023, the Learning and Development Award for presenters in the R Workshop Series has changed from $150 to $180. There are also new distinctions in the award payment process between McGill and non-McGill contributors, including additional tax compensation for non-McGill contributors. See the Payment section for more information. Number of Participants Number of Presenters Payment per Presenter Allocated funds to the workshop 1 to 5 1 $ 180 $ 180 6 or more 2 $ 180 $ 360 For remote workshops: We require only two presenters per workshop during remotely instructed workshops. While one instructor presents the workshop, the other presenter must act as an assistant, monitoring the chat, setting up breakout rooms, helping debug eventual issues participants may have. Both workshop instructors and assistants must answer student questions. If the number of registered presenters is lower than the number of presenters that can be allocated to your workshop, do not hesitate to invite other graduate students and post-doctorate fellows (members of the QCBS) that you think could instruct the workshop with you! Note that the maximum payment per presenter is of 180$, per workshop instructed. Familiarize yourself with the material available within the website. You must be very comfortable with the content and the presentation concerning the workshop as of the date of your presentation. It is your responsibility to become familiar with the material. Use the books and presentations as reference material for your workshop. Do not hesitate to complement your knowledge with other references and material. The presentations come with a presenter mode, which allow for presenter notes and a more dynamic instruction. Go to our “Presenter mode” section to learn more. Read the code of conduct. For remote workshops: Familiarize yourself with Zoom before your workshop. For example, you should know: (i) how to share your screen; (ii) how to initiate and end breakout rooms; (iii) how to create and launch polls; (iv) and what tools are available for interacting with students. We have provided additional detailed guidelines for these tasks here. 7.1.2 One week before the workshop Obtain the most up-to-date list of registered participants for your workshop using the code sent to you when you were recruited. NOTE: Remember that for the remote workshops, the location argument you have to use is \"Online\". Send the standardized message below to all participants, replacing the fields when required. Ideally, instructors that have their emails displayed within the workshop schedule will be the ones to communicate with participants first. You may change this role, if you prefer. NOTE: Carbon-copy all your communication to the other instructors of your workshop. NOTE: You must send the message below at least 7 days before the date of your presentation. NOTE: You must NOT remove information from the following text. For remotely instructed workshops: Message subject: [QCBS R Workshop Series] Workshop #X – Name of the Workshop (Date of the workshop) Hello! You are registered for the QCBS R Workshop #XXX that will be given this coming DATE OF THE WORKSHOP at HH:MM PM or AM. In preparation for the workshop please note the following: The workshop will be given through Zoom. You must register to access the Workshop with the following registration link: INSERT LINK PROVIDED TO YOU BY COORDINATION TEAM. Please register at least 1 hour before the workshop so that we can approve your participation in time. If registered, you will receive an invitation containing a unique link. You must not share this link with others. Please prepare your laptop and the relevant programs (R and RStudio) before hand. You can also download the script we will be using in this workshop at the following website: https://r.qcbs.ca/workshops/r-workshop-XX/ We recommend that you execute the entire script at least once before the workshop session to make sure that everything works on your computer. If needed, download and install the libraries that we will use during the workshop. If you can no longer make it to the workshop, please advise us at least 5 days in advance by email. Failing to advise us about your absence will incur in a 100$ penalty billed to your supervisor. If you are not a member of the QCBS, you may be asked to send us a receipt of payment to the workshop. We encourage you to keep your camera turned on, so that instructors can more easily connect and engage with you. Please consider that a lot of effort has been put into the planning of these workshops, so it is important that attendees are willing to engage in the learning process. This may include active participation in discussion and collaboration with your peers. If you have any questions concerning this workshop or its venue, please reach one of the presenters so you can be helped to the best of our ability! Thank you, we look forward to next DAY OF WEEK! YOUR NAME(S). For in-person workshops: Message subject: [QCBS R Workshop Series] Workshop #X – Name of the Workshop (Friday, Month Day) Hello! You are registered for the QCBS R Workshop #XXX that will be given at NAME OF THE UNIVERSITY this coming DAY OF WEEK at HH:MM PM or AM. In preparation for the workshop please note the following: The workshop will be given in XXX building, room XXX. Please come with your laptop and the relevant programs (R and RStudio) installed. You can also download the script we will be using in this workshop at the following website: https://r.qcbs.ca/workshops/r-workshop-XX/. We recommend that you execute the entire script at least once before coming to the workshop to make sure that everything works on your laptop and to download and install all the libraries we will be using during the workshop. If you can no longer make it to the workshop, please advise us 5 days in advance by email, otherwise, you will receive a 100$ penalty which will be billed to your supervisor. If you are not a member of the QCBS please bring receipt of payment to the workshop. Internet access should not be necessary to follow the workshop if you executed the script before coming to make sure you had downloaded all the necessary R libraries. If you are taking the workshop at a different institution than your own and would like to have access to the internet during the workshop, please ensure that you can connect to the eduroam network (more info here: http://qcbs.ca/wiki/eduroam). If you do not have access to eduroam or to the university’s network, we may not be able to provide you with temporary access to the internet. If you have any questions concerning this workshop or its venue, please reach one of the presenters so you can be helped to the best of our ability!. Thanks, and looking forward to DAY OF WEEK! YOUR NAME(S). 7.1.3 The day before the workshop Registration is open until 24 hours prior to the workshop. For remote workshops, please check the list of participants one last time to ensure that everyone has received the email containing the registration link to access the Zoom session. 7.2 On the day of the workshop We have built a dedicated section with guidelines on what both instructors and assistants should do during the workshop. Please, read and apply them very attentively! 7.3 After the workshop We kindly ask you to do the steps below immediately after your presentation. Send the feedback form to the attendants of your workshop; Message subject: [QCBS R Workshop Series] Evaluation Form for the Workshop #X – Name of the Workshop Hi again! Thank you for coming to the workshop (#X) on Name of the Workshop. We kindly ask you to take a few minutes to provide your feedback on the last workshop. This process is very valuable to us because we can understand where the workshop needs improvement. Your comments and suggestions are really appreciated and are read with attention. Thank you again! With our kindest regards, YOUR NAMES Provide your own feedback on the workshop you have just instructed. Send the message below to any registered participants that were absent from your workshop and did not sent you a message canceling their registration on time. NOTE: Send separate messages to each one of the registered absentees (i.e. do not include other participants in your communications). Message subject: [QCBS R Workshop Series] Absence during the Workshop #X – Name of the Workshop Dear NAME OF THE REGISTERED PARTICIPANT, I am contacting you because you were absent from today’s workshop (#X) on Name of the Workshop, which was given at Location or remotely. According to the policy of the QCBS R Workshop Series, registered participants that do not cancel their attendance at least 5 days in advance by email incur a 100$ penalty that is billed to their supervisor’s institutional account. We kindly ask you to contact us about your absence at your earliest convenience. With regards, YOUR NAME(S) "],["presentation-en.html", "Section 8 Presentation 8.1 Workshop structure 8.2 General guidelines 8.3 Presenting guidelines 8.4 Assisting guidelines 8.5 Presentation help 8.6 Presenter mode 8.7 Zoom guidelines 8.8 Contributing to these guidelines", " Section 8 Presentation The following recommendations have been written to improve the delivery of workshop content to participants. We propose guidelines based on evidence-based strategies for teaching and learning. Even though a few aspects might be basic to you, we ask you to read them all carefully. 