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[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333
[ atomtypes ]
;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
nd nd 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
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na na 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
cf cf 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
nc nc 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
ZN ZN 0.00000 0.00000 A 1.95998e-01 5.43920e-02 ; 1.10 0.0130
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hc hc 0.00000 0.00000 A 2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49 0.0157
[ moleculetype ]
;name nrexcl
COR+ZN 3
[ atoms ]
; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
1 nd 1 COR NC 1 -0.353027 14.01000 ; qtot -0.670
2 cc 1 COR C1C 2 0.187376 12.01000 ; qtot -0.263 !!!!!!!
3 ce 1 COR CHC 3 -0.193084 12.01000 ; qtot -0.456
4 ha 1 COR H97 4 0.136299 1.00800 ; qtot -0.320
5 cd 1 COR C4B 5 0.091334 12.01000 ; qtot -0.228
6 na 1 COR NB 6 -0.353027 14.01000 ; qtot -0.898
7 cd 1 COR C3B 7 -0.160549 12.01000 ; qtot -1.059
8 ha 1 COR H10 8 0.148009 1.00800 ; qtot -0.911
9 cc 1 COR C2B 9 -0.160549 12.01000 ; qtot -1.071
10 ha 1 COR H9 10 0.148009 1.00800 ; qtot -0.923
11 cc 1 COR C1B 11 0.091334 12.01000 ; qtot -0.832
12 cf 1 COR CHB 12 -0.193084 12.01000 ; qtot -1.025
13 ha 1 COR H98 13 0.136299 1.00800 ; qtot -0.889
14 cd 1 COR C4A 14 0.187375 12.01000 ; qtot -0.482 !!!!!!!
15 nc 1 COR NA 15 -0.353027 14.01000 ; qtot -1.152
16 cd 1 COR C3A 16 -0.262195 12.01000 ; qtot -1.414
17 ha 1 COR H4 17 0.142856 1.00800 ; qtot -1.271
18 cc 1 COR C2A 18 -0.170118 12.01000 ; qtot -1.441
19 ha 1 COR H3 19 0.142856 1.00800 ; qtot -1.298
20 cc 1 COR C1A 20 0.187375 12.01000 ; qtot -1.191 ooooo
21 cf 1 COR CHA 21 -0.088461 12.01000 ; qtot -1.279
22 ha 1 COR H99 22 0.136299 1.00800 ; qtot -1.143
23 cd 1 COR C4D 23 -0.021903 12.01000 ; qtot -1.165
24 na 1 COR ND 24 -0.353027 14.01000 ; qtot -1.835
25 cc 1 COR C3D 25 -0.160549 12.01000 ; qtot -1.996
26 ha 1 COR H22 26 0.148009 1.00800 ; qtot -1.848
27 cc 1 COR C2D 27 -0.160549 12.01000 ; qtot -2.008
28 ha 1 COR H21 28 0.148009 1.00800 ; qtot -1.860
29 cd 1 COR C1D 29 -0.021903 12.01000 ; qtot -1.882
30 ce 1 COR CHD 30 -0.088461 12.01000 ; qtot -1.971
31 ha 1 COR H96 31 0.136299 1.00800 ; qtot -1.834
32 cd 1 COR C4C 32 0.187375 12.01000 ; qtot -1.727 öööö
33 cd 1 COR C3C 33 -0.170118 12.01000 ; qtot -1.897
34 ha 1 COR H16 34 0.142856 1.00800 ; qtot -1.754
35 cc 1 COR C2C 35 -0.262195 12.01000 ; qtot -2.016
36 ha 1 COR H15 36 0.142856 1.00800 ; qtot -1.874
37 ZN 2 ZN ZN 37 0.885000 65.40000 ; qtot 0.000
[ bonds ]
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1 2 1 1.3350e-01 4.1388e+05 ; NC - C1C
1 32 1 1.3760e-01 3.6116e+05 ; NC - C4C
1 37 1 2.0700e-01 4.6861e+04 ; NC - ZN
2 3 1 1.4530e-01 3.2459e+05 ; C1C - CHC
2 35 1 1.4290e-01 3.5003e+05 ; C1C - C2C
3 4 1 1.0890e-01 2.8577e+05 ; CHC - H97
3 5 1 1.3670e-01 4.2786e+05 ; CHC - C4B
5 6 1 1.3710e-01 3.6719e+05 ; C4B - NB
5 7 1 1.4290e-01 3.5003e+05 ; C4B - C3B
6 11 1 1.3710e-01 3.6719e+05 ; NB - C1B
6 37 1 2.0700e-01 4.6861e+04 ; NB - ZN
