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Commit 498ef68

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何伟明(Weiming He)
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1 parent f12bc01 commit 498ef68

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374 files changed

+105410
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‎Example/README.md

+41
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,41 @@
1+
</br>具体实际见程序目录里面的Example/example *
2+
* Example 1) [Sca2chr 示意结果图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example1/OUT.png)
3+
如下主要画两层 text 和 highlight（高亮）两种配合 ， 然后旋转一下。 [请击查看效果图]
4+
* Example 2) [遗传图谱+maker](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example2/OUT.png)
5+
两层 即 画text 层和 高亮层两种配合。 其中高亮层的背色条宽度缩小了点.
6+
* Example 3)[某一变量的分布图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example3/OUT.png)
7+
一层， 用户可以结果数据(可以是不是数字)用point高低 柱状图 和lines及结合颜色来
8+
* Example 4) [BinMap+maker的分布图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example4/OUT.png)
9+
两层 都是高亮层两种配合
10+
* Example 5) [群体遗传变量+受选择区域](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example5/OUT.png)
11+
多层多种画图方式
12+
* Example 6) [多个基因组的共线性图 ](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example6/OUT4.png)
13+
两层 link和其它画图方式结合。可以横放chr 和纵排
14+
* Example 7) [区域link（关联彩虹图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example7/OUT.png)
15+
两层,[彩虹链接](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example7/OUT2.png)和其它画图方式结合
16+
* Example 8) [GWAS的图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example8/OUT.png)
17+
两层上层为点图，层高度调高点; 下层为chr啥都不画仅背影条(可以其它画图方式)，主要说明可以横放chr
18+
* Example 9) [binmap的图](https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr/blob/main/Example/example9/OUT.png)
19+
多层heatmap 横放chr
20+
* Example 10) 动态热度图和动态柱状图
21+
某一层为动态svg,须要下载svg到本地，用较新的浏览器打开即可，别外可以用其它软件将svg转为gif格式
22+
23+
24+
25+
26+
------------
27+
### 下面是一些网上搜到的 example image generated by RectChr.
28+
</br>在这搜索了一些在网上的其它人的配置和示意,点击可以找开网页，查看
29+
</br> &nbsp;[RectChr总简介](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352026153)
30+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 两个群体比较 之 受择选信号+选择区域](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352900660)
31+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之一个群体遗传多态](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352886319)
32+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之几种方法受选择区域](https://zhuanlan.zhihu.com/p/352798284)
33+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 两个群体比较 之 受择选信号+选择区域 横放chr ](https://zhuanlan.zhihu.com/p/353999839)
34+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 群体sweep +QTLS+IBD作图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/366244372)
35+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 两个基因组共线性分析](https://zhuanlan.zhihu.com/p/354274078)
36+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 多个基因组(3或更多)共线性分析](https://zhuanlan.zhihu.com/p/361324138)
37+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 多样品某一区域 genotype/gene/单倍型 热度图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/358342096)
38+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 多样品多区域 binmap 热度图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/360097194)
39+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 动态heatmap和动态柱状图 svg](https://zhuanlan.zhihu.com/p/362705487)
40+
</br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[RectChr之 高级感的GWAS曼哈顿图](https://zhuanlan.zhihu.com/p/375048543)
41+