8.1 Workshop structure On average, in-person workshops last 4 hours (including breaks), with some variability depending on the content and workshop complexity. Remote workshops should run for approximately 3 hours. Workshops are being shortened to suit this new format. Generally, we propose that the instruction time be broken into two 1.5 hour sections, with a one-hour break in between. However, some workshops may benefit from a different flow, e.g. two breaks of 30 minutes instead of a long one-hour break. Suggestions for Workshops 1 to 5 are provided below. Each workshop should begin with a welcome and check-in period lasting around 5 minutes. During this time, workshop presenters and assistants may take attendance, ask participants how they are doing, and give participants instructions on how to use the Chat and make questions. Following the welcome and check-in period, workshop presenters should begin their lecture blocks by illustrating and specifying the content of the workshop and how the lecture and pauses will be structured. During both remote and in-person workshop contexts, additional short breaks of 5 to 10 minutes (each) should be occasionally provided to allow participants and presenters to take a short pause and to address any outstanding questions. At the end of the workshop, presenters and assistants should thank the participants for being present, request participants to fill the feedback survey, and allow them to ask questions (if time allows). Suggestions for workshop schedules for Workshops 1 to 5: Blocks Workshop 1 Workshop 2 Workshop 3 Workshop 4 Workshop 5 Welcome and check-in 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes Lecture block 85 minutes 85 minutes 85 minutes 55 minutes 55 minutes Pause 60 minutes 60 minutes 60 minutes 30 minutes 30 minutes Lecture block 85 minutes 85 minutes 85 minutes 60 minutes 85 minutes Pause Not applic. Not applic. Not applic. 30 minutes Not applic. Lecture block Not applic. Not applic. Not applic. 55 minutes Not applic. Wrap-up and exit 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 5 minutes 8.2 General guidelines During the day of the workshop, both workshop instructors and assistants must: Arrive at least 15 minutes before the beginning of your workshop to prepare the presentation room and project your presentation; For remote workshops, please open the meeting room early (along with the presentation, wiki and RStudio) and check-in with your co-presenter before participants arrive. Take attendance; Collect receipts from non-members if the workshop takes place in person; Start your presentation on time. 8.3 Presenting guidelines Instructors should consider themselves students during the learning process, and be thoughtful on their method of delivery and communication, and how it affects student learning; Instructors must come to workshop prepared to instruct the workshop material, as well as to respond to relevant questions related to the workshop; Instructors should not only read the presentation during a workshop; Even during remote instructions, it is important that instructors maintain social presence in the learning process. Instructors should provide feedback, communicate regularly, model participation, and create an inviting tone; Online quizzes have been shown to be more effective than other online learning experiences, such as assigning homework (Ibid). Thus, be sure to allocate time and execute these quizzes whenever suggested by the workshop material; Stimulate collaboration whenever possible. Students engaged in a directed, social learning experience learn better, as opposed to isolated learning; When introducing yourselves, give a short summary about what you do and how do you apply the content workshop in your work; Do a quick survey of your students to see how much experience they have with the workshop topic. This is a great activity that can help you engage with participants, allow them to discuss with each other, help you cater part of your workshop to your audience, inform your delivery speed, and the amount of time you set aside to work through exercises; Regularly ask participants if they have recurring questions about the content, and allow them to be addressed. Reassure attendants that they can raise their hands and pose questions to you during the workshop. If the workshop is remote, make sure students understand how to use the Chat and raise their hand in Zoom; Whenever asking questions to participants, it is a good practice to not only request responses from volunteers, but to “point” or “name” someone to respond to your question. 8.4 Assisting guidelines Whenever you take the role as an assistant during the workshops, you should: Be attentive and prepared to mute participants that have inadvertently left their microphones turned on and that are making noises that are interfering with the workshop instruction; Communicate with participants through the Chat with subjects related to the workshop; Respond to any questions that participants may publicly or privately pose within Zoom; Assist and stimulate discussion within Breakout Rooms by giving discussion points and tips, either before opening the Breakout Rooms, or by sending a “broadcast” message to participants within the rooms; Take attendance, and reach out to non-registered participants to request them to immediately register to the workshop. Everyone attending must be registered; 8.5 Presentation help You can access the presentation help option by opening a presentation and pressing H or ?. 8.6 Presenter mode Entering presenter mode allows you to view presentation notes while giving your instruction. To access presenter mode, you must: Open the presentation; Clone the presentation by pressing c. Once you do this, you will notice that a new window will pop-up and that anything that both windows mimic each other, i.e. meaning that if you change the slide in one of the, the other will change; Enter presenter mode in one of the windows, by using the keyboard shortcut p; Note that you must share the cloned window that is not in presenter mode to participants. The details on how to do this are explained below. 8.7 Zoom guidelines Running a workshop through Zoom might not be within every presenter’s comfort zone. Here are some guidelines to help with the process of using Zoom to create a (hopefully!) technologically smooth and interactive workshop experience. 8.7.1 Sharing your screen or a specific window By default, “Share Screen” permission is usually given only to the meeting host. However, you can assign sharing permissions to other participants. We recommend testing out the “Screen Sharing” options before participants enter the Zoom room. To share a specific window, click the Share Screen button located in your meeting controls, and select the Specific application window option that contains the presentation you will share to participants. To share your entire screen, click the Share Screen button located in your meeting controls, and select the Desktop option that is relevant to your workshop. For more information about how to share your screen, please consult this help page. 8.7.2 Privacy If you would like to hide your background while you are presenting the workshop, feel free to use a virtual background in Zoom. Please make sure the background is not distracting, does not obscure your face, and follows our code of conduct. 8.7.3 Moderating the Chat The workshop assistant should keep an eye on the Chat as much as possible. Prepare to answer participants’ questions and to check in with how the participants are feeling, such as periodically asking if people would like a short break, if they need more time for exercises, or if they would like more explanation. Please note you can choose to message Everyone or chat with a specific participant Privately. If a participant is having trouble with the workshop and needs additional help, the assistant can pull this participant (or several participants) into a Breakout Room to provide more thorough explanations and troubleshooting. See information about Breakout Rooms below. Please save the Zoom chat, if possible, and share it with the participants when you contact them after the workshop. 8.7.4 Non-verbal feedback You can also ask for nonverbal feedback from your audience through Reactions. This is a great way to check in with workshop participants and ask for a specific Reaction if things are unclear, or if they are finished with an exercise. There are additional feedback features in the Participants panel, including Raise Hand, yes, and no, among others. Feel free to use whichever feature you are most comfortable with, but please ensure that you explain how to access these features during the Welcome section of the workshop. 8.7.5 Polls Some of the workshop exercises are designed as simple polls. For remote workshops, these polls will be set up in Zoom. Please set up the polls before the workshop begins, to ensure the exercises run smoothly. Poll questions and answers are available in the presentations. You can review how to create and launch polls in Zoom here. 8.7.6 Breakout Rooms Some of the workshop exercises are designed to be done in groups. For remote workshops, these group exercises will take place in Breakout Rooms. Please note that by default, the meeting host is the only person who can assign participants to Breakout Rooms, and the first presenter to enter the room will be assigned as host. Please keep this in mind, and enter the room first (i.e. early!) if you are in charge of Breakout Rooms. 