7 8 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C3B - H10
7 9 1 1.3710e-01 4.2175e+05 ; C3B - C2B
9 10 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C2B - H9
9 11 1 1.4290e-01 3.5003e+05 ; C2B - C1B
11 12 1 1.3670e-01 4.2786e+05 ; C1B - CHB
12 13 1 1.0890e-01 2.8577e+05 ; CHB - H98
12 14 1 1.4530e-01 3.2459e+05 ; CHB - C4A
14 15 1 1.3350e-01 4.1388e+05 ; C4A - NA
14 16 1 1.4290e-01 3.5003e+05 ; C4A - C3A
15 20 1 1.3760e-01 3.6116e+05 ; NA - C1A
15 37 1 2.0700e-01 4.6861e+04 ; NA - ZN
16 17 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C3A - H4
16 18 1 1.3710e-01 4.2175e+05 ; C3A - C2A
18 19 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C2A - H3
18 20 1 1.4290e-01 3.5003e+05 ; C2A - C1A
20 21 1 1.3670e-01 4.2786e+05 ; C1A - CHA
21 22 1 1.0890e-01 2.8577e+05 ; CHA - H99
21 23 1 1.4530e-01 3.2459e+05 ; CHA - C4D
23 24 1 1.3710e-01 3.6719e+05 ; C4D - ND
23 25 1 1.3710e-01 4.2175e+05 ; C4D - C3D
24 29 1 1.3710e-01 3.6719e+05 ; ND - C1D
24 37 1 2.0700e-01 4.6861e+04 ; ND - ZN
25 26 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C3D - H22
25 27 1 1.4290e-01 3.5003e+05 ; C3D - C2D
27 28 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C2D - H21
27 29 1 1.3710e-01 4.2175e+05 ; C2D - C1D
29 30 1 1.3670e-01 4.2786e+05 ; C1D - CHD
30 31 1 1.0890e-01 2.8577e+05 ; CHD - H96
30 32 1 1.3670e-01 4.2786e+05 ; CHD - C4C
32 33 1 1.4290e-01 3.5003e+05 ; C4C - C3C
33 34 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C3C - H16
33 35 1 1.3710e-01 4.2175e+05 ; C3C - C2C
35 36 1 1.0850e-01 2.9054e+05 ; C2C - H15
[ pairs ]
; ai aj funct
1 4 1 ; NC - H97
1 5 1 ; NC - C4B
1 11 1 ; NC - C1B
1 14 1 ; NC - C4A
1 20 1 ; NC - C1A
1 23 1 ; NC - C4D
1 29 1 ; NC - C1D
1 31 1 ; NC - H96
1 34 1 ; NC - H16
1 36 1 ; NC - H15
2 6 1 ; C1C - NB
2 7 1 ; C1C - C3B
2 15 1 ; C1C - NA
2 24 1 ; C1C - ND
2 30 1 ; C1C - CHD
2 34 1 ; C1C - H16
3 8 1 ; CHC - H10
3 9 1 ; CHC - C2B
3 11 1 ; CHC - C1B
3 33 1 ; CHC - C3C
3 36 1 ; CHC - H15
4 6 1 ; H97 - NB
4 7 1 ; H97 - C3B
4 35 1 ; H97 - C2C
5 10 1 ; C4B - H9
5 12 1 ; C4B - CHB
5 15 1 ; C4B - NA
5 24 1 ; C4B - ND
5 35 1 ; C4B - C2C
6 8 1 ; NB - H10
6 10 1 ; NB - H9
6 13 1 ; NB - H98
6 14 1 ; NB - C4A
6 20 1 ; NB - C1A
6 23 1 ; NB - C4D
6 29 1 ; NB - C1D
7 12 1 ; C3B - CHB
7 37 1 ; C3B - ZN
8 10 1 ; H10 - H9
8 11 1 ; H10 - C1B
9 13 1 ; C2B - H98
9 14 1 ; C2B - C4A
9 37 1 ; C2B - ZN
10 12 1 ; H9 - CHB
11 15 1 ; C1B - NA
11 16 1 ; C1B - C3A
11 24 1 ; C1B - ND
12 17 1 ; CHB - H4
12 18 1 ; CHB - C2A
12 20 1 ; CHB - C1A
12 37 1 ; CHB - ZN
13 15 1 ; H98 - NA
13 16 1 ; H98 - C3A
14 19 1 ; C4A - H3
14 21 1 ; C4A - CHA
14 24 1 ; C4A - ND
15 17 1 ; NA - H4
15 19 1 ; NA - H3
15 22 1 ; NA - H99
15 23 1 ; NA - C4D
15 29 1 ; NA - C1D
16 21 1 ; C3A - CHA
16 37 1 ; C3A - ZN
17 19 1 ; H4 - H3
17 20 1 ; H4 - C1A
18 22 1 ; C2A - H99
18 23 1 ; C2A - C4D
18 37 1 ; C2A - ZN
19 21 1 ; H3 - CHA
20 24 1 ; C1A - ND
20 25 1 ; C1A - C3D
21 26 1 ; CHA - H22
21 27 1 ; CHA - C2D
21 29 1 ; CHA - C1D
21 37 1 ; CHA - ZN
22 24 1 ; H99 - ND
22 25 1 ; H99 - C3D
23 28 1 ; C4D - H21
23 30 1 ; C4D - CHD
24 26 1 ; ND - H22
24 28 1 ; ND - H21
24 31 1 ; ND - H96
24 32 1 ; ND - C4C
25 30 1 ; C3D - CHD
25 37 1 ; C3D - ZN
26 28 1 ; H22 - H21
26 29 1 ; H22 - C1D
27 31 1 ; C2D - H96