‎Example/example1/OUT.png

327 KB
Loading

‎Example/example1/in.cofi

+73
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,73 @@
1+
2+
##################################### 全局参数 #######################################################
3+
4+
SetParaFor = global
5+
6+
File1 = ./scaf2chr.format2 ## 这个是必须输入参数，并且尽量放在最前,格式为[Chr Start End Value1 Value2 ... ValueN]
7+
## 其中用NA表示不画，chr End End NA不画但End可以用来贝记为chr的长度
8+
ValueX = 2 ## 多少层，类同circos多少个圈，这不设默认是N,即根据File1的格式来的，可以自己设
9+
ChrSpacingRatio =0.2 ## 不同染色体chr之间的间隔比例(ChrWidth*ChrSpacingRatio)
10+
Main = "Scaf2Chr" ## 标图 main 的控制参数为：在global 移动位置 ： ShiftMainX=0 ShiftMainY=0 字体颜色为：MainCol="blue" 字体大小： MainRatioFontSize=1.0
11+
12+
################################ Figure ############################################################
13+
14+
15+
16+
############################## 画布 和 图片 参数配置 #################################
17+
#Chromosomes_order = ## chr的顺序和只列某些chr出来画，若没有配置，程序会按chr名自动排序 chr1,chr2,chr3
18+
#body=1200 ## 默认是1200，主画布大小设置 另外：up/down/left/right) = (55,25,100,120);
19+
RotatePng = 90 ## 对Figure进行旋转的角度
20+
RotateChrName = -90 ## 旋转chr名字 text
21+
#ChrSpacingRatio=0.2 ## 不同染色体chr之间的间隔比例(Sum(ChrWidthX*X)*ChrSpacingRatio)
22+
ScaleUnit=5000000
23+
24+
25+
26+
27+
###### 默认各层的配置参数 若各层没有配置的会，则会用这儿的参数 ######
28+
29+
SetParaFor = LevelALL ## 下面是处理初始化参数 SetParaFor 参数处理,若为 LevelALL，即先为所有层设置的默认值
30+
#File2 = ## 可以输入别的文件
31+
#PType = heatmap ## 线，散点，直方图，热图,文本, line, scatter, histogram ， heatmap(highlights)和text
32+
#ShowColumn = ## 若SetParaFor为LevelALL时，N层的ShowColumn默认为File1的第ValueN所的Column(N+3)
33+
## 参数格式可以设为 ShowColumn=File1:4 File2:4,5
34+
## File1:4,5 表示file1的第四和第五列用heatmap表示
35+
#crBG="#B8B8B8" ## 此层(ValueX)背景色 的配色
36+
#TopVHigh=0.95 ## 此层Top of ValueX 用最高点颜色[0.95],其它再等分
37+
#TopVLow=0 ## 此层Top of ValueX 用最低点颜色[0],其它再等分
38+
##YMax= ## 设置此层(ValueX)的最大值,默认自动
39+
##YMin= ## 设置此层(ValueX)的最小值,默认自动
40+
#Gradien=10 ## 此层(ValueX)多少等分颜色
41+
#ChrWidth=20 ## 此层(ValueX)在画布的宽度
42+
#BGWidthRatio =1 ## 此层(ValueX)的背景(backgroup)的宽度默认和ChrWidth一样(0-1])
43+
#LogP=0 ## 此层(ValueX)不作 0-log10(Value) 处理
44+
#ValueSpacingRatio=0 ## 同一染色体中此层(ValueX)之间的间隔比例(ChrWidth*ValueSpacingRatio)
45+
#SizeGradienRatio= ##设置渐变条的大小
46+
######## 更多配置的参数 可以自己设，没有的话会自动设置 #######
47+
##Rotate/fill/Cutline/strokewidth/stroke/strokewidth/font-size/font-family/ = ### 等等
48+
ShiftGradienX=-180
49+
ShiftGradienY=-400
50+
51+
52+
53+
54+
55+
##################################### 各层的参数 #######################################################
56+
57+
### 具体某层的具体配置 把 DealLevePara 设为具体正数(<=ValueX),然后可以具体修改此层要改变的部分
58+
59+
SetParaFor=Level1
60+
PType = text
61+
ShowColumn = File1:4
62+
ChrWidth=80 # 放text的名字 宽度长点
63+
crBG="#FFFFFF" # 白色，即没有背景
64+
Rotate=-90 # 旋转 90度 文字
65+
text-font-size=14 # 文字大小小点
66+
#crMid crEnd crBegin 可以切回原来的颜色渐变，若不变色 可以把开始结果颜色为同一颜色
67+
68+
SetParaFor=Level2 ## 下面开始处理第 2 层 参数处理
69+
#File1 = ## 可以输入别的文件 file1
70+
PType = heatmap ## 热度图 表示 + -
71+
ShowColumn = File1:7 ## 把file1的第五列用散点图形式画出来)
72+
#ColorBrewer= GnYlRd ## 颜色配色 绿黄红
73+

‎Example/example1/run.sh

+8
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,8 @@
1+
#!/bin/sh
2+
#$ -S /bin/sh
3+
#Version1.0 [email protected] 2020-11-09
4+
echo Start Time :
5+
date
6+
../../bin/RectChr -InConfi in.cofi -OutPut OUT
7+
echo End Time :
8+
date