8.7.6.1 Creating Breakout Rooms You should see the option for Breakout Rooms on the lower right side of your Zoom toolbar. Click this button. You will see a pop-up window where you can assign participants to certain number of rooms, which you can set yourself. At the bottom of this window, there is an estimated number of participants per room, based on the number of rooms. Try to choose a number of rooms that results in 3 to 5 people per room. Keep the assignment process check-marked as “Automatically”, so Zoom arbitrarily assigns participants to Breakout Rooms. Once participants are assigned to Breakout Rooms, click the “Start All Sessions” button. 8.7.6.2 Communicating with participants in Breakout Rooms Please note that participants cannot access the Chat once they are in Breakout Rooms. If you have information to communicate, such as the exercise objectives or links, please do so before you open the Breakout Rooms. It is also a good idea to let people know how much time you are giving them for the exercise before they join their rooms. You can communicate with participants in the Breakout Rooms by broadcasting a message to all, which is a button within the Breakout Rooms panel that is available to the person who has created the rooms. Hosts and co-hosts can also join individual Breakout Rooms to check in on different groups, if you choose to do so (instructions here). 8.7.6.3 Closing Breakout Rooms Click the “Stop All Sessions” button in the Breakout Rooms panel that is available to the person who has created the rooms. For more information about setting up Breakout Rooms, refer yourself to this visual guide and to Zoom’s guide. 8.8 Contributing to these guidelines Do you have any suggestions on these guidelines? Please raise an issue and help us improve this material! "],["developing-en.html", "Section 9 Developing 9.1 Guidelines 9.2 Active learning 9.3 How to develop workshops 9.4 Other ways to contribute", " Section 9 Developing 9.1 Guidelines This guide is designed to aid developers during the creation and modification of workshop content. We want to ensure attendees can focus on the content being presented without being distracted by issues of style, grammar, punctuation and/or structure. Please read through this guide carefully before starting, and refer back to it regularly as you work. 9.1.1 Main priorities Here we have compiled a list of priorities for workshop developers. Ideally, all of these tasks would be accomplished in the alloted timeframe. However, if circumstances make this impossible, it is important to focus on structural changes before issues of style. Please note that these tasks are to be shared amongst developers for each workshop. A checklist version of this list has now been opened as an issue within the GitHub repository for each respective workshop. We suggest using these checklists as a way of tracking your progress while working and coordinating with your fellow developer, if applicable. It can also be used as a reference for reporting the work completed to the QCBS R Workshop Series coordinators, or requesting additional hours. General priorities: Address existing issues submitted to GitHub. In addition to the checklist of common tasks developers are responsible for, we have opened workshop-specific issues here that we hope can help inform developer workflow. For an example, see Workshop 1 issues. Ensure code is working correctly and that code matches workshop presentation. Continue to check this as you make changes. Ensure that French and English versions of a workshop are both updated and that the content is equivalent. Workshops should not contain spelling, grammar or punctuation errors. Ensure workshop slides are written in a consistent style, this helps with the flow of workshops and student understanding. This is especially important when working collaboratively with other developers. Whenever possible, include presenter notes to the slides you modify. You can write notes for yourself to read in the presenter mode (press the keyboard shortcut p). These notes are written under three question marks ???. See the example below: --- The content of this workshop is essential for your graduate life. ??? Note: _The presenter should sing this slide to the participants_. --- 9.1.2 Structural rules Do not allow the content of slides to overflow the screen. The code used to generate an outcome (figure or calculation) must correspond to the code being displayed. Use back ticks ` whenever you mention a function, an object or a package in your prose. Use three back ticks ``` to separate code chunks from prose. Pay attention to fluidity and distractions. Use all resources that can be help you provide a visually pleasing presentation, such as: Using tables whenever appropriate; Only including non-distorted, high-resolution images; Divide code and text across columns, if appropriate (see here for the book, and here for the presentation); Use incremental slides, as mentioned, when appropriate, as describe here. Do not modify the directory names; Do not add unnecessary files to the root directory: data go within the data directory; images go within the images directory; For specific instructions on special formatting, look into the book template and the presentation template. 9.1.3 Grammar and style Pay attention to punctuation, spelling, and grammar. Avoid unnecessary abbreviations (e.g. use do not instead of don’t). Strive to be clear and concise. Avoid run-on sentences. Read over the workshop in its entirety to ensure there is good flow. Do not hesitate to ask your developing peer to review your writing. 9.2 Active learning Workshops should go beyond a lecture-based perspective and should include activities that promote active learning amongst participants. Below, we provide a few examples of exercises elaborated from evidence-based learning modes and effective strategies to deliver remote workshops to participants. We recommend that you take your time and plan well when elaborating exercises. Keep the exercise goals aligned with the objectives of the workshop. Remember that everything written below ??? are notes for the presenter and thus will not appear in the presentation slide, but will appear within the presentation window. 9.2.1 Simple polls See below a couple of examples of two slides containing an exercise followed by their solutions. Example 1 Context: Workshop participants have just learned which functions to use to perform comparisons between dependent and independent groups, and have also been introduced to the one- and two-tailed hypothesis testing. Goal: Evaluate participant knowledge and make them more confident when selecting the appropriate two-samples test in their research. Elaborated by: Pedro Henrique P. Braga --- We are interested assessing whether we find more acromantulas in forested and shaded areas in relation to open areas. We went to the field and counted the number of individuals (variable: `abundance`) in ten randomly distributed forested and open landscapes (variable: `type_of_area`). Which of the following functions would be appropriate to test our hypothesis? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided")`; 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided")`; ??? Note: During this moment, a poll should be opened to participants. Once you obtain the response from participants, show them the correct answer. You may request that one of the participants to explain their answer. --- We are interested assessing whether we find more acromantulas in forested and shaded areas in relation to open areas. We went to the field and counted the number of individuals (variable: `abundance`) in ten randomly distributed forested and open landscapes (variable: `type_of_area`). Which of the following functions would be appropriate to test our hypothesis? 1. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "two.sided")`; 2. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, paired = TRUE, alternative = "two.sided")`; 3. `t.test(type_of_area, abundance, data = acromantula_experiment, alternative = "one.sided") #<<`; ??? Note: You should clarify to the participants the distinction between two-sided and one-sided hypothesis testing (in the context of the problem). In addition to that, you should also recall the differences between dependent and independent measures (related to the `paired` argument). --- Example 2 Context: Participants have been introduced to generalized linear models, and have just learned about the Poisson distribution, about its assumptions that variance is equal to the mean, and how overdispersion in their data can be an issue when fitting these models. They have been introduced to the quasi-Poisson family and to the possibility of applying an overdispersion correction for binary data with the quasibinomial family object. Goal: Assess the participant’s ability to apply the concept of overdispersion correction to different types of data, to help them better understand the relationship between the family objects and the link functions, and to reinforce the idea that models can be updated without having to create new ones. Elaborated by: Esteban Góngora --- We now realized that the proportion example for infected deer may have issues with overdispersion (variance increases much faster than the mean). Which of the following functions would be an appropriate update to account for overdispersion in our proportion data? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = “logit”), weights = n.total)`; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasibinomial, weights = n.total)`; 3.`prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = “logit”))`; ??? Note: During this moment, a poll should be opened to participants. Once you obtain the response from participants, show them the correct answer. You may request that one of the participants to explain their answer. --- We now realized that the proportion example for infected deer may have issues with overdispersion (variance increases much faster than the mean). Which of the following functions would be an appropriate update to account for overdispersion in our proportion data? 1. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasipoisson(link = “logit”), weights = n.total)`; 2. `prop.reg.quasi <- glm(prop.infected ~ res.avail, family = quasibinomial, weights = n.total)`; 3. `prop.reg.quasi <- update(prop.reg2, family=quasibinomial(link = “logit”)) #<<`; ??? Note: You can now explain to the participants that we can obtain the corrected model with options 2 and 3. However, option 3 is the correct choice as you had requested the participants to update the `prop.reg2` model. You can also remind the participants that each distribution has a default link function so using `family = quasibinomial` and `family=quasibinomial(link = “logit”)` will produce the same outcome as `logit` is the default link function for the quasibinomial distribution. --- 9.2.2 Group exercise Working in small groups leverages the strengths of the individual group members and improves the success of the collective setting. This exercise requires participants to be randomly assigned to breakout rooms (ideally, 5 participants per breakout room) and should include an activity referring to a point of discussion. At the end of this exercise, the workshop is reconvened and one of the participants from each breakout room should report and summarise the discussion. This activity should last around 10 minute (sometimes less if very simple) and it should use information that has been provided to the students during the workshop. See below two examples of slides containing an exercise followed by its solution: Example 1 Context: This exercise should be provided to set the ground for discussions during a data visualization workshop. It does not require a strong knowledge background in data visualization from participants. Goal: Foster participants critical thinking on data visualization. Elaborated by: Pedro Henrique P. Braga --- Group discussion: Below there are three charts compiled from a visualization book (reference shown in the next slide). Open and observe the charts and discuss with your group to respond the following questions: (a) What problems do you see in each one of the charts? (b) What are the consequences of these problems you have identified? (c) What would you change in each one of them to improve their information? ### Add these images side by side. ![](https://socviz.co/assets/ch-01-chartjunk-life-expectancy.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-holmes-monstrous-only.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-excel-3d-column-chart-values.png) ??? Note: Clearly read the exercise to the participants and show them the figures. Tell them that they should summarise their answers and then one person should report back to the discussion when the class is convened. You may allow 5 to 8 minutes for the discussion in the breakout rooms (depending on group size) as this is is a very simple example. --- Group discussion: Below there are three charts compiled from a (visualization book)[https://socviz.co/lookatdata.html]. Open and observe the charts and discuss with your group to respond the following questions: (a) What problems do you see in each one of the charts? (b) What are the consequences of these problems you have identified? (c) What would you change in each one of them to improve their information? ### Show images side-by-side ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-nyt-version.png) ![](https://socviz.co/assets/ch-01-democracy-voeten-version-2.png) ??? Note: The figures in question are not only a matter of bad taste, but have issues related to the way they convey information. In this example, the issue is not due to a difference in how the y-axis is drawn. Rather, a different measure is being shown: we are now looking at the trend in the average score, rather than the trend for the highest possible answer. --- Example 2 Context: Participants have just been introduced to multivariate analyses, and have just seen the summary table showing the main characteristics of unconstrained ordinations. Goal: Allow participants to critically apply the presented information in this workshop by determining which type of study/data would best fit the different types of ordinations. Elaborated by: Esteban Góngora --- Group discussion: Each group will be randomly assigned a type of ordination. You will discuss among your group which possible types of datasets would best fit the type of ordination you were assigned. Each group will present a concrete example of an project/study/experiment that would be used with their ordination method. ### Include the summary table for reference. ![](http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-en/workshop09-pres-en.html#139) ??? Note: Clearly read the exercise to the participants and assign each breakout room a type of ordination. Tell them that they should use the characteristics from the summary table to come up with the response and then one person should report back to the discussion when the class is convened by presenting the chosen example and briefly mention the reason why they chose it. You may allow 5 to 8 minutes for the discussion in the breakout rooms (depending on group size). While the participants are discussing in their breakout rooms, think of possible examples you could give the participants in case the discussion doesn't flow as expected (remember this is the end of the workshop so people might already be tired). --- Group discussion: Each group will be randomly assigned a type of ordination. You will discuss among your group which possible types of datasets would best fit the type of ordination you were assigned. Each group will present a concrete example of an project/study/experiment that would be used with their ordination method. ### Include the summary table for reference. ![](http://r.qcbs.ca/workshop09/pres-en/workshop09-pres-en.html#139) ??? Note: Mention a few examples or use the exercises presented during the workshop to wrap up the discussion. --- 9.2.3 Individual exercise Simple individual exercises require participants to practice a bit on their own. Depending on how difficult the exercises may be, consider allocating between 5 and 10 minutes for their execution. While these exercises help participants assimilate the content, some attendees may be less driven to practice and execute them (in contrary to the group exercises). Because of this, consider include other types of exercises in addition to these ones. At the end of these exercises, the presenter should give the opportunity for one or a few participants to present and discuss their responses. Below, we can see an example for an independent exercise and its solution: Context: Participants have just been introduced to the distribution families, link functions and they have seen examples of how the glm() and manyglm() function work. Goal: Encourage participants to always observe diagnostic plots when choosing between models. Elaborated by: Pedro Henrique P. Braga --- Use `manyglm()` to estimate the responses of mite community composition to all environmental variables associated with the `mite` dataset. Which error families (gaussian, poisson or negative binomial) best fit the data? Do not forget to load the `vegan` and `mvabund` libraries, and use `data(mite)` and `data(mite.env)` to load the datasets. Tip: Remember what we have discussed about model assumptions! ??? Note: The objective of this exercise is to allow participants to independently write the models, to assign the appropriate arguments related to the distribution families and to realize they should plot the residuals against fitted values to decide on the best model. The instructor can remind participants about what both datasets include. The instructor or the assistant may help participants realize which arguments they can use by suggesting them to use the help `?` function. At the end of this exercise, invite participants to share their response and ask them how they have obtained it. --- Use `manyglm()` to estimate the responses of mite community composition to all environmental variables associated with the `mite` dataset. Which error families (gaussian, poisson or negative binomial) best fit the data? Solution: ### To be displayed inside a chunk code block: mitedat <- mvabund(mite) mite.gaussian.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrate + Shrub + Topo, data = mite.env, family='gaussian') mite.poisson.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrate + Shrub + Topo, data = mite.env, family='poisson') mite.nb.glm <- manyglm(mitedat ~ SubsDens + WatrCont + Substrate + Shrub + Topo, data = mite.env, family='negative.binomial') # Display diagnostic plots side-by-side: par(mfrow=c(1,3)) plot(mite.gaussian.glm) plot(mite.poisson.glm) plot(mite.nb.glm) ### End of code chunk ??? Note: Clearly show which arguments changed between the functions and what do they imply. Speak with the participants about how assumptions of distribution of residuals and predicted values still have to be met for the models to be considered valid. --- 9.3 How to develop workshops This section guides you through the process of contributing edits to QCBS R workshop presentations. 