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71 lines (66 loc) · 3.53 KB
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BLASTnFilter.R
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#This script BLAST nucleotides sequences and filters
#
#PLEASE FILL THE FOLLOWING
python_exe <- ""
Path_to_NCBI_Directory <- ""
DC_MegaBlast_BF <- ""
Data_Base <- ""
Query_fasta_file <- ""
Output_Path_ <- ""
#BLAST PARAMETRES
Output_file_name <- ""
word_size <- ""
Percentage_identity <- ""
number_of_threads <- ""
OutputFormat <- "6"
Percentage_overlap <- ""
bitscore <- ""
InputFile_with_unique_ID <- ""
#### DO NOT MODIFY ANYTHING BELOW HERE#################
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OptionStringFor_Input_file_with_UniqueID <- ""
if (InputFile_with_unique_ID != "") {
OptionStringFor_Input_file_with_UniqueID <-
"-l "+ InputFile_with_unique_ID
}
python_command_line_TestingPyCharm_BLAST_filtering_and_all <- paste(
python_exe,
"TestingPyCharm_BLAST_filtering_and_all.py",
"-x", Path_to_NCBI_Directory,
"-y", DC_MegaBlast_BF,
"-a", Data_Base,
"-b", Query_fasta_file,
"-c", Output_Path_,
"-d", Output_file_name,
"-e", word_size,
"-f", Percentage_identity,
"-g", number_of_threads,
"-i", OutputFormat,
"-j", Percentage_overlap,
"-k", bitscore,
OptionStringFor_Input_file_with_UniqueID
)
system(python_command_line_TestingPyCharm_BLAST_filtering_and_all)