‎Example/example1/scaf2chr.format2

+114
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,114 @@
1+
#CHR Start End ScaName ScafStart ScafEnd Flag
2+
MC01 501 861673 Scaf128 1 861173 NA(+)
3+
MC01 862174 2002305 Scaf117 1 1140132 -
4+
MC01 2002806 2879098 Scaf24 1 876293 NA(+)
5+
MC01 2879599 4516626 Scaf34 1 1637028 +
6+
MC01 4517127 8462504 Scaf81_2 1 3945378 -
7+
MC01 8463005 10209429 Scaf5 1 1746425 +
8+
MC01 10209930 13825911 Scaf97 1 3615982 -
9+
MC01 13826412 21147882 Scaf44 1 7321471 +
10+
MC02 501 3863037 Scaf74 1 3862537 +
11+
MC02 3863538 4381775 Scaf39 1 518238 +
12+
MC02 4382276 11357944 Scaf55_1 1 6975669 +
13+
MC02 11358445 15062809 Scaf55_2 1 3704365 +
14+
MC02 15063310 15887404 Scaf45 1 824095 NA(+)
15+
MC02 15887905 16470441 Scaf73 1 582537 NA(+)
16+
MC02 16470942 17520936 Scaf83 1 1049995 NA(+)
17+
MC02 17521437 18224340 Scaf147 1 702904 NA(+)
18+
MC02 18224841 18701949 Scaf111 1 477109 NA(+)
19+
MC02 18702450 19117589 Scaf170 1 415140 NA(+)
20+
MC02 19118090 21142088 Scaf41 1 2023999 +
21+
MC03 501 2962481 Scaf87 1 2961981 +
22+
MC03 2962982 4462796 Scaf80 1 1499815 -
23+
MC03 4463297 13020792 Scaf4 1 8557496 +
24+
MC03 13021293 15161669 Scaf6 1 2140377 -
25+
MC03 15162170 17069621 Scaf185 1 1907452 NA(+)
26+
MC03 17070122 19355660 Scaf81_1 1 2285539 -
27+
MC04 501 6378142 Scaf9 1 6377642 -
28+
MC04 6378643 7188224 Scaf100 1 809582 NA(+)
29+
MC04 7188725 8673438 Scaf78 1 1484714 +
30+
MC04 8673939 9355909 Scaf64 1 681971 +
31+
MC04 9356410 9882694 Scaf95 1 526285 +
32+
MC04 9883195 10591754 Scaf141 1 708560 NA(+)
33+
MC04 10592255 11848696 Scaf118 1 1256442 NA(+)
34+
MC04 11849197 12370257 Scaf135 1 521061 -
35+
MC04 12370758 12597083 Scaf209 1 226326 NA(+)
36+
MC04 12597584 14670920 Scaf77 1 2073337 +
37+
MC04 14671421 15148433 Scaf121 1 477013 -
38+
MC04 15148934 15596256 Scaf71 1 447323 -
39+
MC04 15596757 26971395 Scaf62 1 11374639 +
40+
MC05 501 7771440 Scaf65 1 7770940 +
41+
MC05 7771941 7792920 Scaf327 1 20980 -
42+
MC05 7793421 9305936 Scaf89 1 1512516 +
43+
MC05 9306437 13294273 Scaf14 1 3987837 -
44+
MC05 13294774 13601322 Scaf103 1 306549 NA(+)
45+
MC05 13601823 14698196 Scaf70 1 1096374 -
46+
MC05 14698697 19886641 Scaf51 1 5187945 -
47+
MC06 501 831676 Scaf236 1 831176 -
48+
MC06 832177 7601607 Scaf153 1 6769431 -
49+
MC06 7602108 9312319 Scaf27_1 1 1710212 +
50+
MC06 9312820 11441085 Scaf82 1 2128266 +
51+
MC06 11441586 15687131 Scaf30 1 4245546 -
52+
MC06 15687632 17565937 Scaf38 1 1878306 -
53+
MC06 17566438 17848705 Scaf92 1 282268 NA(+)
54+
MC06 17849206 18728940 Scaf79 1 879735 NA(+)
55+
MC06 18729441 19424250 Scaf26 1 694810 NA(+)
56+
MC06 19424751 21268867 Scaf66 1 1844117 +
57+