27 32 1 ; C2D - C4C
27 37 1 ; C2D - ZN
28 30 1 ; H21 - CHD
29 33 1 ; C1D - C3C
30 34 1 ; CHD - H16
30 35 1 ; CHD - C2C
30 37 1 ; CHD - ZN
31 33 1 ; H96 - C3C
32 3 1 ; C4C - CHC
32 6 1 ; C4C - NB
32 15 1 ; C4C - NA
32 36 1 ; C4C - H15
34 36 1 ; H16 - H15
37 3 1 ; ZN - CHC
37 33 1 ; ZN - C3C
37 35 1 ; ZN - C2C
[ angles ]
; ai aj ak funct theta cth
1 2 3 1 1.2151e+02 5.6735e+02 ; NC - C1C - CHC
1 2 35 1 1.1256e+02 5.9538e+02 ; NC - C1C - C2C
1 32 30 1 1.2490e+02 5.7086e+02 ; NC - C4C - CHD
1 32 33 1 1.2169e+02 5.6509e+02 ; NC - C4C - C3C
1 37 6 1 9.0000e+01 2.6024e+02 ; NC - ZN - NB
1 37 15 1 9.0000e+01 2.6024e+02 ; NC - ZN - NA
1 37 24 1 9.0000e+01 2.6024e+02 ; NC - ZN - ND
2 1 32 1 1.0567e+02 5.9480e+02 ; C1C - NC - C4C
2 1 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C1C - NC - ZN
2 3 4 1 1.1545e+02 3.9773e+02 ; C1C - CHC - H97
2 3 5 1 1.3036e+02 5.2953e+02 ; C1C - CHC - C4B
2 35 33 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C1C - C2C - C3C
2 35 36 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; C1C - C2C - H15
3 2 35 1 1.2720e+02 5.2534e+02 ; CHC - C1C - C2C
3 5 6 1 1.2371e+02 5.7589e+02 ; CHC - C4B - NB
3 5 7 1 1.2259e+02 5.5128e+02 ; CHC - C4B - C3B
4 3 5 1 1.1548e+02 4.1815e+02 ; H97 - CHC - C4B
5 6 11 1 1.2801e+02 5.3455e+02 ; C4B - NB - C1B
5 6 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C4B - NB - ZN
5 7 8 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; C4B - C3B - H10
5 7 9 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C4B - C3B - C2B
6 5 7 1 1.0680e+02 6.0425e+02 ; NB - C4B - C3B
6 11 9 1 1.0680e+02 6.0425e+02 ; NB - C1B - C2B
6 11 12 1 1.2371e+02 5.7589e+02 ; NB - C1B - CHB
6 37 15 1 9.0000e+01 2.6024e+02 ; NB - ZN - NA
6 37 24 1 9.0000e+01 0.0000e+00 ; NB - ZN - ND
7 9 10 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; C3B - C2B - H9
7 9 11 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C3B - C2B - C1B
8 7 9 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; H10 - C3B - C2B
9 11 12 1 1.2259e+02 5.5128e+02 ; C2B - C1B - CHB
10 9 11 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; H9 - C2B - C1B
11 6 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C1B - NB - ZN
11 12 13 1 1.1548e+02 4.1815e+02 ; C1B - CHB - H98
11 12 14 1 1.3036e+02 5.2953e+02 ; C1B - CHB - C4A
12 14 15 1 1.2151e+02 5.6735e+02 ; CHB - C4A - NA
12 14 16 1 1.2720e+02 5.2534e+02 ; CHB - C4A - C3A
13 12 14 1 1.1545e+02 3.9773e+02 ; H98 - CHB - C4A
14 15 20 1 1.0567e+02 5.9480e+02 ; C4A - NA - C1A
14 15 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C4A - NA - ZN
14 16 17 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; C4A - C3A - H4
14 16 18 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C4A - C3A - C2A
15 14 16 1 1.1256e+02 5.9538e+02 ; NA - C4A - C3A
15 20 18 1 1.2169e+02 5.6509e+02 ; NA - C1A - C2A
15 20 21 1 1.2490e+02 5.7086e+02 ; NA - C1A - CHA
15 37 24 1 9.0000e+01 2.6024e+02 ; NA - ZN - ND
16 18 19 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; C3A - C2A - H3
16 18 20 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C3A - C2A - C1A
17 16 18 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; H4 - C3A - C2A
18 20 21 1 1.2259e+02 5.5128e+02 ; C2A - C1A - CHA
