Guillermo de Anda - Jáuregui
Esta es una guía para instalar programas y paquetes útiles para el análisis de redes.
Cytoscape es un programa stand-alone para analizar y visualizar redes. Algunas de las ventajas que tiene son:
- Interfaz gráfica.
- Fácil de usar: point and click, WYSIWYG
- Expandible con plug-ins
-
Entrar a https://cytoscape.org/download.html
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Descargar el instalador (la página detecta el sistema operativo).
- Cytoscape requiere Java, versión 8. La versión 9 NO FUNCIONA
- En el caso de Windows y Mac, el instalador puede instalar automáticamente la versión correcta de Java
- En caso de Linux, es necesario tener la máquina Java instalada previamente. Revisar https://www.java.com/en/download/linux_manual.jsp y https://www.java.com/en/download/help/linux_x64_install.xml#install ... las máquinas virtuales Java libres de sistemas operativos Linux PUEDEN O NO funcionar (y fallarán si es una versión distinta a la 8).
- En Windows y Mac, se agregará un acceso directo en los lugares usuales (escritorio, menú inicio, Dock, etc...); dependiendo del sabor de Linux, esto puede suceder (por ejemplo, Ubuntu, Debian), o será necesario hacer una liga.
En el lenguaje de programación R, existen varias opciones para el análisis de redes. Algunas de ellas son los paquetes network y graph en Bioconductor. En este curso, daremos soporte para el análisis de redes utilizando el paquete igraph.
Algunas ventajas son:
- Integrable a flujos de trabajo y análisis en R
- Algoritmos de análisis de redes integrados
- Expandible complementándose con otros paquetes.
La instalación es sencilla:
- Tener R instalado en el equipo (https://cran.r-project.org/)
- Dentro de R, correr
install.packages("igraph")- En Linux, es necesario contar con un compilador de C y C++; estos pueden obtenerse con el paquete build-essential de la distribución.
- También en Linux, es muy recomendable instalar las bibliotecas para XML lixml2 y libxml2-dev de los repositorios de la distribución.
- Para cargar el paquete, correr
library("igraph")- Se recomienda también instalar dentro de R los paquetes tcltk, rgl y ape.
install.packages("tcltk")
install.packages("rgl")
install.packages("ape")Es posible integrar igraph a un ambiente tipo Tidyverse usando los paquetes tidygraph y ggraph. Para instalarlos se necesita correr
install.packages("tidyverse") #instala los paquetes Tidy básicos
install.packages("tidygraph") #para analizar las redes con sintaxis Tidy
install.packages("ggraph") #para generar visualizaciones tipo ggplotPueden consultar
En Python es posible analizar redes utilizando el paquete NetworkX. Este es un paquete sumamente flexible que permite el análisis de redes complejas.
- NetworkX requiere Python 3.5, 3.6, or 3.7. Los desarrolladores recomiendan trabajar en el ecosistema de Python Científico (https://scipy.org/install.html). *Para los usuarios de Windows, se recomienda usar una distribución como Anaconda (https://www.anaconda.com/distribution/)
- El mecanismo de instalación requiere el uso de pip (si no está instalado, seguir https://pip.pypa.io/en/stable/installing/).
- Ya con pip, la instalación requiere
pip install networkx- Adicionalmente, se recomienda la instalación de paquetes complementarios: NumPy, SciPy, pandas, Matplotlib, PyGraphviz, PyYAML, gdal, lxml. Esto se puede realizar en un solo comando vía pip con
pip install networkx[all]- Nota: Algunos paquetes (como scipy y gdal) pueden requerir instalar compiladores adicionales en algunos sistemas operativos.
import networkx as nxPueden consultar el manual de instalación en https://networkx.github.io/documentation/latest/install.html
Existen otros programas para el análisis de redes:
- Gephi https://gephi.org/
- Pajek
- UCINet
Entre otras. No podemos darles soporte en el uso de estas herramientas, pero se encuentran disponibles por si tienen interés.