许多文件操作都是发生在两个或多个目录之间的。对于这些操作，通常的方法是不断复制粘贴，或者来回拖曳，比较繁琐。为了提高操作效率，可以指定其中一个目录为目标目录，当进行复制、移动等操作时直接复制或移动到目标目录，省去每次都要指定目标的麻烦。
使用双栏模式时，当前文件列表为来源目录，对侧文件列表为目标目录；
使用单栏模式时，当前文件窗口为来源目录，最近激活的另一个文件窗口为目标目录，状态栏中会显示所属窗口的状态。
一些相关的内置操作如下：
| 操作 | 快捷键 | 工具栏 |
|---|---|---|
| 复制文件到目标目录 | Ctrl+1 | 操作/复制文件 |
| 询问新文件名后复制文件到目标目录 | Ctrl+Shift+1 | 操作/复制文件/复制为 |
| 移动文件到目标目录 | Ctrl+2 | 操作/移动 |
| 询问新文件名后移动文件到目标目录 | Ctrl+Shift+2 | 操作/移动/移动为 |
| 在目标目录创建文件的快捷方式 | 操作/复制文件/创建快捷方式 |
来源和目标状态可以从文件列表工具栏的背景色看出来：
| 来源/目标 | 文件列表工具栏 |
|---|---|
| 来源 |  |
| 目标 |  |
| 其它 |  |