19 18 20 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; H3 - C2A - C1A
20 15 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C1A - NA - ZN
20 21 22 1 1.1548e+02 4.1815e+02 ; C1A - CHA - H99
20 21 23 1 1.3036e+02 5.2953e+02 ; C1A - CHA - C4D
21 23 24 1 1.2422e+02 5.5497e+02 ; CHA - C4D - ND
21 23 25 1 1.2841e+02 5.3279e+02 ; CHA - C4D - C3D
22 21 23 1 1.1545e+02 3.9773e+02 ; H99 - CHA - C4D
23 24 29 1 1.0990e+02 5.7689e+02 ; C4D - ND - C1D
23 24 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C4D - ND - ZN
23 25 26 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; C4D - C3D - H22
23 25 27 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C4D - C3D - C2D
24 23 25 1 1.0942e+02 6.1011e+02 ; ND - C4D - C3D
24 29 27 1 1.0942e+02 6.1011e+02 ; ND - C1D - C2D
24 29 30 1 1.2371e+02 5.7589e+02 ; ND - C1D - CHD
25 27 28 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; C3D - C2D - H21
25 27 29 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C3D - C2D - C1D
26 25 27 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; H22 - C3D - C2D
27 29 30 1 1.1702e+02 5.7815e+02 ; C2D - C1D - CHD
28 27 29 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; H21 - C2D - C1D
29 24 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C1D - ND - ZN
29 30 31 1 1.1548e+02 4.1815e+02 ; C1D - CHD - H96
29 30 32 1 1.2449e+02 5.4233e+02 ; C1D - CHD - C4C
30 32 33 1 1.2259e+02 5.5128e+02 ; CHD - C4C - C3C
31 30 32 1 1.1548e+02 4.1815e+02 ; H96 - CHD - C4C
32 1 37 1 1.2740e+02 2.5104e+02 ; C4C - NC - ZN
32 33 34 1 1.2086e+02 3.9447e+02 ; C4C - C3C - H16
32 33 35 1 1.1419e+02 5.7036e+02 ; C4C - C3C - C2C
33 35 36 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; C3C - C2C - H15
34 33 35 1 1.2289e+02 4.0459e+02 ; H16 - C3C - C2C
[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
; i j k l func phase kd pn
1 2 3 4 9 180.00 4.18400 2 ; NC- C1C- CHC- H97
1 2 3 5 9 180.00 4.18400 2 ; NC- C1C- CHC- C4B
1 2 35 33 9 180.00 16.73600 2 ; NC- C1C- C2C- C3C
1 2 35 36 9 180.00 16.73600 2 ; NC- C1C- C2C- H15
1 32 30 29 9 180.00 4.18400 2 ; NC- C4C- CHD- C1D
1 32 30 31 9 180.00 4.18400 2 ; NC- C4C- CHD- H96
1 32 33 34 9 180.00 16.73600 2 ; NC- C4C- C3C- H16
1 32 33 35 9 180.00 16.73600 2 ; NC- C4C- C3C- C2C
1 37 6 5 9 180.00 0.00000 2 ; NC- ZN- NB- C4B
1 37 6 11 9 180.00 0.00000 2 ; NC- ZN- NB- C1B
1 37 15 14 9 180.00 0.00000 2 ; NC- ZN- NA- C4A
1 37 15 20 9 180.00 0.00000 2 ; NC- ZN- NA- C1A
1 37 24 23 9 180.00 0.00000 2 ; NC- ZN- ND- C4D
1 37 24 29 9 180.00 0.00000 2 ; NC- ZN- ND- C1D
2 1 32 30 9 180.00 19.87400 2 ; C1C- NC- C4C- CHD
2 1 32 33 9 180.00 19.87400 2 ; C1C- NC- C4C- C3C
2 1 37 6 9 180.00 0.00000 2 ; C1C- NC- ZN- NB
2 1 37 15 9 180.00 0.00000 2 ; C1C- NC- ZN- NA
2 1 37 24 9 180.00 0.00000 2 ; C1C- NC- ZN- ND
2 3 5 6 9 180.00 4.18400 2 ; C1C- CHC- C4B- NB
2 3 5 7 9 180.00 4.18400 2 ; C1C- CHC- C4B- C3B
2 35 33 32 9 180.00 16.73600 2 ; C1C- C2C- C3C- C4C
2 35 33 34 9 180.00 16.73600 2 ; C1C- C2C- C3C- H16
3 2 35 33 9 180.00 16.73600 2 ; CHC- C1C- C2C- C3C
3 2 35 36 9 180.00 16.73600 2 ; CHC- C1C- C2C- H15
3 5 6 11 9 180.00 7.11280 2 ; CHC- C4B- NB- C1B
3 5 6 37 9 180.00 7.11280 2 ; CHC- C4B- NB- ZN
3 5 7 8 9 180.00 16.73600 2 ; CHC- C4B- C3B- H10
