Estrutura de pastas dados abióticos #3

diogosbr · 2018-03-13T14:35:23Z

Oi @gmgall ,
sobre a estrutura de pastas, eu acho que poderia ser algo assim. Dentro de cada 30sec, 2.5min, 5min, 10min, vão estar os arquivos .tif (bio01, bio02, ... , bio19)

O que vc acha?

C:.
├───Biooracle
│   ├───Current
│   │   ├───Benthic
│   │   │   ├───Average depth
│   │   │   ├───Maximum depth
│   │   │   └───Minimum depth
│   │   └───Surface
│   └───Future
│       ├───2050
│       │   ├───rcp26
│       │   ├───rcp45
│       │   ├───rcp60
│       │   └───rcp85
│       └───2100
│           ├───rcp26
│           ├───rcp45
│           ├───rcp60
│           └───rcp85
├───WorldClim1.4
│   ├───Current
│   │   ├───10min
│   │   ├───2.5min
│   │   ├───30sec
│   │   └───5min
│   ├───Future
│   │   ├───2050
│   │   │   ├───rcp26
│   │   │   │   ├───AC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───BC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CE
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CN
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GD
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GF
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GS
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HD
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HE
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HG
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───IN
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───IP
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───ME
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MG
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MI
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MP
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MR
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   └───NO
│   │   │   │       ├───10min
│   │   │   │       ├───2.5min
│   │   │   │       ├───30sec
│   │   │   │       └───5min
│   │   │   ├───rcp45
│   │   │   │   ├───AC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───BC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CE
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CN
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GD
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GF
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GS
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HD
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HE
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HG
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───IN
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───IP
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───ME
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MG
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MI
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MP
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MR
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   └───NO
│   │   │   │       ├───10min
│   │   │   │       ├───2.5min
│   │   │   │       ├───30sec
│   │   │   │       └───5min
│   │   │   ├───rcp60
│   │   │   │   ├───AC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───BC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CE
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───CN
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GD
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GF
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───GS
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HD
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HE
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───HG
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───IN
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───IP
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MC
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───ME
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MG
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│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MI
│   │   │   │   │   ├───10min
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│   │   │   │   │   ├───30sec
│   │   │   │   │   └───5min
│   │   │   │   ├───MR
│   │   │   │   │   ├───10min
│   │   │   │   │   ├───2.5min
│   │   │   │   │   ├───30sec
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│   │   │   │   └───NO
│   │   │   │       ├───10min
│   │   │   │       ├───2.5min
│   │   │   │       ├───30sec
│   │   │   │       └───5min
│   │   │   └───rcp85
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│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
│   │   │       ├───BC
│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
│   │   │       ├───CC
│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
│   │   │       ├───CE
│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
│   │   │       ├───CN
│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
│   │   │       ├───GD
│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
│   │   │       ├───GF
│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
│   │   │       ├───GS
│   │   │       │   ├───10min
│   │   │       │   ├───2.5min
│   │   │       │   ├───30sec
│   │   │       │   └───5min
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│   │       │   │   ├───30sec
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│   │       │   └───NO
│   │       │       ├───10min
│   │       │       ├───2.5min
│   │       │       ├───30sec
│   │       │       └───5min
│   │       └───rcp85
│   │           ├───AC
│   │           │   ├───10min
│   │           │   ├───2.5min
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│   │           │   └───5min
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│   │           │   ├───10min
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│   │           │   ├───10min
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│   │           │   ├───10min
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│   │           │   ├───10min
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│   │           ├───MI
│   │           │   ├───10min
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│   │           └───NO
│   │               ├───10min
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│   │               ├───30sec
│   │               └───5min
│   └───Past
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│       │   │   ├───10min
│       │   │   ├───2.5min
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│       │   │   └───5min
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│       │   │   ├───10min
│       │   │   ├───2.5min
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│       │   │   └───5min
│       │   └───MR
│       │       ├───10min
│       │       ├───2.5min
│       │       ├───30sec
│       │       └───5min
│       ├───LIG
│       │   ├───10min
│       │   ├───2.5min
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│       │   └───5min
│       └───MidHol
│           ├───BC
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│           │   ├───2.5min
│           │   ├───30sec
│           │   └───5min
│           ├───CC
│           │   ├───10min
│           │   ├───2.5min
│           │   ├───30sec
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│           ├───CN
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│           │   └───5min
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│           ├───IP
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│           │   ├───30sec
│           │   └───5min
│           ├───ME
│           │   ├───10min
│           │   ├───2.5min
│           │   ├───30sec
│           │   └───5min
│           ├───MG
│           │   ├───10min
│           │   ├───2.5min
│           │   ├───30sec
│           │   └───5min
│           └───MR
│               ├───10min
│               ├───2.5min
│               ├───30sec
│               └───5min
└───WorldClim2.0
    └───Current
        ├───10min
        ├───2.5min
        ├───30sec
        └───5min