MC06 21269368 26442443 Scaf114 1 5173076 +
58+
MC06 26442944 30002300 Scaf140 1 3559357 +
59+
MC07 501 1934383 Scaf40 1 1933883 +
60+
MC07 1934884 3174819 Scaf137 1 1239936 +
61+
MC07 3175320 3976648 Scaf108 1 801329 +
62+
MC07 3977149 4239787 Scaf120 1 262639 +
63+
MC07 4240288 6988120 Scaf28 1 2747833 -
64+
MC07 6988621 7256606 Scaf96 1 267986 NA(+)
65+
MC07 7257107 7863469 Scaf133 1 606363 NA(+)
66+
MC07 7863970 8208632 Scaf12 1 344663 NA(+)
67+
MC07 8209133 9985084 Scaf36 1 1775952 +
68+
MC07 9985585 13190522 Scaf84 1 3204938 -
69+
MC07 13191023 16384005 Scaf53 1 3192983 +
70+
MC08 501 3035874 Scaf161 1 3035374 +
71+
MC08 3036375 8775027 Scaf72_1 1 5738653 +
72+
MC08 8775528 11712107 Scaf85 1 2936580 +
73+
MC08 11712608 13796654 Scaf159 1 2084047 +
74+
MC08 13797155 15261334 Scaf68 1 1464180 +
75+
MC08 15261835 15333276 Scaf110 1 71442 NA(+)
76+
MC08 15333777 15476574 Scaf206 1 142798 NA(+)
77+
MC08 15477075 15872513 Scaf132 1 395439 +
78+
MC08 15873014 15940807 Scaf54 1 67794 -
79+
MC08 15941308 16075650 Scaf190 1 134343 NA(+)
80+
MC08 16076151 19660847 Scaf49 1 3584697 -
81+
MC08 19661348 21591084 Scaf23 1 1929737 NA(+)
82+
MC08 21591585 22990924 Scaf27_2 1 1399340 NA(+)
83+
MC08 22991425 26744699 Scaf72_2 1 3753275 +
84+
MC08 26745200 34592942 Scaf1 1 7847743 +
85+
MC09 501 928581 Scaf224 1 928081 -
86+
MC09 929082 3266725 Scaf174 1 2337644 -
87+
MC09 3267226 6563508 Scaf125 1 3296283 +
88+
MC09 6564009 9217794 Scaf29 1 2653786 +
89+
MC09 9218295 10823797 Scaf98 1 1605503 NA(+)
90+
MC09 10824298 11658609 Scaf61 1 834312 NA(+)
91+
MC09 11659110 11723705 Scaf192 1 64596 NA(+)
92+
MC09 11724206 13575915 Scaf75 1 1851710 -
93+
MC09 13576416 14732037 Scaf43 1 1155622 +
94+
MC09 14732538 23892931 Scaf2 1 9160394 +
95+
MC10 501 2385319 Scaf216 1 2384819 -
96+
MC10 2385820 4157305 Scaf201 1 1771486 NA(+)
97+
MC10 4157806 7732274 Scaf37 1 3574469 +
98+
MC10 7732775 12647550 Scaf11 1 4914776 +
99+
MC10 12648051 12861802 Scaf158 1 213752 NA(+)
100+
MC10 12862303 14201220 Scaf129 1 1338918 NA(+)
101+
MC10 14201721 15156899 Scaf69 1 955179 -
102+
MC10 15157400 15893236 Scaf155 1 735837 +
103+
MC10 15893737 16438884 Scaf187 1 545148 +
104+
MC10 16439385 18081442 Scaf156 1 1642058 -
105+
MC11 501 5760042 Scaf63 1 5759542 +
106+
MC11 5760543 11216858 Scaf3 1 5456316 +
107+
MC11 11217359 12391293 Scaf136 1 1173935 -
108+
MC11 12391794 14034307 Scaf46 1 1642514 +
109+
MC11 14034808 14241313 Scaf212 1 206506 NA(+)
110+
MC11 14241814 14742690 Scaf166 1 500877 +
111+
MC11 14743191 15405930 Scaf88 1 662740 +
112+
MC11 15406431 16213867 Scaf152 1 807437 NA(+)
113+
MC11 16214368 18146976 Scaf13 1 1932609 +
114+
MC11 18147477 19917898 Scaf48 1 1770422 +