3 5 7 9 9 180.00 16.73600 2 ; CHC- C4B- C3B- C2B
4 3 2 35 9 180.00 4.18400 2 ; H97- CHC- C1C- C2C
4 3 5 6 9 180.00 4.18400 2 ; H97- CHC- C4B- NB
4 3 5 7 9 180.00 4.18400 2 ; H97- CHC- C4B- C3B
5 3 2 35 9 180.00 4.18400 2 ; C4B- CHC- C1C- C2C
5 6 11 9 9 180.00 7.11280 2 ; C4B- NB- C1B- C2B
5 6 11 12 9 180.00 7.11280 2 ; C4B- NB- C1B- CHB
5 6 37 15 9 180.00 0.00000 2 ; C4B- NB- ZN- NA
5 6 37 24 9 180.00 0.00000 2 ; C4B- NB- ZN- ND
5 7 9 10 9 180.00 16.73600 2 ; C4B- C3B- C2B- H9
5 7 9 11 9 180.00 16.73600 2 ; C4B- C3B- C2B- C1B
6 5 7 8 9 180.00 16.73600 2 ; NB- C4B- C3B- H10
6 5 7 9 9 180.00 16.73600 2 ; NB- C4B- C3B- C2B
6 11 9 7 9 180.00 16.73600 2 ; NB- C1B- C2B- C3B
6 11 9 10 9 180.00 16.73600 2 ; NB- C1B- C2B- H9
6 11 12 13 9 180.00 27.82360 2 ; NB- C1B- CHB- H98
6 11 12 14 9 180.00 27.82360 2 ; NB- C1B- CHB- C4A
6 37 15 14 9 180.00 0.00000 2 ; NB- ZN- NA- C4A
6 37 15 20 9 180.00 0.00000 2 ; NB- ZN- NA- C1A
6 37 24 23 9 180.00 0.00000 2 ; NB- ZN- ND- C4D
6 37 24 29 9 180.00 0.00000 2 ; NB- ZN- ND- C1D
7 5 6 11 9 180.00 7.11280 2 ; C3B- C4B- NB- C1B
7 5 6 37 9 180.00 7.11280 2 ; C3B- C4B- NB- ZN
7 9 11 12 9 180.00 16.73600 2 ; C3B- C2B- C1B- CHB
8 7 9 10 9 180.00 16.73600 2 ; H10- C3B- C2B- H9
8 7 9 11 9 180.00 16.73600 2 ; H10- C3B- C2B- C1B
9 11 6 37 9 180.00 7.11280 2 ; C2B- C1B- NB- ZN
9 11 12 13 9 180.00 27.82360 2 ; C2B- C1B- CHB- H98
9 11 12 14 9 180.00 27.82360 2 ; C2B- C1B- CHB- C4A
10 9 11 12 9 180.00 16.73600 2 ; H9- C2B- C1B- CHB
11 6 37 15 9 180.00 0.00000 2 ; C1B- NB- ZN- NA
11 6 37 24 9 180.00 0.00000 2 ; C1B- NB- ZN- ND
11 12 14 15 9 180.00 27.82360 2 ; C1B- CHB- C4A- NA
11 12 14 16 9 180.00 27.82360 2 ; C1B- CHB- C4A- C3A
12 11 6 37 9 180.00 7.11280 2 ; CHB- C1B- NB- ZN
12 14 15 20 9 180.00 19.87400 2 ; CHB- C4A- NA- C1A
12 14 15 37 9 180.00 19.87400 2 ; CHB- C4A- NA- ZN
12 14 16 17 9 180.00 16.73600 2 ; CHB- C4A- C3A- H4
12 14 16 18 9 180.00 16.73600 2 ; CHB- C4A- C3A- C2A
13 12 14 15 9 180.00 27.82360 2 ; H98- CHB- C4A- NA
13 12 14 16 9 180.00 27.82360 2 ; H98- CHB- C4A- C3A
14 15 20 18 9 180.00 19.87400 2 ; C4A- NA- C1A- C2A
14 15 20 21 9 180.00 19.87400 2 ; C4A- NA- C1A- CHA
14 15 37 24 9 180.00 0.00000 2 ; C4A- NA- ZN- ND
14 16 18 19 9 180.00 16.73600 2 ; C4A- C3A- C2A- H3
14 16 18 20 9 180.00 16.73600 2 ; C4A- C3A- C2A- C1A
15 14 16 17 9 180.00 16.73600 2 ; NA- C4A- C3A- H4
15 14 16 18 9 180.00 16.73600 2 ; NA- C4A- C3A- C2A
15 20 18 16 9 180.00 16.73600 2 ; NA- C1A- C2A- C3A
15 20 18 19 9 180.00 16.73600 2 ; NA- C1A- C2A- H3
15 20 21 22 9 180.00 27.82360 2 ; NA- C1A- CHA- H99
15 20 21 23 9 180.00 27.82360 2 ; NA- C1A- CHA- C4D
15 37 24 23 9 180.00 0.00000 2 ; NA- ZN- ND- C4D
15 37 24 29 9 180.00 0.00000 2 ; NA- ZN- ND- C1D
16 14 15 20 9 180.00 19.87400 2 ; C3A- C4A- NA- C1A
16 14 15 37 9 180.00 19.87400 2 ; C3A- C4A- NA- ZN
16 18 20 21 9 180.00 16.73600 2 ; C3A- C2A- C1A- CHA
17 16 18 19 9 180.00 16.73600 2 ; H4- C3A- C2A- H3
17 16 18 20 9 180.00 16.73600 2 ; H4- C3A- C2A- C1A
18 20 15 37 9 180.00 19.87400 2 ; C2A- C1A- NA- ZN
18 20 21 22 9 180.00 27.82360 2 ; C2A- C1A- CHA- H99
18 20 21 23 9 180.00 27.82360 2 ; C2A- C1A- CHA- C4D
19 18 20 21 9 180.00 16.73600 2 ; H3- C2A- C1A- CHA
20 15 37 24 9 180.00 0.00000 2 ; C1A- NA- ZN- ND
