12a-Aller_plus_loin_ac_tmap.Rmd

# Cartographie avec tmap

## Les cartes avec Tmap

`Tmap` est un package dédié à la réalisation de cartes sous R. La syntaxe est très proche de ggplot, avec l'opérateur `+` pour enchaîner les options.

L'équivalent des `geom_xx()` dans tmap sont les fonctions suivantes : 
`tm_lines()` : afficher des lignes
`tm_polygons()` : afficher des polygones
`tm_raster()` : afficher un raster
`tm_bubbles()` : afficher des ronds proportionnels
`tm_markers()` : afficher des marqueurs
`tm_text()` : afficher du texte

Pour charger une donnée géométrique, il faut utiliser la fonction `*tm_shape()`.

Les différences :

- Les variables s'appellent avec des cotes ""

- Le facetting peut se faire sur un format de données large (une carte par colonne et non une carte par modalité d'une variable)

- La grande différence entre les `tm_xx()` et les `geom_xx()` : les `tm_xx()` inclut la définition des *classes* (nombre de classes, définition des classes et des palettes) sans passer par une fonction `scale()`  dont l'équivalent n'existe pas.

La mise en page se définit avec la fonction `tm_layout()`, la légende avec `tm_legend()`.


### Exemple de carte choroplèthe

```{r cart_8, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=12}
data("World")

tt<-World %>%
rename(Country_or_Area_Code=iso_a3) %>%
  inner_join(indicateur311 %>%
              filter(Age_group=="All age ranges or no breakdown by age",
                     Sex=="Both sexes or no breakdown by sex",
                     Type_Zone=="Pays",
                   is.na(Value_type)) %>%
              group_by(Country_or_Area_Code) %>%
              filter(!is.na(Value)) %>%
              filter(Year==max(Year)))
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons("Value")
```

L'option `n=` permet de sélectionner le nombre de classes souhaitées, lorsque l'on réalise une carte sur une variable continue.

```{r cart_9, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=12}
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons("Value",n=2)
```

### Exemple de carte à ronds proportionnels

```{r cart_10, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=12}
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons()+
  tm_bubbles(size="Value",col="Value")
```

### Exemples de cartes avec facet

```{r cart_11, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=8}
tm_shape(tt)+
  tm_polygons("Value")+
  tm_facets("Year")
```

```{r cart_12, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=8}
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons("Value")+
  tm_facets("Continent")
```

### Gestion des palettes

La fonction *tmaptools::palette_explorer()* permet d'accéder à une interface très simple de définition d'une palette de couleurs à partir des palettes *brewer*.

```{r cart_13, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=8}
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons("Value",palette=get_brewer_pal("OrRd", n = 5, contrast = c(0.2, 1)))
```

On peut également utiliser n'importe quelle palette. Par exemple, la palette viridis, mais sans l'interface proposée par palette_explorer() : 

```{r cart_14, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=8}
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons("Value",palette=viridis(5, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1, option = "D"))
```

### La mise en page

***tm_layout()*** permet de contrôler les polices, la légende, les marges, les couleurs.
L'option `design.mode=T` permet de voir visuellement les marges, la position de la légende.
Le titre de la légende ne se définit pas dans `tm_layout()`, mais dans `tm_polygons()`. L'option `title` de ces fonctions est l'équivalent d'un libellé de la variable mise dans l'aesthetic.

```{r cart_15, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=8}
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons("Value",palette=viridis(5, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1, option = "D"),
              title="Taux de mortalité de la mère \n(pour 100 000 naissances)")+
  tm_layout(main.title="Taux de mortalité de la mère \n(pour 100 000 naissances) dans le monde",
            main.title.size=1.2,
            outer.margins=c(0,0,0,0),
            legend.position=c("left","bottom"),
            legend.outside = F,
            main.title.position = "center",
            inner.margins = c(0, 0, 0, 0))
```

Avec les cartes en ronds proportionnels, on peut spécifier un titre pour la couleur et la taille du rond.

```{r cart_16, echo=T,eval=T,fig.height=5,fig.width=8}
tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons()+
  tm_bubbles(size="Value",col="Value",
             palette=viridis(5, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1, option = "D"),
              title.col="",
              title.size="Taux de mortalité de la mère \n(pour 100 000 naissances)")+
  tm_layout(main.title="Taux de mortalité de la mère \n(pour 100 000 naissances) dans le monde",
            main.title.size=1.2,
            outer.margins=c(0,0,0,0),
            legend.position=c("left","bottom"),
            legend.outside = F,
            main.title.position = "center",
            inner.margins = c(0, 0, 0, 0))
```

### Export d'un graphique

La fonction `tmap_save()` permet d'exporter une carte tmap en un fichier image.

```{r cart_17, echo=T,eval=F,fig.height=5,fig.width=8}
carte<-tm_shape(tt %>% filter(Year==2015))+
  tm_polygons()+
  tm_bubbles(size="Value",col="Value",
             palette=viridis(5, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1, option = "D"),
              title.col="",
              title.size="Taux de mortalité de la mère \n(pour 100 000 naissances)")+
  tm_layout(main.title="Taux de mortalité de la mère \n(pour 100 000 naissances) dans le monde",
            main.title.size=1.2,
            outer.margins=c(0,0,0,0),
            legend.position=c("left","bottom"),
            legend.outside = F,
            main.title.position = "center",
            inner.margins = c(0, 0, 0, 0))

tmap_save(carte,filename="figures/Taux de mortalité de la mère dans le monde.png")
```