‎Example/example10/OUT.png

59.5 KB
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‎Example/example10/OUT2.png

37.9 KB
Loading

‎Example/example10/S01.bin

+59
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,59 @@
1+
#Chr Start End Time1 Time2 Time3 Time4
2+
A01 1 108008858 P2 P2 P2 P2
3+
A01 108008859 115914389 P1 P1 P2 P2
4+
A01 115914390 117710661 P2 P2 P2 P2
5+
A02 1 3120582 P1 P1 P2 P2
6+
A02 3120583 3753678 P2 P2 P2 P2
7+
A02 3753679 10999240 P1 P2 P2 P2
8+
A02 10999241 105079983 P2 P2 P2 P2
9+
A02 105079984 108049532 P1 P2 P2 P2
10+
A03 1 10158370 P1 P1 P1 P2
11+
A03 10158371 10311881 H H H H
12+
A03 10311882 10900714 P2 P2 P2 P2
13+
A03 10900715 92838718 P1 P1 P1 P2
14+
A03 92838719 93171519 P2 P2 P2 P2
15+
A03 93171520 107215185 P1 P1 P1 P2
16+
A03 107215186 113014280 P2 P2 P2 P2
17+
A04 1 1207192 P2 P2 P2 P2
18+
A04 1207193 9910874 P1 P1 P2 P2
19+
A04 9910875 85114396 P2 P2 P2 P2
20+
A05 1 1618202 P2 P2 P2 P2
21+
A05 1618203 13238127 P1 P1 P2 P2
22+
A05 13238128 14243101 P2 P2 P2 P2
23+
A05 14243102 106510729 P1 P1 P2 P2
24+
A05 106510730 107140497 P2 P2 P2 P2
25+
A05 107140498 109365994 P1 P1 P1 P2
26+
A06 1 1095023 P1 P1 P1 P2
27+
A06 1095024 116206336 P2 P2 P2 P2
28+
A06 116206337 122422841 P1 P1 P1 P2
29+
A06 122422842 123348205 P2 P2 P2 P2
30+
A06 123348206 124007235 P1 P1 P1 P2
31+
A07 1 2439119 P2 P2 P2 P2
32+
A07 2439120 10912876 P1 P2 P2 P2
33+
A07 10912877 17752856 P2 P2 P2 P2
34+
A07 17752857 95172384 P1 P2 P2 P2
35+
A07 95172385 97738592 P2 P2 P2 P2
36+
A08 1 3753639 P1 P2 P2 P2
37+
A08 3753640 115511911 P2 P2 P2 P2
38+
A08 115511912 122327750 P1 P1 P2 P2
39+
A09 1 59276766 P1 P1 P2 P2
40+
A09 59276767 67651444 P2 P2 P2 P2
41+
A09 67651445 73697464 P1 P1 P1 P2
42+
A09 73697465 74800403 P2 P2 P2 P2
43+
A09 74800404 76647338 P1 P1 P1 P2
44+
A09 76647339 79458666 P2 P2 P2 P2
45+
A09 79458667 82064019 P1 P1 P1 P2
46+
A10 1 4570501 P2 P2 P2 P2
47+
A10 4570502 114802328 P1 P1 P1 P2
48+
A11 1 23404087 P2 P2 P2 P2
49+
A11 23404088 92002401 P1 P1 P2 P2
50+
A11 92002402 123158379 P2 P2 P2 P2
51+
A12 1 2336264 P1 P1 P2 P2
52+
A12 2336265 8595046 P2 P2 P2 P2
53+
A12 8595047 84488452 P1 P1 P2 P2
54+
A12 84488453 89106900 P2 P2 P2 P2
55+
A12 89106901 91331210 P1 P2 P2 P2
56+
A12 91331211 107624578 P2 P2 P2 P2
57+
A13 1 3827392 P2 P2 P2 P2
58+
A13 3827393 99420105 P1 P2 P2 P2
59+
A13 99420106 108332195 P2 P2 P2 P2