9.3.1 Getting started The QCBS R Workshops presentations are written in RMarkdown using a template built on xaringan. The first step is to install the R package xaringan. if (!require(devtools)) install.packages("devtools") devtools::install_github("yihui/xaringan") Secondly, you need to create a local copy of the repository for the workshop you will be working on, found here. To do so, you can clone the GitHub repository on your computer. You can use the command line to do this (more details here): git clone https://github.com/QCBSRworkshops/workshop01.git # change this link depending on the workshop you're working on! If you are not comfortable with the command line, you can clone this repository using GitHub Desktop, following instructions here. Once you have cloned the repository, you are ready to begin developing! 9.3.2 GitHub workflow GitHub creates repositories with a single default branch, named dev (if you work in the command line) or main (if you work in GitHub Desktop). This is the branch you see when you visit the repository. We strongly recommend working on a new branch, which allows you to develop the workshops without affecting the main branch in the repository. Working on a separate branch means that changes are only implemented in the original content once your contributions are reviewed. This is a “safer” way to develop the workshops, particularly when multiple people are collaborating on a workshop at the same time. Create and publish a new branch. Choose a name that is explicit about what you are adding, e.g. workshop1_intro if you are working on the introduction of workshop 1. On the command line: git branch workshop1_intro # creates a new branch Github Desktop (instructions here). Switch to this branch. Make sure you are working on your new branch! On the command line: git checkout workshop1_intro # switches to this branch # Note that you can create and switch branch in a single line: git checkout -b workshop1_intro GitHub Desktop (instructions here). Make your changes, following the Guidelines listed above. Add and commit your changes. Once you are finished making changes on your branch, add and commit them to record these changes. When you commit changes, it is essential to include a commit message that briefly summarizes what you’ve done. Keep it brief but informative! On the command line: git add -A # add all your changes git commit -m "fix code for plot in Challenge 1" # commit your changes with a message You can also use GitHub Desktop to add changes (instructions here) and commit them (instructions here). Sync your main branch with the remote repository. It’s important to make sure your main branch is up to date before changing it. Go to back to the main branch and pull changes that were made since you last copied the repository. Pull the dev on the command line: git checkout dev # switch back to the main branch pull git # pull changes Pull the master branch on GitHub Desktop (instructions here). Merge your branch with the main branch locally. Switch back to your branch (e.g. workshop1_intro) and merge it with your local main branch. If there are conflicts, please resolve them! You can merge your branch with the dev branch using the command line: git checkout workshop1_intro # switch back to your branch git merge dev # merge the main branch with your branch Merge your branch with the master branch in GitHub Desktop (instructions here). Push your locally merged branch to the remote GitHub repository. On the command line, you can push your locally merged branch (e.g. workshop1_intro) to the remote repository like this: git push --set-upstream origin workshop1_intro # push to the remote! Push your branch (e.g. workshop1_intro) to the remote repository in GitHub Desktop (see step #4)). Open a Pull Request. Pull requests are a way to let your collaborators know about changes that you have pushed to a branch in the Github repository. Once you have opened a pull request, we can review potential changes and add follow-up commits (if needed) before your changes are merged into the main branch. To open a pull request for your branch (e.g. workshop1_intro), please follow these instructions. Assign your pull request to a reviewer (one of the R workshop coordinators). The reviewer will then review, squash, and merge your changes. Once the pull request is merged, do not forget to pull the main branch! A visual guide to the GitHub Workflow is also available here. 9.4 Other ways to contribute If you are not comfortable with GitHub, you can still help us improve the workshops! If you notice any mistakes or inconsistencies, or if you would like to make a suggestion, either in form or in content, you are invited to open an issue. You can follow these simple steps to create a new issue. "],["advanced-developing-en.html", "Section 10 Advanced Developing 10.1 Changing the templates 10.2 Managing the continuous integration workflow 10.3 The qcbsRworkshops package", " Section 10 Advanced Developing This portion of the guide is dedicated towards documenting the advanced development and maintenance of the structure and workflow of the workshops. Any prospective changes here are considered highly relevant and must be carefully verified by the coordinators or other authorized developers. Additionally, any significant changes to the structure of the workshop presentations, books or workflows should be carefully and documented here. This section is under development 10.1 Changing the templates 10.1.1 Changing the presentation template The format and styling of all workshop presentations is set using a template. If you need to change the format or styling of a presentation you are developing, please do not edit the .css within the workshop repository. To make any changes to the template, you can submit an issue here, or submit a pull request with your proposed changes here. Please note that any changes pushed to this repository will trigger the Github Actions of all other workshop repositories to be re-run. This section is under development 10.1.2 Changing the book template The format and styling of all books is set using a template. If you need to change the format or styling of a book you are developing, please do not edit the .css within the workshop repository. To make any changes to the template, you can submit an issue here, or submit a pull request with your proposed changes here. Please note that any changes pushed to this repository will trigger the Github Actions of all other workshop repositories to be re-run. This section is under development 10.2 Managing the continuous integration workflow The current deployment of the workshop material follows a continuous integration (CI) workflow. This workflow automatically tests and builds the code that workshop developers push to the repositories. On January 2021, the implementation shifted from Travis CI towards Github Actions. The steps described below are contained to the currently workflows. Supplementary documentation from Github and other actions from the Github Marketplace may be helpful. 10.2.1 Github Action workflow structure In a nutshell, inside each repository there is a .github/workflows/ directory that holds YAML files that contain workflow (recipes) that tells Github Actions when and what to execute a list of steps. Within the workshop repositories, there are five workflows: Four workflows will detect pushes to the directories within the master branch and conditionally render presentations (deploy_presentation-en.yml and deploy_presentation-fr.yml) and/or books (deploy_book-en.yml and deploy_book-fr.yml), and deploy them to the gh-pages branch, allowing them to be accessible as HTML websites; and, An additional workflow (in-dispatch-out.yml) will detect changes done to the templates within the template repository (qcbsRWorkshops/templateWorkshops), and conditionally trigger the other workflows. 10.2.2 Workflow description 10.2.2.1 Render and deployment workflows Render and deployment workflow are specific to the language (English or French) and the type of document (presentation or book) and are conditionally triggered when changes are committed and pushed to their specific directories ([presentation-or-book]-[en-or-fr]/) or when changes committed and pushed to the template repository (qcbsRWorkshops/templateWorkshops) trigger type-specific repository dispatches. 10.2.2.1.1 Workshops workflows This section is under development Workshop workflows work as follows: Include workflow 10.2.2.1.2 Templates workflows Include workflow 10.2.2.1.3 Presenter and developer protocol workflows Include workflow 10.2.2.2 Dispatch workflows This section is under development 10.2.2.2.1 Template repository dispatch This section is under development 10.2.2.2.2 Workshop repository dispatch This section is under development The render and deployment workflows work Below, we will show how to create actions to deploy books built using bookdown (such as this one and the one for the upcoming workshop material) and to deploy presentations built using rmarkdown. 