thread 'main' panicked: "Traceback cigar end position must be in bounds!"

[d-cameron]

Crash when running on certain input data with free query gap:

use std::cmp::max;

use block_aligner::{cigar::*, scan_block::*, scores::*};

fn aln<const XDROP: bool, const FREE_QUERY_START_GAPS: bool, const FREE_QUERY_END_GAPS: bool>(
    qstr: &[u8],
    rstr: &[u8],
    xdrop: i32,
) -> String {
    let mut min_block_size = 32;
    let mut max_block_size = 256;
    // A gap of length n will cost: open + extend * (n - 1)
    let gaps = Gaps {
        open: -18,
        extend: -2,
    };
    let mat = NucMatrix::new_simple(2, -8);
    let r = PaddedBytes::from_bytes::<NucMatrix>(rstr, max_block_size);
    let q = PaddedBytes::from_bytes::<NucMatrix>(qstr, max_block_size);
    while FREE_QUERY_END_GAPS && min_block_size <= qstr.len() {
        min_block_size *= 2;
        max_block_size = max(min_block_size, max_block_size);
    }
    let mut ba = Block::<true, XDROP, false, FREE_QUERY_START_GAPS, FREE_QUERY_END_GAPS>::new(
        q.len(),
        r.len(),
        max_block_size,
    );
    ba.align(&q, &r, &mat, gaps, min_block_size..=max_block_size, xdrop);
    let res = ba.res();
    let mut cigar = Cigar::new(res.query_idx, res.reference_idx);
    ba.trace()
        .cigar_eq(&q, &r, res.query_idx, res.reference_idx, &mut cigar);
    let qi = res.query_idx;
    let ri = res.reference_idx;
    format!("{cigar} q={qi} r={ri}")
}
fn print_aln(qstr: &[u8], rstr: &[u8]) {
    println!(
        "For sequences q={}, r={}:\nFree start is: {}\nFree end is: {}\nBoth free is: {}\nX-drop is: {}",
        String::from_utf8(qstr.to_vec()).unwrap(),
        String::from_utf8(rstr.to_vec()).unwrap(),
        aln::<false, true, false>(qstr, rstr, 0),
        aln::<false, false, true>(qstr, rstr, 0),
        aln::<false, true, true>(qstr, rstr, 0),
        aln::<true, false, false>(qstr, rstr, 50),
    );
}
fn main() {
    print_aln(
        b"CAAAACAAAGTTTTTGACTTAGGCTTCGGGTGTGTAATAATACGACACGATCAATTTTATTCAATACTCTACCCTTTATCCCGTTGGGGTATATATATATTTTAATGTATGTTATATTATATATATTGTATATATTGTGTATATATTAAAGGAAAATGTAGGACTTACGAATATAATATATATTATATAATATATATTATTTATTATTATATATTAATATACATTATATATATTACTATATCTATATTAATAATATTTATTATATATTTTAATATATACATTAATATATTAATATATATTAACATATATTAATATATATATATTAATGTATACATTAATATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAATATATATTATATTCTATATATAATATATATTATATGCCATATATAATATATATTACATTATATGATATATATAATATATATTACATTATATGCTATATATAATATATACTATAGATTATAGATTATATATTATATATAATGTATATAGTATTATATTATGTATAATATTATACATATTGTATGTAATATAATATATATTATATAATTTTATATATTGTATAATATATATTATATATATTATATGTATAATATATATAATATATAATTAATAAATTATATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAACAAAGTTTTTGACTTAGGCTTCGGGTGTGTAATAATACGACACGATCAATTTTATTCAATACTCTACCCTTTATCCCGTTGGGGTATATATATATTTTAATGTATGTTATATTATATATATTGTATATATTGTGTATATATTAAAGGAAAATGTAGGACTTACGAATATAATATATATTATATAATATATATTATTTATTATTATATATTAATATACATTATATATATTACTATATCTATATTAATAATATTTATTATATATTTTAATATATACATTAATATATTAATATATATTAACATATATTAATATATATATTAATGTATATTAACATATATTAATATATATATTAATGTATACATTAATATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAAGATATATTATATGCTATATATAATATATATTATATTCTATATATAATATATATTATATGCCATATATAATATATATTACATTATATGATATATATAATATATATTACATTATATGCTATATATAATATATACTATAGATTATAGATTATATATTATATATAATGTATATAGTATTATATTATGTATAATATTATACATATTGTATGTAATATAATATATATTATATAATTTTATATATTGTATAATATATATTATATTATATATATTATATGTAATATATATAATATATAATTAATAAATTATATATTATATTATAGTATATACAATATATAATAAATTATATAATATATATAATATATTGTAATATATAATATAATATATAATATATTAATATATAAAATATTAATATATTATATATATTAATATATTAACATATTAATATTAATATATATAATATATAATATAATACATAACACATATTAATATATATAATATTCTATATAACATTATATAATATATTATATATAAAAATATAATAAATATTATATATAGTATATAATAAATATTATATAAATATAATATATAATATATAATATATGTATAATATATTAATATGTATATATAATATACAATATATATTATATGCATAATATATTATATATTAATATATTAATATTAATATATTAATTAGATATATTAATACATTATATAATATATTATATATAATATATTATATACATTATATAATATATTATATATATTATATTATAATATAATATATATTATTATATTATATTATATAATATATATTAT",
    b"CTTTTTATTTTTAGTTCCTTTTACTTTGGTGTTTCCAAGTTAAACGAGACTGTAAACTTTTTGAGTCGTGTCTGTCACCGTGAATCCTGGTTCCCGTCCTCTAGGGATTAGGGTAGTGGAACCGCTATCCCGTATTTGTAAGGTCCCACTTCCGTGTTATGTGTAACACTCCAGGTTGACGATGGTCCGTCTGTCCTCACGAAAATGTACATGTCCTTCCAGTAACTTCCGAGTCACAAAACAAAGTTTTTGACTTAGGCTTCGGGTGTGTAATAATACGACACGATCAATTTTATTCAATACTCTACCCTTTATCCCGTTGGGGTATATATATATTTTAATGTATGTTATATTATATATATTGTATATATTGTGTATATATTAAAGGAAAATGTAGGACTTACGAATATAATA");
}