20 21 23 24 9 180.00 27.82360 2 ; C1A- CHA- C4D- ND
20 21 23 25 9 180.00 27.82360 2 ; C1A- CHA- C4D- C3D
21 20 15 37 9 180.00 19.87400 2 ; CHA- C1A- NA- ZN
21 23 24 29 9 180.00 7.11280 2 ; CHA- C4D- ND- C1D
21 23 24 37 9 180.00 7.11280 2 ; CHA- C4D- ND- ZN
21 23 25 26 9 180.00 16.73600 2 ; CHA- C4D- C3D- H22
21 23 25 27 9 180.00 16.73600 2 ; CHA- C4D- C3D- C2D
22 21 23 24 9 180.00 27.82360 2 ; H99- CHA- C4D- ND
22 21 23 25 9 180.00 27.82360 2 ; H99- CHA- C4D- C3D
23 24 29 27 9 180.00 7.11280 2 ; C4D- ND- C1D- C2D
23 24 29 30 9 180.00 7.11280 2 ; C4D- ND- C1D- CHD
23 25 27 28 9 180.00 16.73600 2 ; C4D- C3D- C2D- H21
23 25 27 29 9 180.00 16.73600 2 ; C4D- C3D- C2D- C1D
24 23 25 26 9 180.00 16.73600 2 ; ND- C4D- C3D- H22
24 23 25 27 9 180.00 16.73600 2 ; ND- C4D- C3D- C2D
24 29 27 25 9 180.00 16.73600 2 ; ND- C1D- C2D- C3D
24 29 27 28 9 180.00 16.73600 2 ; ND- C1D- C2D- H21
24 29 30 31 9 180.00 4.18400 2 ; ND- C1D- CHD- H96
24 29 30 32 9 180.00 4.18400 2 ; ND- C1D- CHD- C4C
25 23 24 29 9 180.00 7.11280 2 ; C3D- C4D- ND- C1D
25 23 24 37 9 180.00 7.11280 2 ; C3D- C4D- ND- ZN
25 27 29 30 9 180.00 16.73600 2 ; C3D- C2D- C1D- CHD
26 25 27 28 9 180.00 16.73600 2 ; H22- C3D- C2D- H21
26 25 27 29 9 180.00 16.73600 2 ; H22- C3D- C2D- C1D
27 29 24 37 9 180.00 7.11280 2 ; C2D- C1D- ND- ZN
27 29 30 31 9 180.00 4.18400 2 ; C2D- C1D- CHD- H96
27 29 30 32 9 180.00 4.18400 2 ; C2D- C1D- CHD- C4C
28 27 29 30 9 180.00 16.73600 2 ; H21- C2D- C1D- CHD
29 30 32 33 9 180.00 4.18400 2 ; C1D- CHD- C4C- C3C
30 29 24 37 9 180.00 7.11280 2 ; CHD- C1D- ND- ZN
30 32 33 34 9 180.00 16.73600 2 ; CHD- C4C- C3C- H16
30 32 33 35 9 180.00 16.73600 2 ; CHD- C4C- C3C- C2C
31 30 32 33 9 180.00 4.18400 2 ; H96- CHD- C4C- C3C
32 1 2 3 9 180.00 19.87400 2 ; C4C- NC- C1C- CHC
32 1 2 35 9 180.00 19.87400 2 ; C4C- NC- C1C- C2C
32 1 37 6 9 180.00 0.00000 2 ; C4C- NC- ZN- NB
32 1 37 15 9 180.00 0.00000 2 ; C4C- NC- ZN- NA
32 1 37 24 9 180.00 0.00000 2 ; C4C- NC- ZN- ND
32 33 35 36 9 180.00 16.73600 2 ; C4C- C3C- C2C- H15
34 33 35 36 9 180.00 16.73600 2 ; H16- C3C- C2C- H15
37 1 2 3 9 180.00 19.87400 2 ; ZN- NC- C1C- CHC
37 1 2 35 9 180.00 19.87400 2 ; ZN- NC- C1C- C2C
37 1 32 30 9 180.00 19.87400 2 ; ZN- NC- C4C- CHD
37 1 32 33 9 180.00 19.87400 2 ; ZN- NC- C4C- C3C
[ dihedrals ] ; impropers
; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
; i j k l func phase kd pn
1 2 3 35 4 180.00 4.60240 2 ; NC- C1C- CHC- C2C
1 32 30 33 4 180.00 4.60240 2 ; NC- C4C- CHD- C3C
2 5 3 4 4 180.00 4.60240 2 ; C1C- C4B- CHC- H97
2 33 35 36 4 180.00 4.60240 2 ; C1C- C3C- C2C- H15
5 11 6 37 4 180.00 4.18400 2 ; C4B- C1B- NB- ZN
7 3 5 6 4 180.00 4.60240 2 ; C3B- CHC- C4B- NB
9 5 7 8 4 180.00 4.60240 2 ; C2B- C4B- C3B- H10
9 12 11 6 4 180.00 4.60240 2 ; C2B- CHB- C1B- NB
11 7 9 10 4 180.00 4.60240 2 ; C1B- C3B- C2B- H9
11 14 12 13 4 180.00 4.60240 2 ; C1B- C4A- CHB- H98
14 20 15 37 4 180.00 4.18400 2 ; C4A- C1A- NA- ZN
16 12 14 15 4 180.00 4.60240 2 ; C3A- CHB- C4A- NA
18 14 16 17 4 180.00 4.60240 2 ; C2A- C4A- C3A- H4
18 21 20 15 4 180.00 4.60240 2 ; C2A- CHA- C1A- NA
20 16 18 19 4 180.00 4.60240 2 ; C1A- C3A- C2A- H3
20 23 21 22 4 180.00 4.60240 2 ; C1A- C4D- CHA- H99
