forked from MTES-MCT/parcours_r_socle_introduction
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
03-interface.Rmd
146 lines (98 loc) · 6.44 KB
/
03-interface.Rmd
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
# Présentation de l'interface et premières manipulations
Ce chapitre permet de découvrir l'interface de travail RStudio et les principales fonctionnalités pour débuter.
## Une interface dédiée : RStudio
- Environnement de développement conçu spécialement pour R
- Interface utilisateur simple, conviviale, configurable et intégrant plusieurs outils
- Disponible sur http://www.rstudio.com
L’interface RStudio est composée de différents panneaux, dont l’arrangement peut être reconfiguré, incluant une console, un navigateur de fichiers et graphiques, l’espace de travail et l’historique des commandes. D'autres environnements graphiques existent, Rstudio semble le plus approprié à nos métiers
Lancer le script exemple
**Démonstration** : "./Presentation RStudio"
## Session et répertoire de travail
- Session de travail R : commence à l'ouverture de RStudio et se termine en le quittant
- Répertoire de travail R : Dossier dans lequel le logiciel va chercher les fichiers de scripts et de données
- Tout ce qui a été fait au cours d'une session peut être enregistré dans le répertoire de travail :
- données
- historique des fonctions …
Nouvelles fonctions |Attention
--------------------------------------------------|----------------------------------------
`setwd()` pour définir un répertoire de travail |Seulement / et pas \\
`help()` et ? pour afficher l'aide |.
`dir()` pour lister un répertoire |.
***Attention avec le répertoire de travail : si on l'écrit en dur `setwd('...')`, les anti-slash windows (\\) doivent être remplacés par des slash(/) ***
Concernant le répertoire de travail, quelques conseils :
- Créer un nouveau répertoire pour un projet particulier qui sera votre répertoire de travail
- Créer des sous-répertoires dans ce répertoire : "./Data", "./Figures", "./Redaction"...
- Rassembler autant que possible les fichiers qui seront utilisés dans le cadre de ce projet et éviter d'aller chercher des fichiers ailleurs
## Exercice
- Sur le poste de travail, créer un dossier devant servir de dossier de travail au cours de la formation.
- Dans Rstudio, définir ce dossier comme répertoire de travail directement en utilisant `setwd('')`
- Appeler l'aide en ligne par `?setwd` ou `help(setwd)`
- Faire une recherche dans la partie Help de RStudio
- Lire le contenu du répertoire de travail avec `dir()`
## Prise en main de la console
- Effectuer et afficher les résultats de calculs de base `(+, -, *, /, ^, ...)`
- Utiliser des fonctions spécifiques : `sum`, `abs`, `round`...
- On peut remonter dans l'historique des fonctions pour en rappeler une
Nouvelles fonctions |Attention
-------------------------------------------------|----------------------------------------
`sum()` pour sommer un résultat |Séparateur décimal point (.)
`abs()` pour retourner la valeur absolue |.
`round()` pour arrondir un nombre |.
flèches pour naviguer dans l'historique |.
## Création d'une variable
On assigne un contenu à une variable au moyen de `<-`
```{r inter_1}
ma_variable <- 2
ma_variable <- "Toulouse"
ma_variable <- c("Toulouse", "Nantes", "Strasbourg")
ma_variable <- 1:10
```
$\rightarrow$ Les variables peuvent être numérique, texte ou boléen `(TRUE/FALSE)` et elles peuvent être réutilisées.
Nouvelles fonctions |Attention pour le nommage des variables
--------------------------------------------------|----------------------------------------
`ls()` pour faire lister les variables existantes |Casse -> seulement minuscules
`paste()` pour concaténer des variables textes |Pas de caractères spéciaux ni accentués
`rm()` pour supprimer une variable |Pas d'espaces ni tirets (-) ; préférer (_)
Adopter des règles de nommage cohérentes, par exemples [celles-ci](http://adv-r.had.co.nz/Style.html).
## Exercice
- Créer plusieurs variables numériques par assignation `a <- 5`, `b <- 4`
- Regarder l'onglet Environnement
- Afficher la liste des variables avec la fonction `ls()`
- Faire un calcul avec ces variables et voir le résultat `(a+b)` etc.
- Créer une troisième variable à partir des deux premières `c <- a+b*3`
- Ré-assigner une variable : `a<-10` et vérifier l'onglet environnement
- Créer une variable chaîne de caractère (utilisation des simples quotes et des double-quotes) `t <- 'chaine'`
- Concaténer `a` et `t` avec `paste(a,t)`
- Expérimenter la casse des noms de variables : créer `A <- 15` et `B <- 12` et vérifier l'onglet environnement
- Supprimer les variables `A` et `B` avec la fonction `rm()`
- Aide en ligne `?ls` et `?rm`
- Attention : Pour supprimer toutes les variables `rm(list = ls())`
## Utilité des scripts
- Garder la trace d'une longue succession de lignes de code
- Pouvoir exécuter ce code (pas à pas ou en entier)
- Le modifier plus rapidement pour l'adapter
- Pouvoir le réutiliser avec de nouvelles données
Nouvelles fonctions |Attention
--------------------------------------------------- |----------------------------------------
`#` pour des commentaires explicatifs du code |Importance de bien commenter
`print()` pour afficher sur la console |.
`Ctrl+Entrée` pour lancer un script ligne par ligne |.
Utilisation simple de R $\rightarrow$ mode console. Chaque ordre, bout de code est rentré et exécuté au fur et à mesure sur la console.
Actions plus complexes, longues, nécessitant une maintenance, des modifications $\rightarrow$ travailler à partir de la fenêtre éditeur. Les parties de code sont enchaînées et enregistrées sous la forme d'un fichier texte réutilisable par la suite.
Toujours utiliser des commentaires. Permet de pouvoir mieux comprendre ce que l'on a fait lorsqu'on reprend un programme plus tard ou lorsqu'on le donne à quelqu'un.
## Exercice : utiliser un script
- Recopier le script ci-dessous et changer les paramètres pour le re-exécuter plusieurs fois
- Sauvegarder ce script dans votre répertoire de travail
- Fermer RStudio, le rouvrir, et réexécuter le script
```{r inter_2}
# Supprimer toutes les variables existantes
rm(list = ls())
# Création de mes variables taille et poids ; attention au point décimal
poids <- 91
taille <- 1.87
# Calcul de l'IMC : poids sur taille au carré
imc <- poids / (taille ^ 2)
# Affichage du résultat
print (imc)
```