10.2.3 Create a gh-pages branch We begin by creating and preparing a gh-pages branch inside a repository that is already created. Run the line below to create and checkout the gh-pages branch: git checkout --orphan gh-pages Then, remove all files within the gh-pages branch: git rm -rf . And create an empty commit inside the gh-pages branch: git commit --allow-empty -m "Initial gh-pages commit" Then, push changes and get back to the main or master branch: git push origin gh-pages git checkout master 10.2.4 Action to deploy a book 10.2.4.1 Prepare book with bookdown and connect to Github Prior to creating this action, it is assumed that R and RStudio have been installed and area working, and that: The R package bookdown is installed and working; if (!requireNamespace("devtools")) install.packages('devtools') devtools::install_github('rstudio/bookdown') A bookdown RStudio project has been rendered (bookdown::serve_book()) to a local directory of your liking. You can use the code below to do it using the prompt. Remember to replace the fields <> with the relevant information (<> inclusive). # Make new project directory mkdir <nameofyourdirectory> cd <nameofyourdirectory> A .gitignore file has been created within the root directory of the local directory and the repository with these basic settings: # do not commit locally rendered files to the master or main branch _book/ _bookdown_files/ libs/ **/*.bib **/*.html # ignore all html files except: !**/mathjax_header.html # ignore R and RStudio specific files .Rproj.user .Rhistory .RData .Ruserdata A repository is added to Github and a commit is pushed to the main or master branch, as below: # Connect to Github repository git remote add git@github.com:<username>/<repository-name>.git # Replace your GitHub user name within <username> and the intended repository name within <repository-name>. # Push to master (or to main; change if needed) git push origin master 10.2.4.2 Setting up the Github Action YAML Now, you can set the Github workflow YAML file named deploy_bookdown.yml within the repository’s .github/workflows/ directory. The current setting should follow as below: on: push: branches: - master name: renderbook jobs: bookdown: name: Render-Book runs-on: ubuntu-latest steps: - name: Checkout repository uses: actions/checkout@v1 - name: Setup R uses: r-lib/actions/setup-r@v1 - name: Install pandoc and pandoc citeproc uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v1 - name: Install R dependencies run: Rscript -e 'install.packages(c("rmarkdown","bookdown", "formatR"))' - name: Render the book using bookdown run: Rscript -e 'bookdown::render_book("index.Rmd")' - uses: actions/upload-artifact@v1 with: name: _book path: _book/ # Need to first create an empty gh-pages branch # see https://pkgdown.r-lib.org/reference/deploy_site_github.html # and also add secrets for a GH_PAT and EMAIL to the repository # gh-action from Cecilapp/GitHub-Pages-deploy checkout-and-deploy: runs-on: ubuntu-latest needs: bookdown steps: - name: Checkout to master uses: actions/checkout@master - name: Download artifact uses: actions/download-artifact@v1.0.0 with: # Artifact name name: _book # optional # Destination path path: _book # optional - name: Deploy to GitHub Pages uses: Cecilapp/GitHub-Pages-deploy@3.0.0 env: GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} with: email: ${{ secrets.EMAIL }} build_dir: _book # "_site/" by default Note that the GITHUB_TOKEN and EMAIL are Secrets that have already been set within this repository’s settings. Changing these settings might prevent the commit from being deployed. The final step should be to push this repository and expect that the verification works! If anything goes wrong, contact the organizers of the workshop series with a clear message indicating the issue you are having! 10.3 The qcbsRworkshops package The package qcbsRworkshops was originally designed as a set of functions to check whether the workshops can be correctly built on Travis CI. While working on thi s package,it turned out to be quite helpful to develop/improve the workshops. The main features of qcbsRworkshops are detailed below. 10.3.0.1 Installation To install qcbsRworkshops, use the remotes (dependency of devtools). install.packages(remotes) remotes::install_github("QCBSRworkshops/qcbsRworkshops") Note that by installing qcbsRworkshops a set of packages will be installed, including xaringan. Once installed, load it just as you would do for any package. library(qcbsRworkshops) Note that, as any other R package, the functions of the package qcbsRworkshops are documented. Therefore, if you ever need more details about a specific function, just use the question mark, e.g. ?download_workshops. 10.3.0.2 Download a workshop Once the package loaded, you can quickly download a package with download_workshops(), you simply need to use the identifier (id) of the desired workshop (1 for the first workshop, 2 for the second and so forth). download_workshops(id = 1) This actually downloads a zip file from GitHub that includes the sources files of the workshop, so the English and the French version of the workshop. By default, the files will be extracted in the working directory. This can be changed by setting path to the desired path. Note that download_workshops() also supports vectors of identifiers, for instance, the following code will download all workshops : download_workshops(id = 1:10) 10.3.0.3 Build a workshop By default, build_workshops() looks for R Markdown source files in a given path (argument path, set to the current working directory by default) and build the corresponding xaringan presentation(s) (i.e. the HTML slides). For instance, once I have downloaded the first, I can directly build the English and the French HTML presentations like so: download_workshops(id = 1) build_workshops() # or build_workshops(path = ".") # equivalent as this is the default value of path Importantly enough, build_workshops() will download all the packages required for the workshop. To build only one version of the workshop, lang needs to be set to either “en” or “fr”. # build English version only build_workshops(lang = "en") # build French version only build_workshops(lang = "fr") This function also has several important feature. First, it can build the pdf version (this required the installation of Chromium or Google Chrome it not already installed): # this builds both version of the workshop in HTML and pdf build_workshops(pdf = TRUE) Second, it can extract the R code from the Markdown source file. # build both version of the workshop in HTML and pdf + extract the R code build_workshops(pdf = TRUE, script = TRUE) Third, it can update the CSS template # update CSS template + build both versions in HTML and pdf + extract the code and build_workshops(pdf = TRUE, script = TRUE, update_template = TRUE) Finally, it can call download_workshops() to download the package: # download workshop #1 + update CSS template + build both versions in HTML and pdf + extract the code and update template build_workshops(id =1, download = TRUE, pdf = TRUE, script = TRUE, update_template = TRUE) 10.3.0.4 Presenter email mail_workshop() writes the email to be sent two weeks before the workshop, for instance: # Mail for workshop #7 mail_workshop(7, pres_name = "Kevin Cazelles", lang = "both", details_fr = "à l'UdeM, salle A-2553, campus MIL, le vendredi 28 Février 2020 de 13h à 17h", details_en = "at the UdeM, MIL campus, room A-2553, on Friday February 28th 2020, 1pm-5pm" ) will create a HTML version of the email that will pop up in your web browser that you can copy and paste. 10.3.0.5 Functions for workshop developers The main function is obviously build_workshops() as it builds the workshop (see above). That being said, there are other functions worth mentioning. First it is often useful to clean up the (e.g., clean the cache), this is possible with clean_workshops(), for instance assuming workshop 1 was built in my current working directory, the cache can be cleaned like so: clean_workshops(files = FALSE, cache = TRUE) Second, it is possible to update the CSS template without rendering any presentation using update_template(). Similarly, it is possible to extract the R code without rendering a presentation using extract_Rcode_workshop(). Third, the first two slides (after the title slide) have now been standardized: it includes various hyperlinks (GitHub repository, wiki, PDF version, R script), and the list of package required (see for instance https://qcbsrworkshops.github.io/workshop01/workshop01-en/workshop01-en.html#2). Those two slides can be generated using first_slides(): # the generate the first slides for the workshop 2 and copy the text to the clipboard first_slides(2, c("dplyr", "tidyr"), clip = TRUE) Last, the Travis file used for the deployment (see below) can be added with use_travis(). 