Legendas

GCM	code	rcp26	rcp45	rcp60	rcp85
ACCESS1-0 (#)	AC		bioclimatic		bioclimatic
BCC-CSM1-1	BC	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
CCSM4	CC	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
CESM1-CAM5-1-FV2	CE		bioclimatic
CNRM-CM5 (#)	CN	bioclimatic	bioclimatic		bioclimatic
GFDL-CM3	GF	bioclimatic	bioclimatic		bioclimatic
GFDL-ESM2G	GD	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
GISS-E2-R	GS	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
HadGEM2-AO	HD	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
HadGEM2-CC	HG		bioclimatic		bioclimatic
HadGEM2-ES	HE	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
INMCM4	IN		bioclimatic		bioclimatic
IPSL-CM5A-LR	IP	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
MIROC-ESM-CHEM (#)	MI	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
MIROC-ESM (#)	MR	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
MIROC5 (#)	MC	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
MPI-ESM-LR	MP	bioclimatic	bioclimatic		bioclimatic
MRI-CGCM3	MG	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic
NorESM1-M	NO	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic	bioclimatic

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gmgall · 2018-03-22T13:14:08Z

No momento, temos o seguinte:

predictors
├── biooracle
│   └── current
│       └── surface
│           ├── Present.Surface.Calcite.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Chlorophyll.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Chlorophyll.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Chlorophyll.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Chlorophyll.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Chlorophyll.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Chlorophyll.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Cloud.cover.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Cloud.cover.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Cloud.cover.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Current.Velocity.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Current.Velocity.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Current.Velocity.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Current.Velocity.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Current.Velocity.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Current.Velocity.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Diffuse.attenuation.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Diffuse.attenuation.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Diffuse.attenuation.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Dissolved.oxygen.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Dissolved.oxygen.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Dissolved.oxygen.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Dissolved.oxygen.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Dissolved.oxygen.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Dissolved.oxygen.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.cover.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.cover.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.cover.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.cover.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.cover.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.cover.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.thickness.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.thickness.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.thickness.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.thickness.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.thickness.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Ice.thickness.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Iron.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Iron.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Iron.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Iron.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Iron.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Iron.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Nitrate.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Nitrate.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Nitrate.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Nitrate.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Nitrate.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Nitrate.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Par.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Par.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Phosphate.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Phosphate.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Phosphate.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Phosphate.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Phosphate.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Phosphate.Range.tif
│           ├── Present.Surface.pH.tif
│           ├── Present.Surface.Phytoplankton.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Phytoplankton.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Phytoplankton.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Phytoplankton.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Phytoplankton.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Phytoplankton.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Primary.productivity.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Primary.productivity.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Primary.productivity.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Primary.productivity.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Primary.productivity.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Primary.productivity.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Salinity.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Salinity.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Salinity.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Salinity.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Salinity.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Salinity.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Silicate.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Silicate.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Silicate.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Silicate.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Silicate.Min.tif
│           ├── Present.Surface.Silicate.Range.tif
│           ├── Present.Surface.Temperature.Lt.max.tif
│           ├── Present.Surface.Temperature.Lt.min.tif
│           ├── Present.Surface.Temperature.Max.tif
│           ├── Present.Surface.Temperature.Mean.tif
│           ├── Present.Surface.Temperature.Min.tif
│           └── Present.Surface.Temperature.Range.tif
├── worldclim1.4
│   └── current
│       ├── 10min
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│       │   ├── bio4.hdr
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│       │   ├── bio5.hdr
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15 directories, 316 files

Tomei a liberdade de usar minúsculas em tudo para simplificar. Acha ruim?

E deixei todos os Present.Surface* no mesmo diretório. Faria diferente?

diogosbr · 2018-03-22T21:25:36Z

Ótimo @gmgall !!!

Tudo bem quanto às minusculas.
Os present surface são em uma pasta só mesmo. Pois, eles só tem uma resolução.
As poucos podemos ir populando as pastas.
Acho que seria interessante, em algum momento, salvar um arquivo compactado com todos os arquivos na estrutura de pastas. Digo isso, para termos um 'backup' dos dados ambientais, em caso se serem apagados do scratch no SD.

gmgall · 2018-04-06T07:43:07Z

Acredito que terminei o download de tudo. Por favor, verifique se tudo está OK. Uma parte tive que baixar através de scripts que escrevi porque clicar em cada um individualmente demoraria muito.

Enviarei a listagem dos arquivos por e-mail para você dar uma olhada porque ela não cabe aqui.

diogosbr · 2018-04-06T11:57:13Z

Tudo certo!
A estrutura está ok também.

Depois vamos incluir as variáveis do Chelsa.

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