23 29 24 37 4 180.00 4.18400 2 ; C4D- C1D- ND- ZN
25 21 23 24 4 180.00 4.60240 2 ; C3D- CHA- C4D- ND
25 29 27 28 4 180.00 4.60240 2 ; C3D- C1D- C2D- H21
27 23 25 26 4 180.00 4.60240 2 ; C2D- C4D- C3D- H22
27 30 29 24 4 180.00 4.60240 2 ; C2D- CHD- C1D- ND
29 32 30 31 4 180.00 4.60240 2 ; C1D- C4C- CHD- H96
35 32 33 34 4 180.00 4.60240 2 ; C2C- C4C- C3C- H16
[ moleculetype ]
;name nrexcl
CHX 3
[ atoms ]
; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
1 c3 1 CHX C1 1 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.076
2 hc 1 CHX H 2 0.038200 1.00800 ; qtot -0.038
3 hc 1 CHX H1 3 0.038200 1.00800 ; qtot 0.000
4 c3 1 CHX C2 4 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.076
5 hc 1 CHX H2 5 0.038200 1.00800 ; qtot -0.038
6 hc 1 CHX H3 6 0.038200 1.00800 ; qtot 0.000
7 c3 1 CHX C3 7 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.076
8 hc 1 CHX H4 8 0.038200 1.00800 ; qtot -0.038
9 hc 1 CHX H5 9 0.038200 1.00800 ; qtot 0.000
10 c3 1 CHX C4 10 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.076
11 hc 1 CHX H6 11 0.038200 1.00800 ; qtot -0.038
12 hc 1 CHX H7 12 0.038200 1.00800 ; qtot 0.000
13 c3 1 CHX C5 13 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.076
14 hc 1 CHX H8 14 0.038200 1.00800 ; qtot -0.038
15 hc 1 CHX H9 15 0.038200 1.00800 ; qtot 0.000
16 c3 1 CHX C6 16 -0.076400 12.01000 ; qtot -0.076
17 hc 1 CHX H10 17 0.038200 1.00800 ; qtot -0.038
18 hc 1 CHX H11 18 0.038200 1.00800 ; qtot 0.000
[ bonds ]
; ai aj funct r k
1 2 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C1 - H
1 3 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C1 - H1
1 4 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C1 - C2
1 16 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C1 - C6
4 5 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C2 - H2
4 6 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C2 - H3
4 7 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C2 - C3
7 8 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C3 - H4
7 9 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C3 - H5
7 10 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C3 - C4
10 11 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C4 - H6
10 12 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C4 - H7
10 13 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C4 - C5
13 14 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C5 - H8
13 15 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C5 - H9
13 16 1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; C5 - C6
16 17 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C6 - H10
16 18 1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; C6 - H11
[ pairs ]
; ai aj funct
1 8 1 ; C1 - H4
1 9 1 ; C1 - H5
1 10 1 ; C1 - C4
1 14 1 ; C1 - H8
1 15 1 ; C1 - H9
2 5 1 ; H - H2
2 6 1 ; H - H3
2 7 1 ; H - C3
2 13 1 ; H - C5
2 17 1 ; H - H10
2 18 1 ; H - H11
3 5 1 ; H1 - H2
3 6 1 ; H1 - H3
3 7 1 ; H1 - C3
3 13 1 ; H1 - C5
3 17 1 ; H1 - H10
3 18 1 ; H1 - H11
4 11 1 ; C2 - H6
4 12 1 ; C2 - H7
4 13 1 ; C2 - C5
4 17 1 ; C2 - H10
4 18 1 ; C2 - H11
5 8 1 ; H2 - H4
5 9 1 ; H2 - H5
5 10 1 ; H2 - C4
6 8 1 ; H3 - H4
6 9 1 ; H3 - H5
6 10 1 ; H3 - C4
7 14 1 ; C3 - H8
7 15 1 ; C3 - H9
8 11 1 ; H4 - H6