10.3.0.6 Deployment Currently, we are using Travis CI to check that the package built seamlessly and also to deploy the presentations (English and French in HTML and PDF with the R code). We create all the files needed with the following line (see our Travis file with use_travis()): script: - Rscript -e "qcbsRworkshops::build_workshops(update_template = TRUE, pdf = TRUE, script = TRUE)" and they are all stored in the folder public before_deploy: - mkdir public - cp README.md public - cp -r workshop* public/ which is the one that will be used by Travis that will create a commit and push on the branch master of the repository that GitHub Pages turn into a website. deploy: provider: pages token: $GH_TOKEN strategy: git skip_cleanup: true keep_history: false target_branch: master local_dir: public on: branch: dev 10.3.0.7 Contributing to the package The qcbsRworkshops R package is released with a Contributor Code of Coduct. By contributing to this project, you agree to abide by its terms. Do not hesitate to report issues (could be a feature request, a bug, a typo, …) and create pull request, but before doing so, first check the contributing guidelines. "],["payment-en.html", "Section 11 Receiving your award 11.1 McGill Graduate Students 11.2 Non-McGill Graduate Students and Postdoctoral Fellows 11.3 Tax implications", " Section 11 Receiving your award Workshop presenters and developers receive a Learning and Development Award from the Québec Centre for Biodiversity Science (QCBS) [excluding McGill Postdoctoral Fellows, see below]. The way your award is processed depends on your institution and on your affiliation status: McGill Graduate Students: Your award will be processed in the form of a stipend payment. Please follow the instructions below that are specific to McGill students. Non-McGill Graduate Students and Non-McGill Postdoctoral Fellows: Your award will be processed and paid as an independent contract. Please follow the instructions below that are specific to non-McGill student and non-McGill postdoctoral members. (NEW: Because Non-McGill contributors are subject to federal and provincial taxes on the awards they receive, a 27.53% surplus will be added to their lump-sum to compensate for the taxes they pay.) McGill Postdoctoral Fellows: Unfortunately, due to institutional contractual limitations, McGill Postdoctoral Fellows are no longer eligible to receive Learning and Development Awards from the QCBS as of March 2021. Exceptions exist if your contract with your supervisor(s) allows for it, but this is rare. Due to this change, McGill Postdoctoral Fellows can only contribute to the series on a voluntary basis. 11.1 McGill Graduate Students You must follow these steps to receive your award payment: First, complete the presenter payment sheet and/or the developer payment sheet by filling in the requested information. Report each workshop on a separate line if you contributed to multiple workshops. For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $180 per workshop instructed. Second, fill out a QCBS invoice. You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 180 per workshop”; “Total: $ 360”). If you presented and/or developed multiple workshops, list them on separate lines within a single invoice form. The “Invoice #” will depend on how many previous invoices you have submitted. E.g. If this is your first time submitting an invoice to QCBS/McGill, the invoice number is 01. If this is your fifth time submitting an invoice, then the invoice number is 05. It is very important that every invoice you submit has a unique invoice number, otherwise your payment could experience major delays. You do not need to write anything next to “P.O.” (which stands for Purchase Order). Save your invoice as “YOURLASTNAME_RWorkshop_Invoice.docx”. Third, send the invoice to csbq.qcbs.r@gmail.com (QCBS R Workshop Series Coordinators). Include your student number within the body of the email. You can use the following message as a model: Message subject: Learning and Development Award - QCBS R Workshop Series Hi, QCBS Coordinators, You will find attached to this message my invoice for the workshop(s) that I instructed/developed as part of the QCBS R Workshop Series this semester. Here is my McGill Student Number: INSERT STUDENT NUMBER. I certify that the information attached to this message is true and correct to the best of my knowledge. With kind regards, INSERT YOUR NAME Fourth, QCBS and/or McGill administrative associates will message you with a Student Stipend Payment Authorization Form which you need to sign. Once you have sent your signed form, your documents will be reviewed and signed by QCBS administrators and then your invoice will be sent to McGill Student Affairs with you CC’d. You should see your payment within 1 to 2 days after McGill has finished processing the award request. If you do not receive your payment within a few days, please contact us again so that she can help you receive your payment. 11.2 Non-McGill Graduate Students and Postdoctoral Fellows You must follow these steps to receive your award payment: First, complete the presenter payment sheet and/or the developer payment sheet by filling in the requested information. Report each workshop on a separate line (if you contributed to multiple workshops). Effective for contributions made on and after August 1st, 2021: Non-McGill contributors will have a surplus added to their award to compensate for provincial and federal taxes they must pay to when filling taxes. See the Section Tax Implications for more. For presenters: You can refer to the compensation standards section within this protocol to know the budget allocated to your workshop. Remember that each presenter receives a maximum award of $180 per workshop instructed. Second, register as a Payee by completing and signing this form. You only need to do this once, if you have previously registered as a Payee then you can move on to Step 3. Save this file as “YOURLASTNAME_PayeeForm.pdf”. Note: you are considered as a “Payee” for the purposes of the development and instruction of a workshop belonging to the QCBS R Workshop Series. If you need more infromation on the determination of employee versus self-employed or independent contractor, go to here. Third, fill out a QCBS invoice. You must write your name, e-mail, phone number, complete address (including postal code, city and province), total balance and description of your work (e.g., “Description: Lead presenter of workshops 1 and 2”; “Unit Cost: $ 180 per workshop”; “Total: $ 360”). If you presented and/or developed multiple workshops, list on them on separate lines within a single invoice form. The “Invoice #” will depend on how many previous invoices you have submitted. For example, if this is your first time submitting an invoice to QCBS/McGill, the invoice number is 01. If this is your fifth time submitting an invoice, then the invoice number is 05. It is very important that every invoice you submit has a unique invoice number, otherwise your payment could experience major delays. You do not need to write anything next to “P.O.” (which stands for Purchase Order). Save your invoice as “YOURLASTNAME_RWorkshop_Invoice.docx”. Fourth, send the invoice to csbq.qcbs.r@gmail.com (which is managed by the R Workshop Series coordinators). Indicate within your message whether you have already been registered as an employee or a self-employed, independent contractor for the McGill University (i.e. if you are already a Payee or not). If your address has changed since you first registered as a Payee, please mention that within your message. You can use the following message model for your message: Message subject: Learning and Development Award - QCBS R Workshop Series Hello QCBS R Workshop Series Coordinators, You will find attached to this message my payee form and the invoice for the workshop(s) that I instructed/developed as part of the QCBS R Workshop Series this semester. I am NOT a McGill student. I HAVE NOT or I HAVE BEEN previously registered as an employee or a self-employed, independent contractor for the McGill University. OPTIONAL: Please note that my address has changed since I was first registered as a Payee, my current address is: INSERT ADDRESS I certify that the information attached to this message is true and correct to the best of my knowledge. With kind regards, YOUR NAME Fifth, after a few weeks McGill University’s Procurement Services will send the QCBS administrative personnel an e-mail containing a purchase order, with you in CC. The QCBS administrative personnel will fill in this purchase order for you, and submit it to Accounts Payable (accountspayable@mcgill.ca) at McGill University. Sixth, export the invoice to PDF, and send it to accountspayable@mcgill.ca. You should receive a cheque to the address you included within your invoice. If you do not receive your payment within the institutional period determined by McGill Procurement Services Terms and Conditions (currently, 45 net days after receiving your message from Accounts Payable), please contact us stating that your payment has been delayed beyond reasonable time. 11.3 Tax implications Stipends and independent contracts are not employee wages and the payer is not responsible for any income tax or employment related deductions. McGill students receiving stipends should receive a T4A tax slip from McGill indicating the award income to be reported for the period. Non-McGill students and non-McGill postdoctoral fellows are paid as independent contractors and will not receive a tax slip from McGill. The lump-sum that non-McGill contributors receive usually qualifies as self-employement income. It is your responsibility to understand your legal and tax obligations. You must submit an annual tax return that reports your net income using the governmental standard format and keep records of your invoices for the prescribed time determined by the government (currently, seven years). Failure to adequately report your taxes is a punishable offence. "],["faq-en.html", "Section 12 Frequently Asked Questions (FAQ)", " Section 12 Frequently Asked Questions (FAQ) Award eligibility and contributing to the series Am I eligible to receive a Learning and Development Award (LeaDA)? To