‎Example/example10/S02.data

+50
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,50 @@
1+
#Chr Start End T1 T2 T3 T4
2+
chr1 1 1000000 10 10 20 30
3+
chr1 1000001 2000000 11 12 20 34
4+
chr1 2000001 3000000 0 5 22 33
5+
chr1 3000001 4000000 3 10 23 32
6+
chr1 4000001 5000000 11 12 20 34
7+
chr1 5000001 6000000 12 5 22 33
8+
chr1 6000001 7000000 24 31 23 32
9+
chr1 7000001 8000000 13 23 20 34
10+
chr1 8000001 9000000 24 19 22 35
11+
chr1 9000001 10000000 3 10 53 82
12+
chr1 10000001 11000000 11 50 80 89
13+
chr1 11000001 12000000 23 55 90 100
14+
chr1 12000001 13000000 13 45 76 89
15+
chr1 13000001 14000000 13 23 34 43
16+
chr1 14000001 15000000 9 15 22 32
17+
chr1 15000001 16000000 12 18 28 36
18+
chr1 16000001 17000000 11 20 25 37
19+
chr1 17000001 18000000 14 19 22 35
20+
chr1 18000001 19000000 3 10 23 33
21+
chr1 19000001 20000000 11 15 20 23
22+
chr1 20000001 21000000 2 15 19 23
23+
chr1 21000001 22000000 3 10 23 32
24+
chr1 22000001 23000000 5 13 15 24
25+
chr1 23000001 24000000 4 20 27 29
26+
chr1 24000001 25000000 6 10 23 26
27+
chr1 25000001 26000000 8 12 19 20
28+
chr2 1 1000000 10 12 23 20
29+
chr2 1000001 2000000 12 23 25 34
30+
chr2 2000001 3000000 0 5 22 34
31+
chr2 3000001 4000000 3 11 23 40
32+
chr2 4000001 5000000 11 16 23 38
33+
chr2 5000001 6000000 12 15 18 26
34+
chr2 6000001 7000000 14 18 23 24
35+
chr2 7000001 8000000 13 23 23 30
36+
chr2 8000001 9000000 16 24 50 76
37+
chr2 9000001 10000000 14 20 53 82
38+
chr2 10000001 11000000 13 54 83 97
39+
chr2 11000001 12000000 19 64 89 100
40+
chr2 12000001 13000000 13 35 75 96
41+
chr2 13000001 14000000 14 30 50 74
42+
chr2 14000001 15000000 9 19 53 52
43+
chr2 15000001 16000000 12 14 26 33
44+
chr2 16000001 17000000 11 20 25 35
45+
chr2 17000001 18000000 14 19 22 38
46+
chr2 18000001 19000000 3 10 23 32
47+
chr2 19000001 20000000 11 16 22 21
48+
chr3 16000001 18000000 5 NA 18 25
49+
chr3 20000001 21000000 2 NA 18 21
50+
chr3 27000001 28000000 NA NA NA NA

‎Example/example10/in.cofi

+25
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,25 @@
1+
2+
##################################### 全局参数 #######################################################
3+
4+
SetParaFor = global
5+
File1 = ./S01.bin
6+
## 其中用NA表示不画，chr End End NA不画但End可以用来贝记为chr的长度
7+
ValueX = 2 ## 多少层，类同circos多少个圈，这不设默认是N,即根据File1的格式来的，可以自己设
8+
right=250 ## 画布右边加长点
9+
10+
SetParaFor = LevelALL ## 下面是处理初始化参数 SetParaFor 参数处理,若为 LevelALL，即先为所有层设置的默认值
11+
12+
##################################### 各层的参数 #######################################################
13+
14+
15+
SetParaFor=Level1
16+
PType = heatmapAnimated
17+
ShowColumn = File1:4,5,6,7
18+
ValueSpacingRatio=0.1
19+
20+
21+
############ 其它层 统一配置 ###
22+
SetParaFor=Level2
23+
PType = EEE # 不画 仅背景条
24+
ShowColumn = File1:4
25+
ChrWidth=10 # 这一层chr宽度小点

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