8 12 1 ; H4 - H7
8 13 1 ; H4 - C5
9 11 1 ; H5 - H6
9 12 1 ; H5 - H7
9 13 1 ; H5 - C5
10 17 1 ; C4 - H10
10 18 1 ; C4 - H11
11 14 1 ; H6 - H8
11 15 1 ; H6 - H9
11 16 1 ; H6 - C6
12 14 1 ; H7 - H8
12 15 1 ; H7 - H9
12 16 1 ; H7 - C6
14 17 1 ; H8 - H10
14 18 1 ; H8 - H11
15 17 1 ; H9 - H10
15 18 1 ; H9 - H11
16 5 1 ; C6 - H2
16 6 1 ; C6 - H3
16 7 1 ; C6 - C3
[ angles ]
; ai aj ak funct theta cth
1 4 5 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C2 - H2
1 4 6 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C2 - H3
1 4 7 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C1 - C2 - C3
1 16 13 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C1 - C6 - C5
1 16 17 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C6 - H10
1 16 18 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C1 - C6 - H11
2 1 3 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H - C1 - H1
2 1 4 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H - C1 - C2
2 1 16 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H - C1 - C6
3 1 4 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H1 - C1 - C2
3 1 16 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H1 - C1 - C6
4 1 16 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C2 - C1 - C6
4 7 8 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C2 - C3 - H4
4 7 9 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C2 - C3 - H5
4 7 10 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C2 - C3 - C4
5 4 6 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H2 - C2 - H3
5 4 7 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H2 - C2 - C3
6 4 7 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H3 - C2 - C3
7 10 11 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C3 - C4 - H6
7 10 12 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C3 - C4 - H7
7 10 13 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C3 - C4 - C5
8 7 9 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H4 - C3 - H5
8 7 10 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H4 - C3 - C4
9 7 10 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H5 - C3 - C4
10 13 14 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C4 - C5 - H8
10 13 15 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C4 - C5 - H9
10 13 16 1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; C4 - C5 - C6
11 10 12 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H6 - C4 - H7
11 10 13 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H6 - C4 - C5
12 10 13 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H7 - C4 - C5
13 16 17 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C5 - C6 - H10
13 16 18 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; C5 - C6 - H11
14 13 15 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H8 - C5 - H9
14 13 16 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H8 - C5 - C6
15 13 16 1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; H9 - C5 - C6
17 16 18 1 1.0835e+02 3.2995e+02 ; H10 - C6 - H11
[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
; i j k l func phase kd pn
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[ system ]
COR+ZN
[ molecules ]
; Compound nmols
COR+ZN 1