receive a Learning and Development Award (LeaDA), you must be an active QCBS member (i.e. at least one of your supervisors must be a member of the QCBS) AND must NOT be a postdoctoral fellow from McGill University. I am a postdoctoral fellow from McGill University. Why am I ineligible for a Learning and Development Award (LeaDA)? Unfortunately, because of institutional and contractual limitations, the QCBS is being prevented from offering awards to McGill postdoctoral fellows. In rare circumstances, McGill postdoctoral fellows might have contractual freedom with their principal investigators to receive such awards. We recommend that you contact your principal investigator to discuss this, and then contact the coordinators of the R Workshop Series and Philippe Auzel to discuss these exceptions. I would like to contribute by developing a workshop. How can I do it? Thank you for your interest in contributing to the workshop series! We regularly send messages and make Facebook and Twitter posts inviting developers to think critically and apply improvements to the workshop. To make sure we will keep you on the loop, you can begin by filling this questionnaire about which workshops(s) you would like to contribute. All invited contributors to the series are eligible to receive a Learning and Development Award! How can I contribute by instructing a workshop? Workshops are currently instructed during the Fall and during the Winter. We regurlaly send messages and make Facebook and Twitter posts inviting QCBS members to instruct one or more workshops for the R Workshop Series. If you are an active member of the QCBS, you will receive a message around September and October for the Fall workshops, and around December and January for the Winter workshops. Stay tuned! All instructors for the QCBS R Workshop Series are eligible to receive a Learning and Development Award from the QCBS. I am not proficient in R, RMarkdown, and/or Github. Can I still help? It is not mandatory to be proficient in R, RMarkdown, and/or Github in order to contribute to the development or instruction of the workshops. The Learning and Development Awards (LeaDAs) are aimed to provide training and learning opportunities for QCBS members which means that contributing to the workshops can be an opportunity for members to learn and improve their R, RMarkdown, and/or Github skills. However, we do reccomend that members interested in contributing to the series should have attended the workshops they wish to contribute to as participants so that they are at least familiar with the topic of the workshop. Pre-Workshop Questions What do I need to prepare for the workshop? You must take your time to carefully read and apply the guidelines within the Preparation section. Those instructions have been carefully developed with the evidence, recommendations and experience from coordinators, presenters and participants across several years, and concisely written for you, so your experience and the experience of participants can go in the best way as possible. If you have any questions or recommendations, please contact the coordinators. When instructing workshops, do we have to stick to the workshop material? Yes and no. You may replace the workshop material (presentation and book) that we provide for you by an independent option. Additionally, if time allows, feel free to recommend and use additional tools and information. If you believe that the workshops could be improved and benefit from any additional material, please create an issue in their corresponding Github repositories! I have never instructed an online workshop. Where should I begin? Besides the general presenter preparation guidelines available in the Preparation section, we have provided additional detailed guidelines for remote workshops here. There is Can I invite my friend or my colleague to participate in a workshop? Yes, but they must be officially registered to the workshop. Even if last minute, ask them to register to the workshop before providing them with the information to join the workshop venue. I am instructing a workshop. How do I get in touch with the participants? Two weeks before the workshop, we will provide you with the code you will need in order to obtain the list of participants. You can then contact them using the standardized messages we have prepared in the presenter protocol (see the Preparation section). Workshop Questions I feel that someone is being disrespectful to me or to the other participants. What should I do? We do not tolerate behaviour that is disrespectful or that excludes, intimidates, or causes discomfort to others. Workshop participants violating these rules may be sanctioned or expelled from the workshop without a refund at our discretion. If you are being harassed, notice that someone else is being harassed, or have any other concerns, please contact one of the workshop organizers immediately. I have seen bugs and errors when preparing or when presenting a workshop. What happened? The QCBS R Workshop Series is constantly being improved by members of the QCBS as learning and developing opportunities. While we attempt to provide workshop materials that allow for the best learning and teaching experience for materials, it is possible that bugs and errors were overseen during the yearly development. We appreciate all the feedback instructors and participants provide and we use it to continue improving the workshops every year. How can I report bugs and errors in the workshop materials? We ask all presenters to fill out the presenter feedback form for the workshop they just instructed where you can let us know about any improvements that should be made for next year’s workshop. Additionally, if you have more specific feedback about the presentation slides or the book content such as mistakes or inconsistencies, or if you would like to make any other suggestions about the workshop form or content, you are invited to open an issue on the GitHub repository for the workshop in question. If you do not have a GitHub account, or are not comfortable with GitHub, please contact the workshop coordinators directly with your feedback. Payment Questions What is the Learning and Development Award (LeaDA)? The Learning Development Award (LeaDA) is available to graduates student and post-doctoral QCBS members, who propose substantial contributions towards the training and learning experience of graduate students and faculty beyond established academic courses within the QCBS network. The QCBS offers Learning and Development Awards to support graduates student and post-doctoral QCBS members who instruct or develop workshops. How much is the award I am going to receive? In September 2021, the Learning and Development Award amounts to $150 for each contribution from instructors or developers of the R Workshop Series. Because Non-McGill contributors are subject to federal and provincial taxes on the awards they receive, a 27.53% surplus will be added to this amount to compensate for the taxes they pay. How can I receive my award? LeaDA are processed according to several steps outlined in the Receiving your award section of this protocol. Please ensure that you have completed all the steps required for your institution and affiliation status. If you do not receive any notification that your payment is being processed within a maximum of 45 days, please contact Dr. Helen Elina (helen.elina@mcgill.ca), the Administrative Associate of the QCBS, to follow up on your award request. I instructed or developed a workshop, submitted my payment request, but have not been paid yet. What should I do? LeaDA are processed according to several steps outlined in Receiving your award. Please note that the LeaDA are processed differently according to institution and affiliation status. First, please ensure that you have completed all the steps required for your institution and affiliation status. If you have followed these steps and are experiencing delays beyond the maximum timeframe for your institution and affiliation status, please contact Dr. Helen Elina (helen.elina@mcgill.ca), who is the Administrative Associate of the QCBS, so she can help you receive your payment. What are my tax obligations with respect to the award? Stipends and independent contracts are not employee wages and the payer (QCBS) is not responsible for any income tax or employment related deductions. Please carefully read the section on Tax implications to understand your legal and tax obligations. General Questions Who are the coordinators of the series? The series is currently coordinated by Pedro Henrique P. Braga, Esteban Góngora, Katherine Hébert, and Linley Sherin . Can I use the QCBS R Workshop Series to instruct workshops in my university? The QCBS R Workshop Series is copyrighted under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) license. Under this license, you are allowed to share and adapt the content of the workshops for non-commercial purposes as long as you give appropriate credit to the QCBS R Workshop Series and you distribute your version of the material under the same license as the original. You can find more information on the license terms and conditions, you can visit this link. "],["404.html", "Page not found", " Page not found The page you requested cannot be found (perhaps it was moved or renamed). You may want to try searching to find the page's new location, or use the table of contents to find the page you are looking for. "]]